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- EMDB-26086: Human telomerase catalytic core structure at 3.3 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26086
タイトルHuman telomerase catalytic core structure at 3.3 Angstrom
マップデータTelomerase catalytic core structure at 3.3 Angstrom
試料
  • 複合体: human telomerase catalytic core with DNA-substrate
    • RNA: Telomerase RNA, partial sequence
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
    • DNA: Telomeric repeat substrate
キーワードDNA / RNA / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of protein localization to nucleolus / siRNA transcription / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process ...positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of protein localization to nucleolus / siRNA transcription / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / : / establishment of protein localization to telomere / telomerase activity / nuclear telomere cap complex / siRNA processing / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / telomerase RNA binding / DNA biosynthetic process / RNA-templated transcription / telomeric DNA binding / positive regulation of stem cell proliferation / mitochondrial nucleoid / negative regulation of cellular senescence / Telomere Extension By Telomerase / telomere maintenance via telomerase / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / replicative senescence / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cadmium ion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / telomere maintenance / mitochondrion organization / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of glucose import / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / regulation of protein stability / PML body / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / RNA-directed DNA polymerase / positive regulation of angiogenesis / RNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of protein binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to hypoxia / negative regulation of neuron apoptotic process / chromosome, telomeric region / tRNA binding / nuclear speck / negative regulation of gene expression / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu B / He Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131901 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB2016540 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of active human telomerase with telomere shelterin protein TPP1.
著者: Baocheng Liu / Yao He / Yaqiang Wang / He Song / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: Human telomerase is a RNA-protein complex that extends the 3' end of linear chromosomes by synthesizing multiple copies of the telomeric repeat TTAGGG. Its activity is a determinant of cancer ...Human telomerase is a RNA-protein complex that extends the 3' end of linear chromosomes by synthesizing multiple copies of the telomeric repeat TTAGGG. Its activity is a determinant of cancer progression, stem cell renewal and cellular aging. Telomerase is recruited to telomeres and activated for telomere repeat synthesis by the telomere shelterin protein TPP1. Human telomerase has a bilobal structure with a catalytic core ribonuclear protein and a H and ACA box ribonuclear protein. Here we report cryo-electron microscopy structures of human telomerase catalytic core of telomerase reverse transcriptase (TERT) and telomerase RNA (TER (also known as hTR)), and of telomerase with the shelterin protein TPP1. TPP1 forms a structured interface with the TERT-unique telomerase essential N-terminal domain (TEN) and the telomerase RAP motif (TRAP) that are unique to TERT, and conformational dynamics of TEN-TRAP are damped upon TPP1 binding, defining the requirements for recruitment and activation. The structures further reveal that the elements of TERT and TER that are involved in template and telomeric DNA handling-including the TEN domain and the TRAP-thumb helix channel-are largely structurally homologous to those in Tetrahymena telomerase, and provide unique insights into the mechanism of telomerase activity. The binding site of the telomerase inhibitor BIBR1532 overlaps a critical interaction between the TER pseudoknot and the TERT thumb domain. Numerous mutations leading to telomeropathies are located at the TERT-TER and TEN-TRAP-TPP1 interfaces, highlighting the importance of TER-TERT and TPP1 interactions for telomerase activity, recruitment and as drug targets.
履歴
登録2022年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26086.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26086.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Telomerase catalytic core structure at 3.3 Angstrom
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.06880306 - 0.14215542
平均 (標準偏差)0.00021361822 (±0.003477428)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human telomerase catalytic core with DNA-substrate

全体名称: human telomerase catalytic core with DNA-substrate
要素
  • 複合体: human telomerase catalytic core with DNA-substrate
    • RNA: Telomerase RNA, partial sequence
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
    • DNA: Telomeric repeat substrate

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超分子 #1: human telomerase catalytic core with DNA-substrate

超分子名称: human telomerase catalytic core with DNA-substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Telomerase RNA, partial sequence

