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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Apo CaKip3[2-436]-L2-mutant(HsKHC) in complex with a microtubule | ||||||||||||
![]() | Primary map, locally refined on the central asymmetric unit | ||||||||||||
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![]() | Kip3 / kinesin / motility / microtubule / tubulin / MOTOR PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cytoplasm organization / cytolytic granule membrane / mitotic spindle astral microtubule / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / mitocytosis / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde axonal protein transport / mitotic spindle midzone / retrograde neuronal dense core vesicle transport ...cytoplasm organization / cytolytic granule membrane / mitotic spindle astral microtubule / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / mitocytosis / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde axonal protein transport / mitotic spindle midzone / retrograde neuronal dense core vesicle transport / vesicle transport along microtubule / lysosome localization / positive regulation of potassium ion transport / natural killer cell mediated cytotoxicity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / RHO GTPases activate KTN1 / RHO GTPases activate IQGAPs / stress granule disassembly / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / mitochondrion transport along microtubule / microtubule depolymerization / ciliary rootlet / COPI-mediated anterograde transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / centrosome localization / microtubule motor activity / kinesin complex / synaptic vesicle transport / Insulin processing / microtubule-based movement / mitotic sister chromatid segregation / centriolar satellite / axon cytoplasm / phagocytic vesicle / MHC class II antigen presentation / dendrite cytoplasm / regulation of membrane potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein localization to plasma membrane / axon guidance / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / mitotic cell cycle / microtubule binding / vesicle / microtubule / cadherin binding / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | ||||||||||||
![]() | Benoit MPMH / Asenjo AB / Hunter B / Allingham JS / Sosa H | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Kinesin-8-specific loop-2 controls the dual activities of the motor domain according to tubulin protofilament shape. 著者: Byron Hunter / Matthieu P M H Benoit / Ana B Asenjo / Caitlin Doubleday / Daria Trofimova / Corey Frazer / Irsa Shoukat / Hernando Sosa / John S Allingham / ![]() ![]() 要旨: Kinesin-8s are dual-activity motor proteins that can move processively on microtubules and depolymerize microtubule plus-ends, but their mechanism of combining these distinct activities remains ...Kinesin-8s are dual-activity motor proteins that can move processively on microtubules and depolymerize microtubule plus-ends, but their mechanism of combining these distinct activities remains unclear. We addressed this by obtaining cryo-EM structures (2.6-3.9 Å) of Candida albicans Kip3 in different catalytic states on the microtubule lattice and on a curved microtubule end mimic. We also determined a crystal structure of microtubule-unbound CaKip3-ADP (2.0 Å) and analyzed the biochemical activity of CaKip3 and kinesin-1 mutants. These data reveal that the microtubule depolymerization activity of kinesin-8 originates from conformational changes of its motor core that are amplified by dynamic contacts between its extended loop-2 and tubulin. On curved microtubule ends, loop-1 inserts into preceding motor domains, forming head-to-tail arrays of kinesin-8s that complement loop-2 contacts with curved tubulin and assist depolymerization. On straight tubulin protofilaments in the microtubule lattice, loop-2-tubulin contacts inhibit conformational changes in the motor core, but in the ADP-Pi state these contacts are relaxed, allowing neck-linker docking for motility. We propose that these tubulin shape-induced alternations between pro-microtubule-depolymerization and pro-motility kinesin states, regulated by loop-2, are the key to the dual activity of kinesin-8 motors. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 39.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 128 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() ![]() ![]() | 274.6 MB 274.6 MB 274.6 MB 274.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 218.6 MB 218.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tr2MC ![]() 7lffC ![]() 7tqxC ![]() 7tqyC ![]() 7tqzC ![]() 7tr0C ![]() 7tr1C ![]() 7tr3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Primary map, locally refined on the central asymmetric unit | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.849 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #3
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #4
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map from the gold Standard refinement
ファイル | emd_26079_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map from the gold Standard refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map from the gold Standard refinement
ファイル | emd_26079_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map from the gold Standard refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Apo CaKip3[2-436]-L2-mutant(HsKHC) in complex with a microtubule
+超分子 #1: Apo CaKip3[2-436]-L2-mutant(HsKHC) in complex with a microtubule
+超分子 #2: CaKip3[2-436] with L2 swapped with the one of HsKHC, bound to AMP-PNP
+超分子 #3: 15R microtubule
+分子 #1: Kinesin-like protein,Kinesin-1 heavy chain
+分子 #2: Tubulin alpha-1B chain
+分子 #3: Tubulin beta-2B chain
+分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #7: TAXOL
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均電子線量: 64.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7tr2: |