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万見
- EMDB-25995: TMEM106B singlet filament extracted from MSTD neurodegenerative h... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25995
タイトルTMEM106B singlet filament extracted from MSTD neurodegenerative human brain
マップデータ
試料
  • 組織: TMEM106B
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 106B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTMEM106B / TMEM filament / MSTD / NEUROPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Transmembrane protein 106 N-terminal region / Transmembrane protein 106 / TM106 protein C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein 106B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Hoq MR / Bharath SR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)5U01NS110437 and and 1RF1AG071177 米国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2023
タイトル: Cross-β helical filaments of Tau and TMEM106B in gray and white matter of multiple system tauopathy with presenile dementia.
著者: Md Rejaul Hoq / Sakshibeedu R Bharath / Grace I Hallinan / Anllely Fernandez / Frank S Vago / Kadir A Ozcan / Daoyi Li / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Bernardino Ghetti / Wen Jiang /
履歴
登録2022年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25995.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-7.8389997 - 16.249009999999998
平均 (標準偏差)0.000000000002532 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 337.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25995_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_25995_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25995_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25995_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMEM106B

全体名称: TMEM106B
要素
  • 組織: TMEM106B
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 106B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: TMEM106B

超分子名称: TMEM106B / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transmembrane protein 106B

分子名称: Transmembrane protein 106B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.156318 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ ...文字列:
MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ VQFSKTVIGK ARLNNITIIG PLDMKQIDYT VPTVIAEEMS YMYDFCTLIS IKVHNIVLMM QVTVTTTYFG HS EQISQER YQYVDCGRNT TYQLGQSEYL NVLQPQQ

UniProtKB: Transmembrane protein 106B

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 1.103 sec. / 平均電子線量: 50.46 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.79 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.43 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16484
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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