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- EMDB-25581: cryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extrac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25581
タイトルcryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extracellular domains of CD4 and the adnectin domain of Combinectin. The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the extracellular domains (domains 1-4) of CD4 and an adnectin domain of Combinectin
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD4
    • タンパク質・ペプチド: Adnectin
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / regulation of T cell activation / extracellular matrix structural constituent / T cell receptor complex / Other interleukin signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / regulation of calcium ion transport / macrophage differentiation / T cell differentiation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / protein tyrosine kinase binding / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of T cell activation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / virus receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Concha NO / William SP / Wenzel DL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Novel Bent Conformation of CD4 Induced by HIV-1 Inhibitor Indirectly Prevents Productive Viral Attachment.
著者: David Wensel / Shawn Williams / David P Dixon / Paris Ward / Patti McCormick / Nestor Concha / Eugene Stewart / Xuan Hong / Charles Mazzucco / Shreya Pal / Bo Ding / Christoph Fellinger / Mark Krystal /
要旨: GSK3732394 is a multi-specific biologic inhibitor of HIV entry currently under clinical evaluation. A key component of this molecule is an adnectin (6940_B01) that binds to CD4 and inhibits ...GSK3732394 is a multi-specific biologic inhibitor of HIV entry currently under clinical evaluation. A key component of this molecule is an adnectin (6940_B01) that binds to CD4 and inhibits downstream actions of gp160. Studies were performed to determine the binding site of the adnectin on CD4 and to understand the mechanism of inhibition. Using hydrogen-deuterium exchange with mass spectrometry (HDX), CD4 peptides showed differential rates of deuteration (either enhanced or slowed) in the presence of the adnectin that mapped predominantly to the interface of domains 2 and 3 (D2-D3). In addition, an X-ray crystal structure of an ibalizumab Fab/CD4(D1-D4)/adnectin complex revealed an extensive interface between the adnectin and residues on CD4 domains D2-D4 that stabilize a novel T-shaped CD4 conformation. A cryo-EM map of the gp140/CD4/GSK3732394 complex clearly shows the bent conformation for CD4 while bound to gp140. Mutagenic analyses on CD4 confirmed that amino acid F202 forms a key interaction with the adnectin. In addition, amino acid L151 was shown to be a critical indirect determinant of the specificity for binding to the human CD4 protein over related primate CD4 molecules, as it appears to modulate CD4's flexibility to adopt the adnectin-bound conformation. The significant conformational change of CD4 upon adnectin binding brings the D1 domain of CD4 in proximity to the host cell membrane surface, thereby re-orienting the gp120 binding site in a direction that is inaccessible to incoming virus due to a steric clash between gp160 trimers on the virus surface and the target cell membrane.
履歴
登録2021年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年1月12日-
現状2022年1月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7t0o
  • 表面レベル: 4.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25581.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
2.46 Å/pix.
x 99 pix.
= 243.778 Å		2.46 Å/pix.
x 93 pix.
= 229.003 Å		2.46 Å/pix.
x 50 pix.
= 123.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4624 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 4.42 / ムービー #1: 4.42
最小 - 最大-5.1388183 - 28.004534
平均 (標準偏差)0.624528 (±2.529406)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin384125
サイズ935099
Spacing999350
セルA: 243.7776 Å / B: 229.00319 Å / C: 123.119995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.4624040404042.46239784946242.4624
M x/y/z999350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.778229.003123.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ253841
NX/NY/NZ999350
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS413825
NC/NR/NS509399
D min/max/mean-5.13928.0050.625

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25581_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the ext...

全体名称: Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the extracellular domains (domains 1-4) of CD4 and an adnectin domain of Combinectin
要素
  • 複合体: Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the extracellular domains (domains 1-4) of CD4 and an adnectin domain of Combinectin
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD4
    • タンパク質・ペプチド: Adnectin
    • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIP.664 gp140

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超分子 #1: Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the ext...

