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- EMDB-26994: IscB and wRNA bound to Target DNA (locked state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26994
タイトルIscB and wRNA bound to Target DNA (locked state)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of IscB in complex with RNA and target DNA
    • タンパク質・ペプチド: IscBInternational Society for Computational Biology
    • RNA: RNA (222-MER)
    • DNA: DNA target strand
    • DNA: DNA non-target strand
キーワードCRISPR (CRISPR) / IscB / HEARO RNA / omega RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
生物種synthetic construct (人工物) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schuler GA / Hu C / Ke A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118174 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis for RNA-guided DNA cleavage by IscB-ωRNA and mechanistic comparison with Cas9.
著者: Gabriel Schuler / Chunyi Hu / Ailong Ke /
要旨: Class 2 CRISPR effectors Cas9 and Cas12 may have evolved from nucleases in IS200/IS605 transposons. IscB is about two-fifths the size of Cas9 but shares a similar domain organization. The associated ...Class 2 CRISPR effectors Cas9 and Cas12 may have evolved from nucleases in IS200/IS605 transposons. IscB is about two-fifths the size of Cas9 but shares a similar domain organization. The associated ωRNA plays the combined role of CRISPR RNA (crRNA) and trans-activating CRISPR RNA tracrRNA) to guide double-stranded DNA (dsDNA) cleavage. Here we report a 2.78-angstrom cryo-electron microscopy structure of IscB-ωRNA bound to a dsDNA target, revealing the architectural and mechanistic similarities between IscB and Cas9 ribonucleoproteins. Target-adjacent motif recognition, R-loop formation, and DNA cleavage mechanisms are explained at high resolution. ωRNA plays the equivalent function of REC domains in Cas9 and contacts the RNA-DNA heteroduplex. The IscB-specific PLMP domain is dispensable for RNA-guided DNA cleavage. The transition from ancestral IscB to Cas9 involved dwarfing the ωRNA and introducing protein domain replacements.
履歴
登録2022年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0924
最小 - 最大-0.72077364 - 1.5864937
平均 (標準偏差)-0.00075971056 (±0.028107174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26994_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26994_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of IscB in complex with RNA and target DNA

全体名称: Cryo-EM structure of IscB in complex with RNA and target DNA
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of IscB in complex with RNA and target DNA
    • タンパク質・ペプチド: IscBInternational Society for Computational Biology
    • RNA: RNA (222-MER)
    • DNA: DNA target strand
    • DNA: DNA non-target strand

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超分子 #1: Cryo-EM structure of IscB in complex with RNA and target DNA

超分子名称: Cryo-EM structure of IscB in complex with RNA and target DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 190 kDa/nm

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分子 #1: IscB

分子名称: IscB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 56.81968 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MMAVVYVISK SGKPLMPTTR CGHVRILLKE GKARVVERKP FTIQLTYESA EETQPLVLGI DPGRTNIGMS VVTESGESVF NAQIETRNK DVPKLMKDRK QYRMAHRRLK RRCKRRRRAK AAGTAFEEGE KQRLLPGCFK PITCKSIRNK EARFNNRKRP V GWLTPTAN ...文字列:
MMAVVYVISK SGKPLMPTTR CGHVRILLKE GKARVVERKP FTIQLTYESA EETQPLVLGI DPGRTNIGMS VVTESGESVF NAQIETRNK DVPKLMKDRK QYRMAHRRLK RRCKRRRRAK AAGTAFEEGE KQRLLPGCFK PITCKSIRNK EARFNNRKRP V GWLTPTAN HLLVTHLNVV KKVQKILPVA KVVLELNRFS FMAMNNPKVQ RWQYQRGPLY GKGSVEEAVS MQQDGHCLFC KH GIDHYHH VVPRRKNGSE TLENRVGLCE EHHRLVHTDK EWEANLASKK SGMNKKYHAL SVLNQIIPYL ADQLADMFPG NFC VTSGQD TYLFREEHGI PKDHYLDAYC IACSALTDAK KVSSPKGRPY MVHQFRRHDR QACHKANLNR SYYMGGKLVA TNRH KAMDQ KTDSLEEYRA AHSAADVSKL TVKHPSAQYK DMSRIMPGSI LVSGEGKLFT LSRSEGRNKG QVNYFVSTEG IKYWA RKCQ YLRNNGGLQI YV

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分子 #2: RNA (222-MER)

分子名称: RNA (222-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 71.877797 KDa
配列文字列: AAAAGAGUGA ACGAGAGGCU CUUCCAACUU UAUGGUUGCG ACCGUAGGUU GAAAGAGCAC AGGCUGAGAC AUUCGUAAGG CCGAAAGAC CGGACGCACC CUGGGAUUUC CCCAGUCCCC GGAACUGCAU AGCGGAUGCC AGUUGAUGGA GCAAUCUAUC A GAUAAGCC ...文字列:
AAAAGAGUGA ACGAGAGGCU CUUCCAACUU UAUGGUUGCG ACCGUAGGUU GAAAGAGCAC AGGCUGAGAC AUUCGUAAGG CCGAAAGAC CGGACGCACC CUGGGAUUUC CCCAGUCCCC GGAACUGCAU AGCGGAUGCC AGUUGAUGGA GCAAUCUAUC A GAUAAGCC AGGGGGAACA AUCACCUCUC UGUAUCAGAG AGAGUUUUAC AAAAGGAGGA ACGG

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分子 #3: DNA target strand

分子名称: DNA target strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 18.305646 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT) (DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT) (DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DC)(DC)

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分子 #4: DNA non-target strand

分子名称: DNA non-target strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 18.557873 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DG)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.25
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
5.0 mMC9H15O6PMagnesium chloride
2.0 mMHOCH2CH2SH2-Mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 100
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 6.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71831

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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