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- EMDB-25685: CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25685
タイトルCryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with neutralizing fabs 2C12, 7I13 and 13H11
マップデータComposite map generated by combining focused refined maps. Map used for model refinements
試料
  • 複合体: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to fabs of human neutralizing antibodies 2C12, 7I13 and 13H11
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / UL128 / UL130 / Envelope glycoprotein L / UL131A
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kschonsak M / Johnson MC / Schelling R / Green EM / Rouge L / Ho H / Patel N / Kilic C / Kraft E / Arthur CP ...Kschonsak M / Johnson MC / Schelling R / Green EM / Rouge L / Ho H / Patel N / Kilic C / Kraft E / Arthur CP / Rohou AL / Comps-Agrar L / Martinez-Martin N / Perez L / Payandeh J / Ciferri C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer receptor recognition and antibody neutralization.
著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia ...著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia Comps-Agrar / Nadia Martinez-Martin / Laurent Perez / Jian Payandeh / Claudio Ciferri /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial ...Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial and endothelial cells. Upon infection, Pentamer elicits the most potent neutralizing response against HCMV, representing a key vaccine candidate. Despite its relevance, the structural basis for Pentamer receptor recognition and antibody neutralization is largely unknown. Here, we determine the structures of Pentamer bound to neuropilin 2 (NRP2) and a set of potent neutralizing antibodies against HCMV. Moreover, we identify thrombomodulin (THBD) as a functional HCMV receptor and determine the structures of the Pentamer-THBD complex. Unexpectedly, both NRP2 and THBD also promote dimerization of Pentamer. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, cell entry, antibody neutralization, and outline strategies for antiviral therapies against HCMV.
履歴
登録2021年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2022年3月23日-
現状2022年3月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25685.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map generated by combining focused refined maps. Map used for model refinements
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1948 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.9
最小 - 最大-15.368733 - 30.294058
平均 (標準偏差)-0.025309997 (±0.59128356)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 382.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Half map 2 of focused refinement on 2C12, 7I13, UL region.

ファイルemd_25685_additional_1.map
注釈Half map 2 of focused refinement on 2C12, 7I13, UL region.
投影像・断面図
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追加マップ: Sharpened map of focused refinement on gH and...

ファイルemd_25685_additional_10.map
注釈Sharpened map of focused refinement on gH and 13H11 region. Used for composite map generation.
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追加マップ: Non-sharpened map of focused refinement on gH and 13H11 region.

ファイルemd_25685_additional_11.map
注釈Non-sharpened map of focused refinement on gH and 13H11 region.
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追加マップ: Half map 2 of focused refinement on gH and 13H11 region.

ファイルemd_25685_additional_12.map
注釈Half map 2 of focused refinement on gH and 13H11 region.
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追加マップ: Half map 1 of focused refinement on gH and 13H11 region.

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注釈Half map 1 of focused refinement on gH and 13H11 region.
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追加マップ: Sharpened map of focused refinement on gL region....

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注釈Sharpened map of focused refinement on gL region. Used for composite map generation.
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追加マップ: Half map 2 of focused refinement on gL region.

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注釈Half map 2 of focused refinement on gL region.
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追加マップ: Sharpened map of focused refinement on 2C12, 7I13,...

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注釈Sharpened map of focused refinement on 2C12, 7I13, UL region. Used for composite map generation.
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追加マップ: Non-sharpened map of focused refinement on gL region.

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注釈Non-sharpened map of focused refinement on gL region.
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追加マップ: Non-sharpened map of overall (non-focused) refinement.

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注釈Non-sharpened map of overall (non-focused) refinement.
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追加マップ: Half map 1 of focused refinement on gL region.

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注釈Half map 1 of focused refinement on gL region.
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追加マップ: Non-sharpened map of focused refinement on 2C12, 7I13, UL region.

ファイルemd_25685_additional_8.map
注釈Non-sharpened map of focused refinement on 2C12, 7I13, UL region.
投影像・断面図
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追加マップ: Half map 1 of focused refinement on 2C12, 7I13, UL region.

ファイルemd_25685_additional_9.map
注釈Half map 1 of focused refinement on 2C12, 7I13, UL region.
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A ...

全体名称: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to fabs of human neutralizing antibodies 2C12, 7I13 and 13H11
要素
  • 複合体: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to fabs of human neutralizing antibodies 2C12, 7I13 and 13H11
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein UL128封筒
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein UL130
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein UL131A封筒
    • タンパク質・ペプチド: Fab 2C12 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 2C12 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 7I13 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 7I13 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A ...

超分子名称: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to fabs of human neutralizing antibodies 2C12, 7I13 and 13H11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 87.311273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM ...文字列:
MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM PPQTTPHGWT ESHTTSGLHR PHFNQTCILF DGHDLLFSTV TPCLHQGFYL IDELRYVKIT LTEDFFVVTV SI DDDTPML LIFGHLPRVL FKAPYQRDNF ILRQTEKHEL LVLVKKDQLN RHSYLKDPDF LDAALDFNYL DLSALLRNSF HRY AVDVLK SGRCQMLDRR TVEMAFAYAL ALFAAARQEE AGAQVSVPRA LDRQAALLQI QEFMITCLSQ TPPRTTLLLY PTAV DLAKR ALWTPNQITD ITSLVRLVYI LSKQNQQHLI PQWALRQIAD FALKLHKTHL ASFLSAFARQ ELYLMGSLVH SMLVH TTER REIFIVETGL CSLAELSHFT QLLAHPHHEY LSDLYTPCSS SGRRDHSLER LTRLFPDATV PATVPAALSI LSTMQP STL ETFPDLFCLP LGESFSALTV SEHVSYIVTN QYLIKGISYP VSTTVVGQSL IITQTDSQTK CELTRNMHTT HSITVAL NI SLENCAFCQS ALLEYDDTQG VINIMYMHDS DDVLFALDPY NEVVVSSPRT HYLMLLKNGT VLEVTDVVVD ATDGTKLG P EQKLISEEDL NSAVDGSGLN DIFEAQKIEW HENLYFQGHH HHHHHH

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分子 #2: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 30.846492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS ...文字列:
MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS YGRSIFTEHV LGFELVPPSL FNVVVAIRNE ATRTNRAVRL PVSTAAAPEG ITLFYGLYNA VKEFCLRHQL DP PLLRHLD KYYAGLPPEL KQTRVNLPAH SRYGPQAVDA R

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分子 #3: Envelope protein UL128

分子名称: Envelope protein UL128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 19.746023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSPKNLTPFL TALWLLLGHS RVPRVRAEEC CEFINVNHPP ERCYDFKMCN RFTVALRCPD GEVCYSPEKT AEIRGIVTTM THSLTRQVV HNKLTSCNYN PLYLEADGRI RCGKVNDKAQ YLLGAAGSVP YRWINLEYDK ITRIVGLDQY LESVKKHKRL D VCRAKMGY MLQ

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分子 #4: Envelope glycoprotein UL130

分子名称: Envelope glycoprotein UL130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 28.866811 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLRLLLRHHF HCLLLCAVWA TPCLASPWFT LTANQNPSPP WSKLTYPKPH DAATFYCPFL YPSPPRSPSQ FSGFQRVSTG PECRNETLY LLYNREGQTL VERSSTWVKK VIWYLSGRNQ TILQRMPRTA SKPSDGNVQI SVEDAKIFGA HMVPKQTKLL R FVVNDGTR ...文字列:
MLRLLLRHHF HCLLLCAVWA TPCLASPWFT LTANQNPSPP WSKLTYPKPH DAATFYCPFL YPSPPRSPSQ FSGFQRVSTG PECRNETLY LLYNREGQTL VERSSTWVKK VIWYLSGRNQ TILQRMPRTA SKPSDGNVQI SVEDAKIFGA HMVPKQTKLL R FVVNDGTR YQMCVMKLES WAHVFRDYSV SFQVRLTFTE ANNQTYTFCT HPNLIVGSEN LYFQGSAWSH PQFEKGGGSG GG SGGGSAW SHPQFEK

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分子 #5: Envelope protein UL131A

分子名称: Envelope protein UL131A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 15.011043 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MRLCRVWLSV CLCAVVLGQC QRETAEKNDY YRVPHYWDAC SRALPDQTRY KYVEQLVDLT LNYHYDASHG LDNFDVLKRI NVTEVSLLI SDFRRQNRRG GTNKRTTFNA AGSLAPHARS LEFSVRLFAN

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分子 #6: Fab 2C12 heavy chain

分子名称: Fab 2C12 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.00177 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQITLRES GPTLVKPTQT LTLTCTFSGF SLNTNGVGVG WIRQPPGKAL EWLALIYWNG NEGYSPSLK SRLTITKDTS KNQVVLTMTN MDPVDTATYY CVHWPQGLTT VTRLAFDIWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL A PSSKSTSG ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQITLRES GPTLVKPTQT LTLTCTFSGF SLNTNGVGVG WIRQPPGKAL EWLALIYWNG NEGYSPSLK SRLTITKDTS KNQVVLTMTN MDPVDTATYY CVHWPQGLTT VTRLAFDIWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL A PSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NT KVDKKVE PKSCD

+
分子 #7: Fab 2C12 light chain

分子名称: Fab 2C12 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.594654 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQSALTQP RSVSGSPGQS VTISCTGTTS DVGRYNFVSW YQQHPGKAPK LLMYDVSQRP SGVPSRFSG SKSGNTASLT ISGLQAEDEA VFYCCSYAGG NFFSYVFGTG TKVTVLGQPK AAPSVTLFPP SSEELQANKA T LVCLISDF ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQSALTQP RSVSGSPGQS VTISCTGTTS DVGRYNFVSW YQQHPGKAPK LLMYDVSQRP SGVPSRFSG SKSGNTASLT ISGLQAEDEA VFYCCSYAGG NFFSYVFGTG TKVTVLGQPK AAPSVTLFPP SSEELQANKA T LVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV ETTTPSKQSN NKYAASSYLS LTPEQWKSHR SYSCQVTHEG STVEKTVAPT EC

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分子 #8: Fab 7I13 light chain

分子名称: Fab 7I13 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.8449 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEIVLTQS PGTLSLSPGE RATLSCRASQ SVSSDFLAWY QQKPGQAPRL LIYGASSRAT GIPDRFSGS GSGTDFTLTI SRLEPEDFAV YYCQQYAASP PFGQGTRLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEIVLTQS PGTLSLSPGE RATLSCRASQ SVSSDFLAWY QQKPGQAPRL LIYGASSRAT GIPDRFSGS GSGTDFTLTI SRLEPEDFAV YYCQQYAASP PFGQGTRLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #9: Fab 7I13 heavy chain

分子名称: Fab 7I13 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.046506 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVES GGGVVQPGRS LRLSCAASGF TFSNYGMHWV RQGPGKGLEW VAVISYDASS KYYTDSVQG RFTISRDNSK NTLFLQMNSL RGEDTAVYYC AKALRYLDWF LSDPFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVES GGGVVQPGRS LRLSCAASGF TFSNYGMHWV RQGPGKGLEW VAVISYDASS KYYTDSVQG RFTISRDNSK NTLFLQMNSL RGEDTAVYYC AKALRYLDWF LSDPFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TK VDKKVEP KSCD

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分子 #10: Fab 13H11 heavy chain

分子名称: Fab 13H11 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.600086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KV DKKVEPK SCD

+
分子 #11: Fab 13H11 light chain

分子名称: Fab 13H11 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.78002 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.77 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
25.0 mMHEPESHEPES
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
詳細: The grid was incubated with a thiol reactive self-assembling reaction mixture of 4mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethyleneglycol, (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, ...詳細: The grid was incubated with a thiol reactive self-assembling reaction mixture of 4mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethyleneglycol, (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, Inc., Bozeman, MT)[23]. Grids were incubated with this self-assembled, monolayer (SAM) solution for 24 hours. Prior to grid freezing, grids were removed from the SAM solution and rinsed with EtOH.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 3.5s before plunging.
詳細The sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18326 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 5 frames/second.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5128264 / 詳細: template-matching particle picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: ab-initio 3D model generation from select particles within cisTEM
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02) / 詳細: Auto-refine in cisTEM
最終 3次元分類クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
詳細: Manual refine in cisTEM. Map was divided in 3 sections to refine map with focused refinements.
最終 再構成使用したクラス数: 39 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
詳細: A composite map was generated from the three individual focused 3D maps using phenix combine_focused_maps
使用した粒子像数: 4792984
詳細Movie frames were corrected for motion and aligned. Images with a CTF fit resolution of 8.0 A or better were selected for particle picking.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5vob

得られたモデル

PDB-7t4q:
CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with neutralizing fabs 2C12, 7I13 and 13H11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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