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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) with bound glutamate in an intermediate outward facing state | |||||||||
![]() | Excitatory amino acid transporter 3 with glutamate bound at new intermediate outward facing states | |||||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() response to decreased oxygen levels / D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity ...response to decreased oxygen levels / D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / zinc ion transmembrane transport / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / monoatomic anion channel activity / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / cellular response to ammonium ion / proximal dendrite / righting reflex / L-aspartate transmembrane transporter activity / glutathione biosynthetic process / L-aspartate import across plasma membrane / grooming behavior / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / L-glutamate import across plasma membrane / conditioned place preference / transepithelial transport / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / glutamate receptor signaling pathway / response to morphine / neurotransmitter transport / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / motor behavior / motor neuron apoptotic process / glutamate binding / chloride transmembrane transporter activity / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / adult behavior / positive regulation of heart rate / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / maintenance of blood-brain barrier / dopamine metabolic process / superoxide metabolic process / heart contraction / perisynaptic space / glial cell projection / cellular response to organic cyclic compound / transport across blood-brain barrier / asymmetric synapse / response to axon injury / behavioral fear response / monoatomic ion transport / synaptic cleft / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / neurogenesis / dendritic shaft / locomotory behavior / cell periphery / long-term synaptic potentiation / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / Schaffer collateral - CA1 synapse / brain development / memory / cytokine-mediated signaling pathway / recycling endosome membrane / presynapse / late endosome membrane / gene expression / early endosome membrane / cellular response to oxidative stress / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / dendritic spine / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Qiu B / Boudker O | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Symport and antiport mechanisms of human glutamate transporters. 著者: Biao Qiu / Olga Boudker / ![]() 要旨: Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and ...Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and countertransporting a potassium ion via an elevator mechanism. Despite the availability of structures, the symport and antiport mechanisms still need to be clarified. We report high-resolution cryo-EM structures of human EAAT3 bound to the neurotransmitter glutamate with symported ions, potassium ions, sodium ions alone, or without ligands. We show that an evolutionarily conserved occluded translocation intermediate has a dramatically higher affinity for the neurotransmitter and the countertransported potassium ion than outward- or inward-facing transporters and plays a crucial role in ion coupling. We propose a comprehensive ion coupling mechanism involving a choreographed interplay between bound solutes, conformations of conserved amino acid motifs, and movements of the gating hairpin and the substrate-binding domain. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 79.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59 MB 59 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 750.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 750.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ctcMC ![]() 8ctdC ![]() 8cuaC ![]() 8cudC ![]() 8cuiC ![]() 8cujC ![]() 8cv2C ![]() 8cv3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Excitatory amino acid transporter 3 with glutamate bound at new intermediate outward facing states | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_26985_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_26985_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human EAAT3 with glutamate bound
全体 | 名称: Human EAAT3 with glutamate bound |
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要素 |
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-超分子 #1: Human EAAT3 with glutamate bound
超分子 | 名称: Human EAAT3 with glutamate bound / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Human EAAT3 with glutamate bound
超分子 | 名称: Human EAAT3 with glutamate bound / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Excitatory amino acid transporter 3
分子 | 名称: Excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 57.120863 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR ...文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR EEVKPPSDPE MTMTEESFTA VMTTAISKTK TKEYKIVGMY SDGINVLGLI VFALVFGLVI GKMGEKGQIL VD FFNALSD ATMKIVQIIM WYMPLGILFL IAGCIIEVED WEIFRKLGLY MATVLTGLAI HSIVILPLIY FIVVRKNPFR FAM GMAQAL LTALMISSSS ATLPVTFRCA EENNQVDKRI TRFVLPVGAT INMDGTALYE AVAAVFIAQL NDLDLGIGQI ITIS ITATS ASIGAAGVPQ AGLVTMVIVL SAVGLPAEDV TLIIAVDCLL DRFRTMVNVL GDAFGTGIVE KLSKKELEQM DVSSE VNIV NPFALESTIL DNEDSDTKKS YVNGGFAVDK SDTISFTQTS QF UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 3 |
-分子 #2: GLUTAMIC ACID
分子 | 名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: GLU |
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分子量 | 理論値: 147.129 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GLU: |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #4: MERCURY (II) ION
分子 | 名称: MERCURY (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: HG |
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分子量 | 理論値: 200.59 Da |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Tris is used for adjusting pH | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3s. | |||||||||||||||
詳細 | Human EAAT3 with glutamate bound |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.266 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |