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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25715 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of active Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain | ||||||||||||
マップデータ | Phenix local anisotropic sharpened map based on half maps, cropped. An uncropped map was used for Phenix real-space refinement. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | signaling complex / Janus Kinase / JAK / oncogenic mutation / gain-of-function mutation / cytokine receptor / SIGNALING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway ...response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / interleukin-15-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / growth hormone receptor binding / interleukin-6-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / endomembrane system / type II interferon-mediated signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / protein phosphatase binding / defense response to virus / cytoskeleton / intracellular signal transduction / response to antibiotic / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Glassman CR / Tsutsumi N / Jude KM / Garcia KC | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structure of a Janus kinase cytokine receptor complex reveals the basis for dimeric activation. 著者: Caleb R Glassman / Naotaka Tsutsumi / Robert A Saxton / Patrick J Lupardus / Kevin M Jude / K Christopher Garcia / 要旨: Cytokines signal through cell surface receptor dimers to initiate activation of intracellular Janus kinases (JAKs). We report the 3.6-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of full- ...Cytokines signal through cell surface receptor dimers to initiate activation of intracellular Janus kinases (JAKs). We report the 3.6-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of full-length JAK1 complexed with a cytokine receptor intracellular domain Box1 and Box2 regions captured as an activated homodimer bearing the valine→phenylalanine (VF) mutation prevalent in myeloproliferative neoplasms. The seven domains of JAK1 form an extended structural unit, the dimerization of which is mediated by close-packing of the pseudokinase (PK) domains from the monomeric subunits. The oncogenic VF mutation lies within the core of the JAK1 PK interdimer interface, enhancing packing complementarity to facilitate ligand-independent activation. The carboxy-terminal tyrosine kinase domains are poised for transactivation and to phosphorylate the receptor STAT (signal transducer and activator of transcription)-recruiting motifs projecting from the overhanging FERM (four-point-one, ezrin, radixin, moesin)-SH2 (Src homology 2)-domains. Mapping of constitutively active JAK mutants supports a two-step allosteric activation mechanism and reveals opportunities for selective therapeutic targeting of oncogenic JAK signaling. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25715.map.gz | 13.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25715-v30.xml emd-25715.xml | 26.4 KB 26.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25715_fsc.xml | 15 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25715.png | 176.4 KB | ||
マスクデータ | emd_25715_msk_1.map emd_25715_msk_2.map | 244.1 MB 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25715.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_25715_additional_1.map.gz emd_25715_additional_2.map.gz emd_25715_half_map_1.map.gz emd_25715_half_map_2.map.gz | 13.2 MB 121.3 MB 226 MB 226 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25715 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25715 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25715_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25715_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25715_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25715_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25715 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25715 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 14.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Phenix local anisotropic sharpened map based on half maps, cropped. An uncropped map was used for Phenix real-space refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8521 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25715_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_25715_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: DeepEMhancer sharpened map with masking, cropped, for overall...
ファイル | emd_25715_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer sharpened map with masking, cropped, for overall map representation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpen full map.
ファイル | emd_25715_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpen full map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A.
ファイル | emd_25715_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B.
ファイル | emd_25715_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GCN4-zippered dimeric IFN-lambda intracellular domain bound to tw...
全体 | 名称: GCN4-zippered dimeric IFN-lambda intracellular domain bound to two Jak1s |
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要素 |
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-超分子 #1: GCN4-zippered dimeric IFN-lambda intracellular domain bound to tw...
超分子 | 名称: GCN4-zippered dimeric IFN-lambda intracellular domain bound to two Jak1s タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Co-expressed GST-fused GCN4-IFN-lambda and full-length Jak1 in T. ni. GST tagged was removed by 3C protease digestion. |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 290 KDa |
-分子 #1: Tyrosine-protein kinase
分子 | 名称: Tyrosine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific protein-tyrosine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 136.026844 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MQYLNIKEDC NAMAFCAKMR SFKKTEVKQV VPEPGVEVTF YLLDREPLRL GSGEYTAEEL CIRAAQECSI SPLCHNLFAL YDESTKLWY APNRIITVDD KTSLRLHYRM RFYFTNWHGT NDNEQSVWRH SPKKQKNGYE KKRVPEATPL LDASSLEYLF A QGQYDLIK ...文字列: MQYLNIKEDC NAMAFCAKMR SFKKTEVKQV VPEPGVEVTF YLLDREPLRL GSGEYTAEEL CIRAAQECSI SPLCHNLFAL YDESTKLWY APNRIITVDD KTSLRLHYRM RFYFTNWHGT NDNEQSVWRH SPKKQKNGYE KKRVPEATPL LDASSLEYLF A QGQYDLIK CLAPIRDPKT EQDGHDIENE CLGMAVLAIS HYAMMKKMQL PELPKDISYK RYIPETLNKS IRQRNLLTRM RI NNVFKDF LKEFNNKTIC DSSVSTHDLK VKYLATLETL TKHYGAEIFE TSMLLISSEN ELSRCHSNDS GNVLYEVMVT GNL GIQWRQ KPNVVPVEKE KNKLKRKKLE YNKHKKDDER NKLREEWNNF SYFPEITHIV IKESVVSINK QDNKNMELKL SSRE EALSF VSLVDGYFRL TADAHHYLCT DVAPPLIVHN IQNGCHGPIC TEYAINKLRQ EGSEEGMYVL RWSCTDFDNI LMTVT CFEK SEVLGGQKQF KNFQIEVQKG RYSLHGSMDH FPSLRDLMNH LKKQILRTDN ISFVLKRCCQ PKPREISNLL VATKKA QEW QPVYSMSQLS FDRILKKDII QGEHLGRGTR THIYSGTLLD YKDEEGIAEE KKIKVILKVL DPSHRDISLA FFEAASM MR QVSHKHIVYL YGVCFRDVEN IMVEEFVEGG PLDLFMHRKS DALTTPWKFK VAKQLASALS YLEDKDLVHG NVCTKNLL L AREGIDSDIG PFIKLSDPGI PVSVLTRQEC IERIPWIAPE CVEDSKNLSV AADKWSFGTT LWEICYNGEI PLKDKTLIE KERFYESRCR PVTPSCKELA DLMTRCMNYD PNQRPFFRAI MRDINKLEEQ NPDIVSEKQP TTEVDPTHFE KRFLKRIRDL GEGHFGKVE LCRYDPEGDN TGEQVAVKSL KPESGGNHIA DLKKEIEILR NLYHENIVKY KGICMEDGGN GIKLIMEFLP S GSLKEYLP KNKNKINLKQ QLKYAIQICK GMDYLGSRQY VHRDLAARNV LVESEHQVKI GDFGLTKAIE TDKEYYTVKD DR DSPVFWY APECLIQCKF YIASDVWSFG VTLHELLTYC DSDFSPMALF LKMIGPTHGQ MTVTRLVNTL KEGKRLPCPP NCP DEVYQL MRKCWEFQPS NRTTFQNLIE GFEALLKGSD RKAAVSHWQH HHHHHHH UniProtKB: Tyrosine-protein kinase |
-分子 #2: Interferon lambda receptor 1
分子 | 名称: Interferon lambda receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 9.895373 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GPRMKQLEDK VEELLSKNYH LENEVARLKK LVGERKIMKG NPWFQGVKTP RALDFSEYRY PVATFQPSGP EFSDDLILCP QKELT UniProtKB: Interferon lambda receptor 1 |
-分子 #3: ADENOSINE
分子 | 名称: ADENOSINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ADN |
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分子量 | 理論値: 267.241 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADN: |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: additive: 0.01% w/v DDM | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 3 s blotting before plunging. | ||||||||||||
詳細 | GCN4-mIFN-lambda-box1box2-mJak1 V657F |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 29467 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 58680 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7t6f: |