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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26986 | |||||||||
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タイトル | Human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) protomer with bound glutamate in an outward facing state | |||||||||
マップデータ | human Excitatory amino acid transporter 3 protomer with glutamate bound at outward facing state | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / response to anesthetic / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / response to anesthetic / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / zinc ion transmembrane transport / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / cellular response to ammonium ion / D-aspartate import across plasma membrane / righting reflex / apical dendrite / monoatomic anion channel activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / grooming behavior / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / proximal dendrite / L-glutamate import across plasma membrane / transepithelial transport / conditioned place preference / intracellular zinc ion homeostasis / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / neurotransmitter transport / motor behavior / response to morphine / motor neuron apoptotic process / chloride transmembrane transporter activity / glutamate receptor signaling pathway / glutamate binding / positive regulation of heart rate / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / adult behavior / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / maintenance of blood-brain barrier / heart contraction / superoxide metabolic process / dopamine metabolic process / perisynaptic space / cellular response to organic cyclic compound / transport across blood-brain barrier / glial cell projection / behavioral fear response / asymmetric synapse / response to axon injury / synaptic cleft / monoatomic ion transport / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / neurogenesis / dendritic shaft / cell periphery / locomotory behavior / long-term synaptic potentiation / brain development / regulation of protein phosphorylation / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytokine-mediated signaling pathway / memory / recycling endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / gene expression / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / dendritic spine / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / membrane raft / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiu B / Boudker O | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Symport and antiport mechanisms of human glutamate transporters. 著者: Biao Qiu / Olga Boudker / 要旨: Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and ...Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and countertransporting a potassium ion via an elevator mechanism. Despite the availability of structures, the symport and antiport mechanisms still need to be clarified. We report high-resolution cryo-EM structures of human EAAT3 bound to the neurotransmitter glutamate with symported ions, potassium ions, sodium ions alone, or without ligands. We show that an evolutionarily conserved occluded translocation intermediate has a dramatically higher affinity for the neurotransmitter and the countertransported potassium ion than outward- or inward-facing transporters and plays a crucial role in ion coupling. We propose a comprehensive ion coupling mechanism involving a choreographed interplay between bound solutes, conformations of conserved amino acid motifs, and movements of the gating hairpin and the substrate-binding domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26986.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26986-v30.xml emd-26986.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26986_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26986.png | 74.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26986.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_26986_half_map_1.map.gz emd_26986_half_map_2.map.gz | 49.3 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26986 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26986_validation.pdf.gz | 824.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26986_full_validation.pdf.gz | 823.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26986_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26986_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26986 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ctdMC 8ctcC 8cuaC 8cudC 8cuiC 8cujC 8cv2C 8cv3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | human Excitatory amino acid transporter 3 protomer with glutamate bound at outward facing state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_26986_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_26986_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human EAAT3 with glutamate bound
全体 | 名称: Human EAAT3 with glutamate bound |
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要素 |
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-超分子 #1: Human EAAT3 with glutamate bound
超分子 | 名称: Human EAAT3 with glutamate bound / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Human EAAT3 with glutamate bound
超分子 | 名称: Human EAAT3 with glutamate bound / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Excitatory amino acid transporter 3
分子 | 名称: Excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 57.120863 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR ...文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR EEVKPPSDPE MTMTEESFTA VMTTAISKTK TKEYKIVGMY SDGINVLGLI VFALVFGLVI GKMGEKGQIL VD FFNALSD ATMKIVQIIM WYMPLGILFL IAGCIIEVED WEIFRKLGLY MATVLTGLAI HSIVILPLIY FIVVRKNPFR FAM GMAQAL LTALMISSSS ATLPVTFRCA EENNQVDKRI TRFVLPVGAT INMDGTALYE AVAAVFIAQL NDLDLGIGQI ITIS ITATS ASIGAAGVPQ AGLVTMVIVL SAVGLPAEDV TLIIAVDCLL DRFRTMVNVL GDAFGTGIVE KLSKKELEQM DVSSE VNIV NPFALESTIL DNEDSDTKKS YVNGGFAVDK SDTISFTQTS QF UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 3 |
-分子 #2: GLUTAMIC ACID
分子 | 名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GLU |
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分子量 | 理論値: 147.129 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLU: |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #4: MERCURY (II) ION
分子 | 名称: MERCURY (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HG |
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分子量 | 理論値: 200.59 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Tris is used for adjusting pH | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3s. | |||||||||||||||
詳細 | Human EAAT3 with glutamate bound |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.266 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |