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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2-GDPCP (structure II-A) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() translational initiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Compact IF2 allows initiator tRNA accommodation into the P site and gates the ribosome to elongation 著者: Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 256.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 85.2 KB 85.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 250 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 15.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 387.7 MB 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7unvMC ![]() 7unqC ![]() 7unrC ![]() 7untC ![]() 7unuC ![]() 7unwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.7 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2 collected on Gatan K3 in Super Resolution [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to...
ファイル | emd_26634_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2-GDPCP (structure II-A). Sharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to...
ファイル | emd_26634_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2-GDPCP (structure II-A). Half-map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to...
ファイル | emd_26634_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2-GDPCP (structure II-A). Half-map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to I...
+超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to I...
+分子 #1: 16S Ribosomal RNA
+分子 #22: P-site initiator tRNA
+分子 #23: mRNA
+分子 #25: 23S Ribosomal RNA
+分子 #26: 5S Ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #24: Translation initiation factor IF-2
+分子 #27: 50S ribosomal protein L2
+分子 #28: 50S ribosomal protein L3
+分子 #29: 50S ribosomal protein L4
+分子 #30: 50S ribosomal protein L5
+分子 #31: 50S ribosomal protein L6
+分子 #32: 50S ribosomal protein L9
+分子 #33: 50S ribosomal protein L10
+分子 #34: 50S ribosomal protein L11
+分子 #35: 50S ribosomal protein L13
+分子 #36: 50S ribosomal protein L14
+分子 #37: 50S ribosomal protein L15
+分子 #38: 50S ribosomal protein L16
+分子 #39: 50S ribosomal protein L17
+分子 #40: 50S ribosomal protein L18
+分子 #41: 50S ribosomal protein L19
+分子 #42: 50S ribosomal protein L20
+分子 #43: 50S ribosomal protein L21
+分子 #44: 50S ribosomal protein L22
+分子 #45: 50S ribosomal protein L23
+分子 #46: 50S ribosomal protein L24
+分子 #47: 50S ribosomal protein L25
+分子 #48: 50S ribosomal protein L27
+分子 #49: 50S ribosomal protein L28
+分子 #50: 50S ribosomal protein L29
+分子 #51: 50S ribosomal protein L30
+分子 #52: 50S ribosomal protein L31
+分子 #53: 50S ribosomal protein L32
+分子 #54: 50S ribosomal protein L33
+分子 #55: 50S ribosomal protein L34
+分子 #56: 50S ribosomal protein L35
+分子 #57: 50S ribosomal protein L36
+分子 #58: MAGNESIUM ION
+分子 #59: N-FORMYLMETHIONINE
+分子 #60: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
+分子 #61: ZINC ION
+分子 #62: water
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8056 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 878576 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 73337 |