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万見
- EMDB-26068: Coxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26068
タイトルCoxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-3
マップデータcryoEM map of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-3 - Main Map
試料
  • 複合体: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
    • タンパク質・ペプチド: pAbC-3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: pAbC-3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP4
  • リガンド: MYRISTIC ACID
キーワードpolyclonal antibodies / immune complex / cryoEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Antanasijevic A / Ward AB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2022
タイトル: High-resolution structural analysis of enterovirus-reactive polyclonal antibodies in complex with whole virions.
著者: Antanasijevic A / Schulze AJ / Reddy VS / Ward AB
履歴
登録2022年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月4日-
マップ公開2023年1月4日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM map of CV-A21 viral particle in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-3 - Main Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.01495907 - 0.023312476
平均 (標準偏差)0.00021439615 (±0.0019151873)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 292.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21...

全体名称: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
要素
  • 複合体: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
    • タンパク質・ペプチド: pAbC-3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: pAbC-3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP4
  • リガンド: MYRISTIC ACID

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超分子 #1: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21...

超分子名称: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: The complexes were assembled by combining purified CV-A21 particles and polyclonal antibodies isolated from mice (as Fab fragments)
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)

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分子 #1: pAbC-3 light chain

分子名称: pAbC-3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Light Chain of the polyclonal antibody pAbC-3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 8.188084 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #2: pAbC-3 heavy chain

分子名称: pAbC-3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Light Chain of the polyclonal antibody pAbC-3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.039134 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #3: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: VP1 protein of the coxsackievirus A21 capsid / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 33.234238 KDa
配列文字列: GIEDLIDTAI KNALRVSQPP STQSTEATSG VNSQEVPALT AVETGASGQA IPSDVVETRH VVNYKTRSES CLESFFGRAA CVTILSLTN SSKSGEEKKH FNIWNITYTD TVQLRRKLEF FTYSRFDLEM TFVFTENYPS TASGEVRNQV YQIMYIPPGA P RPSSWDDY ...文字列:
GIEDLIDTAI KNALRVSQPP STQSTEATSG VNSQEVPALT AVETGASGQA IPSDVVETRH VVNYKTRSES CLESFFGRAA CVTILSLTN SSKSGEEKKH FNIWNITYTD TVQLRRKLEF FTYSRFDLEM TFVFTENYPS TASGEVRNQV YQIMYIPPGA P RPSSWDDY TWQSSSNPSI FYMYGNAPPR MSIPYVGIAN AYSHFYDGFA RVPLEGENTD AGDTFYGLVS INDFGVLAVR AV NRSNPHT IHTSVRVYMK PKHIRCWCPR PPRAVLYRGE GVDMISSAIL PLAKVDSITT F

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: VP2 protein of the coxsackievirus A21 capsid / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 29.918537 KDa
配列文字列: SPNVEACGYS DRVRQITLGN STITTQEAAN AIVAYGEWPT YINDSEANPV DAPTEPDVSS NRFYTLESVS WKTTSRGWWW KLPDCLKDM GMFGQNMYYH YLGRSGYTIH VQCNASKFHQ GALGVFLIPE FVMACNTESK TSYVSYINAN PGERGGEFTN T YNPSNTDA ...文字列:
SPNVEACGYS DRVRQITLGN STITTQEAAN AIVAYGEWPT YINDSEANPV DAPTEPDVSS NRFYTLESVS WKTTSRGWWW KLPDCLKDM GMFGQNMYYH YLGRSGYTIH VQCNASKFHQ GALGVFLIPE FVMACNTESK TSYVSYINAN PGERGGEFTN T YNPSNTDA SEGRKFAALD YLLGSGVLAG NAFVYPHQII NLRTNNSATI VVPYVNSLVI DCMAKHNNWG IVILPLAPLA FA ATSSPQV PITVTIAPMC TEFNGLRNIT VPVHQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: VP3 protein of the coxsackievirus A21 capsid / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.596703 KDa
配列文字列: GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPCALPNFDV TPPIHIPGEV KNMMELAEID TLIPMNAVDG KVNTMEMYQI PLNDNLSKAP IFCLSLSPA SDKRLSHTML GEILNYYTHW TGSIRFTFLF CGSMMATGKL LLSYSPPGAK PPTNRKDAML GTHIIWDLGL Q SSCSMVAP ...文字列:
GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPCALPNFDV TPPIHIPGEV KNMMELAEID TLIPMNAVDG KVNTMEMYQI PLNDNLSKAP IFCLSLSPA SDKRLSHTML GEILNYYTHW TGSIRFTFLF CGSMMATGKL LLSYSPPGAK PPTNRKDAML GTHIIWDLGL Q SSCSMVAP WISNTVYRRC ARDDFTEGGF ITCFYQTRIV VPASTPTSMF MLGFVSACPD FSVRLLRDTP HISQSKLIGR TQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #6: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: VP4 protein of the coxsackievirus A21 capsid / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 7.442118 KDa
配列文字列:
MGAQVSTQKT GAHENQNVAA NGSTINYTTI NYYKDSASNS ATRQDLSQDP SKFTEPVKDL MLKTAPALN

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #7: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium chloride

詳細: TBS, 0.2um filtered
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 10 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3-7s blot time.
詳細The complex was generated by incubation of mouse polyclonal antibodies with recombinantly expressed CV-A21 virions and subsequent SEC purification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3862 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 22937
詳細: Cryosparc template picker. Following the 2D classification and symmetry expansion the number of particles was 1334700. Symmetry-expanded particles were used for 3D classification and refinement.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low-pass filtered map of coxsackievirus particle
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: 19748 symmetry expanded particles. / 使用した粒子像数: 29282
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion, regularized likelihood
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion, regularized likelihood
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: 3D classification without image alignment

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1z7s


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7tqs:
Coxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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