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- EMDB-26629: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26629
タイトルCompact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-A)
マップデータ
試料
  • 複合体: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-A)
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードInitiation Factor 2 / 70S ribosome / cryo-EM / translation initiation / initiator tRNA / conformational changes / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / translational initiation / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : ...Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Putative DNA-binding domain superfamily / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136936 米国
Robert A. Welch FoundationH-2032-20200401 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Compact IF2 allows initiator tRNA accommodation into the P site and gates the ribosome to elongation
著者: Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG
履歴
登録2022年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 435.2 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 435.2 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.5045305 - 1.4265726
平均 (標準偏差)-0.0062281555 (±0.025965234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26629_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S...

ファイルemd_26629_additional_1.map
注釈Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex (I-A). Sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S...

ファイルemd_26629_half_map_1.map
注釈Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex (I-A). Half-map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S...

ファイルemd_26629_half_map_2.map
注釈Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex (I-A). Half-map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome ...

全体名称: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-A)
要素
  • 複合体: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-A)
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome ...

超分子名称: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-A)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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分子 #1: Translation initiation factor IF-2

分子名称: Translation initiation factor IF-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 91.049641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQVTVKELA QVVDTPVERL LLQMRDAGLP HTSAEQVVTD SEKQALLTHL KGSHGDRASE PRKITLQRKT TTTLKVGGSK TVSVEVRKK KTYVKRSPDE IEAERQRELE EQRAAEEAER LKAEEAAARQ RAEEEARKAE EAARAKAAQE AAATAGAEPA V VADVAVAE ...文字列:
MTQVTVKELA QVVDTPVERL LLQMRDAGLP HTSAEQVVTD SEKQALLTHL KGSHGDRASE PRKITLQRKT TTTLKVGGSK TVSVEVRKK KTYVKRSPDE IEAERQRELE EQRAAEEAER LKAEEAAARQ RAEEEARKAE EAARAKAAQE AAATAGAEPA V VADVAVAE PVAKPAAVEE RKKEEPRRVP KRDEDDDRRD RKHTQHRPSV KEKEKVPAPR VAPRSTDEES DGYRRGGRGG KS KLKKRNQ HGFQNPTGPI VREVNIGETI TVAELAAQMS VKGAEVVKFM FKMGSPVTIN QVLDQETAQL VAEELGHKVK LVS ENALEE QLAESLKFEG EAVTRAPVVT VMGHVDHGKT SLLDYIRRAK VAAGEAGGIT QHIGAYHVET ERGMVTFLDT PGHA AFTAM RARGAQATDI VILVVAADDG VMPQTQEAVQ HAKAAGVPIV VAVNKIDKPE ANPDNIKNGL AALDVIPEEW GGDAP FVPV SAKLGTGVDE LLEAVLLQAE VLELKATPSA PGRGVVVESR LDKGRGPVAT VLVQDGTLRQ GDMVLVGINY GRVRAM LDE NGKPIKEAGP SIPVEILGLD GTPDAGDEMT VVADEKKARE VALFRQGKFR EVKLARAHAG KLENIFENMG QEEKKTL NI VLKADVRGSL EALQGSLSGL GNDEVQVRVV GGGVGGITES DANLALASNA VLFGFNVRAD AGARKIVEAE GLDMRYYN V IYDIIEDVKK ALTGMLGSDL RENILGIAEV RDVFRSPKFG AIAGCMVTEG MVHRNRPIRV LRDDVVIFEG ELESLRRFK DDVAEVRAGM ECGIGVKSYN DVKVGDKIEV FEKVEVARSL

UniProtKB: Translation initiation factor IF-2

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分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8056 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 878576
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 21480
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3jcj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7unq:
Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-A)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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