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- EMDB-26911: Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26911
タイトルRat Kidney V-ATPase with SidK, State 2
マップデータV-ATPase with SidK, State 2
試料
  • 複合体: Rat Kidney V-ATPase with SidK
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 1種
キーワードV-ATPase / Complex / Membrane protein / PROTON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / transporter activator activity / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / NURF complex / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / head morphogenesis / protein localization to cilium / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / ATPase activator activity / microvillus / regulation of MAPK cascade / MLL1 complex / autophagosome membrane / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / ruffle / axon terminus / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / receptor-mediated endocytosis / secretory granule / terminal bouton / small GTPase binding / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / apical part of cell / synaptic vesicle / melanosome / signaling receptor activity / ATPase binding / cell body / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / endosome membrane / cilium / apical plasma membrane / axon / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / ATPase, V1 complex, subunit D / V-type ATPase subunit E / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit H / ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit G / Ribonuclease K / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c ...V-type proton ATPase subunit H / ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit G / Ribonuclease K / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase subunit / Type IV secretion protein Dot / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit E 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Rubinstein JL / Abbas YM
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of V-ATPase with NCOA7B
著者: Abbas YM / Rubinstein JL
履歴
登録2022年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈V-ATPase with SidK, State 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.32 Å/pix.
x 340 pix.
= 449.65 Å		1.32 Å/pix.
x 340 pix.
= 449.65 Å		1.32 Å/pix.
x 340 pix.
= 449.65 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3225 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-42.001246999999999 - 66.057169999999999
平均 (標準偏差)0.011006999 (±1.3477247)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 449.65 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rat Kidney V-ATPase with SidK

全体名称: Rat Kidney V-ATPase with SidK
要素
  • 複合体: Rat Kidney V-ATPase with SidK
    • タンパク質・ペプチド: ATPase H+-transporting V1 subunit A
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit C 1
    • タンパク質・ペプチド: ATPase H+-transporting V1 subunit D
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: Effector SidK
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 2
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease K
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Rat Kidney V-ATPase with SidK

超分子名称: Rat Kidney V-ATPase with SidK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

+
分子 #1: ATPase H+-transporting V1 subunit A

分子名称: ATPase H+-transporting V1 subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 68.341836 KDa
配列文字列: MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DIKWEFIPSK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML ...文字列:
MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DIKWEFIPSK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML PPRSRGSVTY IAPPGNYDAS DVVLELEFEG VKEKLSMVQV WPVRQVRPVT EKLPANHPLL TGQRVLDALF PC VQGGTTA IPGAFGCGKT VISQSLSKYS NSDVIIYVGC GERGNEMSEV LRDFPELTME VDGKVESIMK RTALVANTSN MPV AAREAS IYTGITLSEY FRDMGYHVSM MADSTSRWAE ALREISGRLA EMPADSGYPA YLGARLASFY ERAGRVKCLG NPER EGSVS IVGAVSPPGG DFSDPVTSAT LGIVQVFWGL DKKLAQRKHF PSVNWLISYS KYMRALDEYY DKHFTEFVPL RTKAK EILQ EEEDLAEIVQ LVGKASLAET DKITLEVAKL IKDDFLQQNG YTPYDRFCPF YKTVGMLSNM ISFYDMARRA VETTAQ SDN KITWSIIREH MGEILYKLSS MKFKDPVKDG EAKIKADYAQ LLEDMQNAFR SLED

UniProtKB: V-type proton ATPase catalytic subunit A

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分子 #2: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

分子名称: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 56.61157 KDa
配列文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TGGPMAGARE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE ...文字列:
MALRAMRGIV NGAAPELPVP TGGPMAGARE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE MIQTGISAID GMNSIARGQK IPIFSAAGLP HNEIAAQICR QAGLVKKSKD VVDYSEENFA IVFAAMGVNM ET ARFFKSD FEENGSMDNV CLFLNLANDP TIERIITPRL ALTTAEFLAY QCEKHVLVIL TDMSSYAEAL REVSAAREEV PGR RGFPGY MYTDLATIYE RAGRVEGRNG SITQIPILTM PNDDITHPIP DLTGYITEGQ IYVDRQLHNR QIYPPINVLP SLSR LMKSA IGEGMTRKDH ADVSNQLYAC YAIGKDVQAM KAVVGEEALT SDDLLYLEFL QKFEKNFITQ GPYENRTVYE TLDIG WQLL RIFPKEMLKR IPQSTLSEFY PRDSAKH

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit C 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit C 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 43.958453 KDa
配列文字列: MTEFWLISAP GEKTCQQTWE KLHAATTKNN NLAVSSKFNI PDLKVGTLDV LVGLSDELAK LDAFVEGVVK KVAQYMADVL EDSKDKVQE NLLASGVDLV TYITRFQWDM AKYPIKQSLK NISEIIAKGV TQIDNDLKSR ASAYNNLKGN LQNLERKNAG S LLTRSLAE ...文字列:
MTEFWLISAP GEKTCQQTWE KLHAATTKNN NLAVSSKFNI PDLKVGTLDV LVGLSDELAK LDAFVEGVVK KVAQYMADVL EDSKDKVQE NLLASGVDLV TYITRFQWDM AKYPIKQSLK NISEIIAKGV TQIDNDLKSR ASAYNNLKGN LQNLERKNAG S LLTRSLAE IVKKDDFVLD SEYLVTLLVV VPKLNHNDWI KQYETLAEMV VPRSSNVLSE DQDSYLCNVT LFKKAVDDFR HK ARENKFI VRDFQYNEEE MRADKEEMNR LSTDKKKQFG PLVRWLKVNF SEAFIAWIHI KALRVFVESV LRYGLPVNFQ AML LQPNKK SVKKLREVLH ELYKHLDSSA AAIIDAPMDI PGLNLSQQEY YPYVYYKIDC NLLEFK

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit C 1

+
分子 #4: ATPase H+-transporting V1 subunit D

分子名称: ATPase H+-transporting V1 subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 28.35902 KDa
配列文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR ...文字列:
MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR VNAIEHVIIP RIERTLAYII TELDEREREE FYRLKKIQEK KKIIKEKSEK DLERRRAAGE VMEPANLLAE EK DEDLLFE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

+
分子 #5: V-type proton ATPase subunit E 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit E 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 26.167453 KDa
配列文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPMYKIAT K KDVDVQID ...文字列:
MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPMYKIAT K KDVDVQID LEAYLPEDIA GGVEIYNGDR KIKVSNTLES RLDLIAQQMM PEVRGALFGA NANRKFLD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E 1

+
分子 #6: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 13.389262 KDa
配列文字列:
MAGRGKLIAV IGDEDTVTGF LLGGIGELNK NRHPNFLVVE KDTTINEIED TFRQFLNRDD IGIILINQYI AEMVRHALDA HQRSIPAVL EIPSKEHPYD AAKDSILRRA KGMFTAEDLR

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 13.733393 KDa
配列文字列:
MASQSQGIQQ LLQAEKRAAE KVSEARKRKN RRLKQAKEEA QAEIEQYRLQ REKEFKAKEA AALGSHGSCS SEVEKETQEK MTILQNYFE QNRDEVLDNL LAFVCDIRPE IHENYRING

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G

+
分子 #8: V-type proton ATPase subunit H

分子名称: V-type proton ATPase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 55.936949 KDa
配列文字列: MTKMDIRGAV DAAVPTNIIA AKAAEVRANK VNWQSYLQGQ MISAEDCEFI QRFEMKRCSE EKQEMLQTEG SQCAKTFINL MTHISKEQT VQYILTMVDD MLQENHQRVS IFFDYAKRSK STAWPYFLPM LNRQDPFTVH MAARIIAKLA AWGKELMEGS D LNYYFNWI ...文字列:
MTKMDIRGAV DAAVPTNIIA AKAAEVRANK VNWQSYLQGQ MISAEDCEFI QRFEMKRCSE EKQEMLQTEG SQCAKTFINL MTHISKEQT VQYILTMVDD MLQENHQRVS IFFDYAKRSK STAWPYFLPM LNRQDPFTVH MAARIIAKLA AWGKELMEGS D LNYYFNWI KTQLSSQKLR GSGVAVETGT ISASDSSQYV QCVAGCLQLM LRVNEYRFAW VEADGVNCIM GVLSNKCGFQ LQ YQMIFSI WLLAFSPQMC EHLRRYNIIP VLSDILQESV KEKVTRIILA AFRNFLEKST ERETRQEYAL AMIQCKVLKQ LEN LEQQKY DDEDISEDIK FLLEKLGESV QDLSSFDEYS SELKSGRLEW SPVHKSEKFW RENAVRLNEK NYELLKILTK LLEV SDDPQ VLAVAAHDVG EYVRHYPRGK RVIEQLGGKQ LVMNHMHHED QQVRYNALLA VQKLMVHNWE YLGKQLQSEQ PQTAA ARS

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit H

+
分子 #9: Effector SidK

分子名称: Effector SidK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 34.693605 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GMSFIKVGIK MGGLTSEQYH SQVVGKIGYI ARCMQTIDPE NNLKKIREDY QDVLIWAEKN YRFEEILEAS KSGKCPNDLD ALSRRSLIL QELLRLVSSI SPFKMKLDLI ESQYEKMKQH VNLWKSDYHV KLNQLNQLTD YLKNAAPTPK NNFLRAMTSV L QMQIAQYG ...文字列:
GMSFIKVGIK MGGLTSEQYH SQVVGKIGYI ARCMQTIDPE NNLKKIREDY QDVLIWAEKN YRFEEILEAS KSGKCPNDLD ALSRRSLIL QELLRLVSSI SPFKMKLDLI ESQYEKMKQH VNLWKSDYHV KLNQLNQLTD YLKNAAPTPK NNFLRAMTSV L QMQIAQYG ITEDNEGINQ LFKLGLHLLA MANEKIDEQY HLFKGYVKDQ PEESPFEGIL PAEDQKILVK TMIDYAMPKL SS KVLQDKL SALSSSDVLT KTLLDSIDRI VKENEKLNAL SKDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDK

UniProtKB: Type IV secretion protein Dot

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分子 #10: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1

分子名称: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 96.429438 KDa
配列文字列: MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELE ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPNE M GRGAPLRL ...文字列:
MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELE ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPNE M GRGAPLRL GFVAGVINRE RIPTFERMLW RVCRGNVFLR QAEIENPLED PVTGDYVHKS VFIIFFQGDQ LKNRVKKICE GF RASLYPC PETPQERKEM ASGVNTRIDD LQMVLNQTED HRQRVLQAAA KNIRVWFIKV RKMKAIYHTL NLCNIDVTQK CLI AEVWCP VTDLDSIQFA LRRGTEHSGS TVPSILNRMQ TNQTPPTYNK TNKFTHGFQN IVDAYGIGTY REINPAPYTV ITFP FLFAV MFGDFGHGIL MTLFAVWMVL RESRILSQKN ENEMFSMVFS GRYIILLMGL FSIYTGLIYN DCFSKSLNIF GSSWS VRPM FTIGNWTEET LLGSSVLQLN PAIPGVFGGP YPFGIDPIWN IATNKLTFLN SFKMKMSVIL GIIHMLFGVS LSLFNH IYF KKPLNIYFGF IPEIIFMSSL FGYLVILIFY KWTAYDAHSS RNAPSLLIHF INMFLFSYPE SGNAMLYSGQ KGIQCFL IV VAMLCVPWML LFKPLILRHQ YLRKKHLGTL NFGGIRVGNG PTEEDAEIIQ HDQLSTHSED AEEPTEDEVF DFGDTMVH Q AIHTIEYCLG CISNTASYLR LWALSLAHAQ LSEVLWTMVI HIGLHVRSLA GGLGLFFIFA AFATLTVAIL LIMEGLSAF LHALRLHWVE FQNKFYTGTG FKFLPFSFEH IREGKFDE

UniProtKB: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1

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分子 #11: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a

分子名称: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 21.618553 KDa
配列文字列: MTGLELLYLG IFVAFWACMI VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ ...文字列:
MTGLELLYLG IFVAFWACMI VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ NPSLFVKILI VEIFGSAIGL FGVIVAILQT SRVKMGD

UniProtKB: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a

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分子 #12: V-type proton ATPase subunit S1

