[日本語] English
万見
- EMDB-26311: Cryo-electron microscopy structure of human mt-SerRS in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26311
タイトルCryo-electron microscopy structure of human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL)
マップデータCryo-electron microscopy structure of human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL)
試料
  • 複合体: Human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL) and SerSA
    • RNA: RNA (53-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Serine--tRNA ligase, mitochondrial
  • リガンド: 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE
キーワードtRNA / SerRS / ligase-RNA complex / mitochondria / aminoacylation
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial seryl-tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Hirschi M / Kuhle B
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01GM125908 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG067594 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG061697 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021634 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for shape-selective recognition and aminoacylation of a D-armless human mitochondrial tRNA.
著者: Bernhard Kuhle / Marscha Hirschi / Lili K Doerfel / Gabriel C Lander / Paul Schimmel /
要旨: Human mitochondrial gene expression relies on the specific recognition and aminoacylation of mitochondrial tRNAs (mtRNAs) by nuclear-encoded mitochondrial aminoacyl-tRNA synthetases (mt-aaRSs). ...Human mitochondrial gene expression relies on the specific recognition and aminoacylation of mitochondrial tRNAs (mtRNAs) by nuclear-encoded mitochondrial aminoacyl-tRNA synthetases (mt-aaRSs). Despite their essential role in cellular energy homeostasis, strong mutation pressure and genetic drift have led to an unparalleled sequence erosion of animal mtRNAs. The structural and functional consequences of this erosion are not understood. Here, we present cryo-EM structures of the human mitochondrial seryl-tRNA synthetase (mSerRS) in complex with mtRNA. These structures reveal a unique mechanism of substrate recognition and aminoacylation. The mtRNA is highly degenerated, having lost the entire D-arm, tertiary core, and stable L-shaped fold that define canonical tRNAs. Instead, mtRNA evolved unique structural innovations, including a radically altered T-arm topology that serves as critical identity determinant in an unusual shape-selective readout mechanism by mSerRS. Our results provide a molecular framework to understand the principles of mito-nuclear co-evolution and specialized mechanisms of tRNA recognition in mammalian mitochondrial gene expression.
履歴
登録2022年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26311.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-electron microscopy structure of human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.049186926 - 0.07488911
平均 (標準偏差)0.000017854107 (±0.0026707994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 193.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL) and SerSA

全体名称: Human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL) and SerSA
要素
  • 複合体: Human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL) and SerSA
    • RNA: RNA (53-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Serine--tRNA ligase, mitochondrial
  • リガンド: 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE

-
超分子 #1: Human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL) and SerSA

超分子名称: Human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(GCU-TL) and SerSA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: RNA (53-MER)

分子名称: RNA (53-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.884113 KDa
配列文字列:
GAGAAAGCUC ACAAGGCCAU GCCCCCAUGU CUAACAACAU GGCUUUCUCA CCA

-
分子 #2: Serine--tRNA ligase, mitochondrial

分子名称: Serine--tRNA ligase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine-tRNA ligase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.358391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAASMARRLW PLLTRRGFRP RGGCISNDSP RRSFTTEKRN RNLLYEYARE GYSALPQLDI ERFCACPEEA AHALELRKGE LRSADLPAI ISTWQELRQL QEQIRSLEEE KAAVTEAVRA LLANQDSGEV QQDPKYQGLR ARGREIRKEL VHLYPREAQL E EQFYLQAL ...文字列:
MAASMARRLW PLLTRRGFRP RGGCISNDSP RRSFTTEKRN RNLLYEYARE GYSALPQLDI ERFCACPEEA AHALELRKGE LRSADLPAI ISTWQELRQL QEQIRSLEEE KAAVTEAVRA LLANQDSGEV QQDPKYQGLR ARGREIRKEL VHLYPREAQL E EQFYLQAL KLPNQTHPDV PVGDESQARV LHMVGDKPVF SFQPRGHLEI GEKLDIIRQK RLSHVSGHRS YYLRGAGALL QH GLVNFTF NKLLRRGFTP MTVPDLLRGA VFEGCGMTPN ANPSQIYNID PARFKDLNLA GTAEVGLAGY FMDHTVAFRD LPV RMVCSS TCYRAETNTG QEPRGLYRVH HFTKVEMFGV TGPGLEQSSQ LLEEFLSLQM EILTELGLHF RVLDMPTQEL GLPA YRKFD IEAWMPGRGR FGEVTSASNC TDFQSRRLHI MFQTEAGELQ FAHTVNATAC AVPRLLIALL ESNQQKDGSV LVPPA LQSY LGTDRITAPT HVPLQYIGPN QPRKPGLPGQ PAVS

UniProtKB: Serine--tRNA ligase, mitochondrial

-
分子 #3: 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE

分子名称: 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: SSA
分子量理論値: 433.397 Da
Chemical component information

ChemComp-SSA:
5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-セリルスルファモイル)アデノシン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 118269
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る