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- EMDB-26605: H1 Solomon Islands 2006 hemagglutinin in complex with Ab109 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26605
タイトルH1 Solomon Islands 2006 hemagglutinin in complex with Ab109
マップデータH1 Solomon Islands 2006 in complex with ab109
試料
  • 複合体: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab
    • 複合体: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: ab109 Fab heavy chain, ab 109 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: ab109 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ab109 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza / antibody / vaccine / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Windsor IW / Caradonna TM / Schmidt AG
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI146779 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI089618 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: An epitope-enriched immunogen expands responses to a conserved viral site.
著者: Timothy M Caradonna / Larance Ronsard / Ashraf S Yousif / Ian W Windsor / Rachel Hecht / Thalia Bracamonte-Moreno / Anne A Roffler / Max J Maron / Daniel P Maurer / Jared Feldman / Elisa ...著者: Timothy M Caradonna / Larance Ronsard / Ashraf S Yousif / Ian W Windsor / Rachel Hecht / Thalia Bracamonte-Moreno / Anne A Roffler / Max J Maron / Daniel P Maurer / Jared Feldman / Elisa Marchiori / Ralston M Barnes / Daniel Rohrer / Nils Lonberg / Thomas H Oguin / Gregory D Sempowski / Thomas B Kepler / Masayuki Kuraoka / Daniel Lingwood / Aaron G Schmidt /
要旨: Pathogens evade host humoral responses by accumulating mutations in surface antigens. While variable, there are conserved regions that cannot mutate without compromising fitness. Antibodies targeting ...Pathogens evade host humoral responses by accumulating mutations in surface antigens. While variable, there are conserved regions that cannot mutate without compromising fitness. Antibodies targeting these conserved epitopes are often broadly protective but remain minor components of the repertoire. Rational immunogen design leverages a structural understanding of viral antigens to modulate humoral responses to favor these responses. Here, we report an epitope-enriched immunogen presenting a higher copy number of the influenza hemagglutinin (HA) receptor-binding site (RBS) epitope relative to other B cell epitopes. Immunization in a partially humanized murine model imprinted with an H1 influenza shows H1-specific serum and >99% H1-specific B cells being RBS-directed. Single B cell analyses show a genetically restricted response that structural analysis defines as RBS-directed antibodies engaging the RBS with germline-encoded contacts. These data show how epitope enrichment expands B cell responses toward conserved epitopes and advances immunogen design approaches for next-generation viral vaccines.
履歴
登録2022年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26605.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈H1 Solomon Islands 2006 in complex with ab109
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 272.25 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 272.25 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 272.25 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.03275566 - 0.06430363
平均 (標準偏差)-0.00001172824 (±0.0024825619)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 272.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab

全体名称: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab
要素
  • 複合体: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab
    • 複合体: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: ab109 Fab heavy chain, ab 109 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: ab109 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ab109 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab

超分子名称: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Hemagglutinin

超分子名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: ab109 Fab heavy chain, ab 109 Fab light chain

超分子名称: ab109 Fab heavy chain, ab 109 Fab light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)
分子量理論値: 58.608316 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ADPGYLLEDT ICIGYHANNS TDTVDTVLEK NVTVTHSVNL LEDSHNGKLC LLKGIAPLQL GNCSVAGWIL GNPECELLIS RESWSYIVE KPNPENGTCY PGHFADYEEL REQLSSVSSF ERFEIFPKES SWPNHTTTGV SASCSHNGES SFYKNLLWLT G KNGLYPNL ...文字列:
ADPGYLLEDT ICIGYHANNS TDTVDTVLEK NVTVTHSVNL LEDSHNGKLC LLKGIAPLQL GNCSVAGWIL GNPECELLIS RESWSYIVE KPNPENGTCY PGHFADYEEL REQLSSVSSF ERFEIFPKES SWPNHTTTGV SASCSHNGES SFYKNLLWLT G KNGLYPNL SKSYANNKEK EVLVLWGVHH PPNIGDQRAL YHTENAYVSV VSSHYSRKFT PEIAKRPKVR DQEGRINYYW TL LEPGDTI IFEANGNLIA PRYAFALSRG FGSGIINSNA PMDECDAKCQ TPQGAINSSL PFQNVHPVTI GECPKYVRSA KLR MVTGLR NIPSIQSRGL FGAIAGFIEG GWTGMVDGWY GYHHQNEQGS GYAADQKSTQ NAINGITNKV NSVIEKMNTQ FTAV GKEFN KLERRMENLN KKVDDGFIDI WTYNAELLVL LENERTLDFH DSNVKNLYEK VKSQLKNNAK EIGNGCFEFY HKCND ECME SVKNGTYDYP KYSEESKLNR EKIDGVRSGS GGALEVLFQ

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: ab109 Fab heavy chain

分子名称: ab109 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.267232 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPNTGGTVY AQTFQARVTM TRDTSISTAY MELIRLRSD DTAVYYCARE RGTGAPDAFN IWGQGTLVTV SGASTKGPSV FPLAPSGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG A LTSGVHTF ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPNTGGTVY AQTFQARVTM TRDTSISTAY MELIRLRSD DTAVYYCARE RGTGAPDAFN IWGQGTLVTV SGASTKGPSV FPLAPSGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG A LTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC

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分子 #3: ab109 Fab light chain

分子名称: ab109 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.806414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASKSVS TSGYSYIHWY QQKPGQPPKL LIYLATNLES GVPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YYCQHSRDTP YTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列:
DIVMTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASKSVS TSGYSYIHWY QQKPGQPPKL LIYLATNLES GVPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YYCQHSRDTP YTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.07 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 67533
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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