分子名称: Telomerase RNA, partial sequence / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 145.477797 KDa
配列文字列: GGGUUGCGGA GGGUGGGCCU GGGAGGGGUG GUGGCCAUUU UUUGUCUAAC CCUAACUGAG AAGGGCGUAG GCGCCGUGCU UUUGCUCCC CGCGCGCUGU UUUUCUCGCU GACUUUCAGC GGGCGGAAAA GCCUCGGCCU GCCGCCUUCC ACCGUUCAUU C UAGAGCAA ...文字列:
GGGUUGCGGA GGGUGGGCCU GGGAGGGGUG GUGGCCAUUU UUUGUCUAAC CCUAACUGAG AAGGGCGUAG GCGCCGUGCU UUUGCUCCC CGCGCGCUGU UUUUCUCGCU GACUUUCAGC GGGCGGAAAA GCCUCGGCCU GCCGCCUUCC ACCGUUCAUU C UAGAGCAA ACAAAAAAUG UCAGCUGCUG GCCCGUUCGC CCCUCCCGGG GACCUGCGGC GGGUCGCCUG CCCAGCCCCC GA ACCCCGC CUGGAGGCCG CGGUCGGCCC GGGGCUUCUC CGGAGGCACC CACUGCCACC GCGAAGAGUU GGGCUCUGUC AGC CGCGGG UCUCUCGGGG GCGAGGGCGA GGUUCAGGCC UUUCAGGCCG CAGGAAGAGG AACGGAGCGA GUCCCCGCGC GCGG CGCGA UUCCCUGAGC UGUGGGACGU GCACCCAGGA CUCGGCUCAC ACAUGC

GENBANK: GENBANK: U85256.1

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分子 #2: Telomerase reverse transcriptase

分子名称: Telomerase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 130.711492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GHMSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKSAMPRAP RCRAVRSLLR SHYREVLPLA TFVRRLGPQG WRLVQRGDPA AFRALVAQC LVCVPWDARP PPAAPSFRQV SCLKELVARV LQRLCERGAK NVLAFGFALL DGARGGPPEA FTTSVRSYLP N TVTDALRG ...文字列:
GHMSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKSAMPRAP RCRAVRSLLR SHYREVLPLA TFVRRLGPQG WRLVQRGDPA AFRALVAQC LVCVPWDARP PPAAPSFRQV SCLKELVARV LQRLCERGAK NVLAFGFALL DGARGGPPEA FTTSVRSYLP N TVTDALRG SGAWGLLLRR VGDDVLVHLL ARCALFVLVA PSCAYQVCGP PLYQLGAATQ ARPPPHASGP RRRLGCERAW NH SVREAGV PLGLPAPGAR RRGGSASRSL PLPKRPRRGA APEPERTPVG QGSWAHPGRT RGPSDRGFCV VSPARPAEEA TSL EGALSG TRHSHPSVGR QHHAGPPSTS RPPRPWDTPC PPVYAETKHF LYSSGDKEQL RPSFLLSSLR PSLTGARRLV ETIF LGSRP WMPGTPRRLP RLPQRYWQMR PLFLELLGNH AQCPYGVLLK THCPLRAAVT PAAGVCAREK PQGSVAAPEE EDTDP RRLV QLLRQHSSPW QVYGFVRACL RRLVPPGLWG SRHNERRFLR NTKKFISLGK HAKLSLQELT WKMSVRDCAW LRRSPG VGC VPAAEHRLRE EILAKFLHWL MSVYVVELLR SFFYVTETTF QKNRLFFYRK SVWSKLQSIG IRQHLKRVQL RELSEAE VR QHREARPALL TSRLRFIPKP DGLRPIVNMD YVVGARTFRR EKRAERLTSR VKALFSVLNY ERARRPGLLG ASVLGLDD I HRAWRTFVLR VRAQDPPPEL YFVKVDVTGA YDTIPQDRLT EVIASIIKPQ NTYCVRRYAV VQKAAHGHVR KAFKSHVST LTDLQPYMRQ FVAHLQETSP LRDAVVIEQS SSLNEASSGL FDVFLRFMCH HAVRIRGKSY VQCQGIPQGS ILSTLLCSLC YGDMENKLF AGIRRDGLLL RLVDDFLLVT PHLTHAKTFL RTLVRGVPEY GCVVNLRKTV VNFPVEDEAL GGTAFVQMPA H GLFPWCGL LLDTRTLEVQ SDYSSYARTS IRASLTFNRG FKAGRNMRRK LFGVLRLKCH SLFLDLQVNS LQTVCTNIYK IL LLQAYRF HACVLQLPFH QQVWKNPTFF LRVISDTASL CYSILKAKNA GMSLGAKGAA GPLPSEAVQW LCHQAFLLKL TRH RVTYVP LLGSLRTAQT QLSRKLPGTT LTALEAAANP ALPSDFKTIL D

UniProtKB: Telomerase reverse transcriptase

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分子 #3: Telomeric repeat substrate

分子名称: Telomeric repeat substrate / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.514567 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7521

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 291504
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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