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万見
- EMDB-2603: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2603
タイトルKluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
マップデータKluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES in a partially rotated configuration
試料
  • 試料: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
  • 複合体: Kluyveromyces lactis 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: CrPV-IRES
キーワードtranslation.ribosome / eukaryote / initiaction
生物種Kluyveromyces lactis (酵母) / Cricket paralysis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fernandez IS / Bai X / Scheres SHW / Ramakrishnan V
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Initiation of translation by cricket paralysis virus IRES requires its translocation in the ribosome.
著者: Israel S Fernández / Xiao-Chen Bai / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan /
要旨: The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By ...The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By using recent advances in single-particle electron cryomicroscopy, we have solved the structure of CrPV-IRES bound to the ribosome of the yeast Kluyveromyces lactis in both the canonical and rotated states at overall resolutions of 3.7 and 3.8 Å, respectively. In both states, the pseudoknot PKI of the CrPV-IRES mimics a tRNA/mRNA interaction in the decoding center of the A site of the 40S ribosomal subunit. The structure and accompanying factor-binding data show that CrPV-IRES binding mimics a pretranslocation rather than initiation state of the ribosome. Translocation of the IRES by elongation factor 2 (eEF2) is required to bring the first codon of the mRNA into the A site and to allow the start of translation.
履歴
登録2014年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月9日-
マップ公開2014年5月14日-
更新2014年5月21日-
現状2014年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v92
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4v92
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2603.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES in a partially rotated configuration
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 428.8 Å		1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 428.8 Å		1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 428.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.83652657 - 1.22832024
平均 (標準偏差)0.0035031 (±0.04558808)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 428.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.800428.800428.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.8371.2280.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES

全体名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
要素
  • 試料: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
  • 複合体: Kluyveromyces lactis 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: CrPV-IRES

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超分子 #1000: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES

超分子名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 3.8 MDa / 理論値: 3.8 MDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: Kluyveromyces lactis 80S ribosome

超分子名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Kluyveromyces lactis 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: Kluyveromyces lactis / 別称: Kluyveromyces lactis / 組織: Kluyveromyces lactis / 細胞: Kluyveromyces lactis / Organelle: Kluyveromyces lactis / 細胞中の位置: Kluyveromyces lactis
分子量実験値: 3.2 MDa / 理論値: 3.2 MDa

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分子 #1: CrPV-IRES

分子名称: CrPV-IRES / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Cricket paralysis virus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
詳細: 10mM MES-KOH, 40mM K-acetate, 10mM NH4-acetated, 8mM Mg-acetate, 2mM DTT
グリッド詳細: 400mesh R2/2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / Timed resolved state: 30 second incubation time / 手法: 2.5 seconds blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年7月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1900 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0018 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Sample movement corrected as implemented in Relion
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 28421

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3u5b
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera, refmac
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC
得られたモデル

PDB-4v92:
Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3u5d
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera, refmac
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC
得られたモデル

PDB-4v92:
Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3u5c
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera, refmac
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC
得られたモデル

PDB-4v92:
Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

3u5e
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera, refmac
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC
得られたモデル

PDB-4v92:
Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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