分子名称: V-type proton ATPase subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 51.160359 KDa
配列文字列: MMAATVVSRI RTGTRWAPVL WLLLSLVAVA AAVAAEQQVP LVLWSSDRDL WAPVADTHEG HITSDMQLST YLDPALELGP RNVLLFLQD KLSIEDFTAY GGVFGNKQDS AFSNLENALD LAPSSLVLPA VDWYAISTLT TYLQEKLGAS PLHVDLATLK E LKLNASLP ...文字列:
MMAATVVSRI RTGTRWAPVL WLLLSLVAVA AAVAAEQQVP LVLWSSDRDL WAPVADTHEG HITSDMQLST YLDPALELGP RNVLLFLQD KLSIEDFTAY GGVFGNKQDS AFSNLENALD LAPSSLVLPA VDWYAISTLT TYLQEKLGAS PLHVDLATLK E LKLNASLP ALLLIRLPYT ASSGLMAPRE VLTGNDEVIG QVLSTLESED VPYTAALTAV RPSRVARDVA MVAGGLGRQL LQ TQVASPA IHPPVSYNDT APRILFWAQN FSVAYKDEWK DLTSLTFGVE NLNLTGSFWN DSFAMLSLTY EPLFGATVTF KFI LASRFY PVSARYWFTM ERLEIHSNGS VAHFNVSQVT GPSIYSFHCE YVSSLSKKGS LLVTNVPSLW QMTLHNFQIQ AFNV TGEQF SYASDCAGFF SPGIWMGLLT TLFMLFIFTY GLHMILSLKT MDRFDDRKGP TITLTQIV

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit S1

+
分子 #13: V-type proton ATPase subunit

分子名称: V-type proton ATPase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 40.341934 KDa
配列文字列: MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDKLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI ...文字列:
MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDKLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI SEQDLDEMNI EIIRNTLYKA YLESFYKFCT LLGGTTADAM CPILEFEADR RAFIITINSF GTELSKEDRA KL FPHCGRL YPEGLAQLAR ADDYEQVKNV ADYYPEYKLL FEGAGSNPGD KTLEDRFFEH EVKLNKLAFL NQFHFGVFYA FVK LKEQEC RNIVWIAECI AQRHRAKIDN YIPIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit

+
分子 #14: V-type proton ATPase subunit e 2

分子名称: V-type proton ATPase subunit e 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 9.20302 KDa
配列文字列:
MTAHSFALPV IIFTTFWGLI GIAGPWFVPK GPNRGVIITM LVATAVCCYL FWLIAILAQL NPLFGPQLKN ETIWYVRFLW E

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e 2

+
分子 #15: Ribonuclease K

分子名称: Ribonuclease K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 11.000004 KDa
配列文字列:
MASLLCCGPK LAACGIVLSA WGVIMLIMLG IFFNVHSAVL IEDVPFTEKD FENGPQNIYN LYEQVSYNCF IAAGLYLLLG GFSFCQVRL NKRKEYMVR

UniProtKB: Ribonuclease K

+
分子 #16: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 15.815833 KDa
配列文字列:
MADIKNNPEY SSFFGVMGAS SAMVFSAMGA AYGTAKSGTG IAAMSVMRPE LIMKSIIPVV MAGIIAIYGL VVAVLIANSL TDGITLYRS FLQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GTAQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LILSTK

UniProtKB: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

+
分子 #17: Renin receptor

分子名称: Renin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 39.118578 KDa
配列文字列: MAVLVVLLSS LVSSALANEF SILRSPGSVV FRNGNWPIPG DRIPDVAALS MGFSVKEDLS WPGLAVGNLF HRPRATIMVT VKGVDKLAL PTGSVISYPL ENAVPFSLDS VANSIHSLFS EETPVVLQLA PSEERVYMVG KANSVFEDLS VTLRQLRNRL F QENSVLNS ...文字列:
MAVLVVLLSS LVSSALANEF SILRSPGSVV FRNGNWPIPG DRIPDVAALS MGFSVKEDLS WPGLAVGNLF HRPRATIMVT VKGVDKLAL PTGSVISYPL ENAVPFSLDS VANSIHSLFS EETPVVLQLA PSEERVYMVG KANSVFEDLS VTLRQLRNRL F QENSVLNS LPLNSLSRNN EVDLLFLSEL QVLHDISSLL SRHKHLAKDH SPDLYSLELA GLDELGKRYG EDSEQFRDAS RI LVDALQK FADDMYSLYG GNAVVELVTV KSFDTSLVRK SRTILETKQE NTQSPYNLAY KYNLEYSVVF NLVLWIMTGL ALA VIITSY NIWNMDPGYD SIIYRMTNQK IRMD

UniProtKB: Renin receptor

+
分子 #18: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 44.825 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER
詳細: Model-map FSC (threshold 0.5) calculated in phenix.validation_cryoem
使用した粒子像数: 46604
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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