超分子名称: Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the extracellular domains (domains 1-4) of CD4 and an adnectin domain of Combinectin
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: the gp140 trimer at 0.67 mg/ml was mixed with soluble CD4 first, and then with Combinection in a 1.25:1 ratio. The sample was incubated overnight at 4 degC. The sample was concentrated to ...詳細: the gp140 trimer at 0.67 mg/ml was mixed with soluble CD4 first, and then with Combinection in a 1.25:1 ratio. The sample was incubated overnight at 4 degC. The sample was concentrated to 35ul before injecting into a Phenomenex 4.6 x 300 mm 3um bead 500Angstroms pore Yara SEC column equilibrated with 20mM Hepes pH7.5, 200 mM KCl, 5mM MgCl2. The complexes were eluted with a flow rate of 0.2 ml/min and fractions collected every 20 seconds into a Thermo-Fisher UV transparent 96-well plates. The absorbance at 280nm was measured for each fraction using a Spectramax plate scanner. The high-molecular weight complex appeared to be comprised of gp140:CD4:Combinectin in a 1:1:1 ratio. The sample used for cryo-EM studies was the single peak fraction of gp140/CD4/Combinectin (0.076 mg/ml)

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分子 #1: BG505 SOSIP.664 gp140

分子名称: BG505 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 72.830398 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR RAVG IGAVFLGFLG AAGSTMGAAS MTLTVQARNL LSGIVQQQSN LLRAPEAQQH LLKLTVWGIK QLQARVLAVE RYLRDQ QLL GIWGCSGKLI CCTNVPWNSS WSNRNLSEIW DNMTWLQWDK EISNYTQIIY GLLEESQNQQ EKNEQDLLAL DGSGSGG SG HHHHHHHH

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分子 #2: BG505 SOSIP.664 gp140

分子名称: BG505 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 3.337105 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #3: BG505 SOSIP.664 gp140

分子名称: BG505 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 3.252 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD4

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.385449 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KKVVLGKKGD TVELTCTASQ KKSIQFHWKN SNQIKILGNQ GSFLTKGPSK LNDRADSRRS LWDQGNFPLI IKNLKIEDSD TYICEVEDQ KEEVQLLVFG LTANSDTHLL QGQSLTLTLE SPPGSSPSVQ CRSPRGKNIQ GGKTLSVSQL ELQDSGTWTC T VLQNQKKV ...文字列:
KKVVLGKKGD TVELTCTASQ KKSIQFHWKN SNQIKILGNQ GSFLTKGPSK LNDRADSRRS LWDQGNFPLI IKNLKIEDSD TYICEVEDQ KEEVQLLVFG LTANSDTHLL QGQSLTLTLE SPPGSSPSVQ CRSPRGKNIQ GGKTLSVSQL ELQDSGTWTC T VLQNQKKV EFKIDIVVLA FQKASSIVYK KEGEQVEFSF PLAFTVEKLT GSGELWWQAE RASSSKSWIT FDLKNKEVSV KR VTQDPKL QMGKKLPLHL TLPQALPQYA GSGNLTLALE AKTGKLHQEV NLVVMRATQL QKNLTCEVWG PTSPKLMLSL KLE NKEAKV SKREKAVWVL NPEAGMWQCL LSDSGQVLLE SNIKVLPTHH HHHH

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分子 #5: Adnectin

分子名称: Adnectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: The native 10th fibronectin type III (10Fn3) domain from human fibronectin was used as the template for construction of novel libraries of Adnectin variants (Wenzel, D., et al. (2017) ...詳細: The native 10th fibronectin type III (10Fn3) domain from human fibronectin was used as the template for construction of novel libraries of Adnectin variants (Wenzel, D., et al. (2017) Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Vol 61(8), e00508-17, pp 1-19)
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.959172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GVSDVPRDLE VVAATPTSLL ISWDAPAVTV HSYHIQYWPL GSYQRYQVFS VPGSKSTATI SGLKPGVEYQ IRVYAETGGA DSDQSMGWI QIGYRTEGDK PSQHHHHHH

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分子 #6: BG505 SOSIP.664 gp140

分子名称: BG505 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 2.996685 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.08 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
200.0 mMKCl
5.0 mMMgCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa
詳細: glow discharged for 20 sec using a EasyGlo (20mA, 0.3 mBar)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細the gp140/CD4/Combinectin (0.076 mg/ml), 3.5uL were applied to Quantifoil 1.2/1.3 Cu 400 mesh grids that had previously been glow discharged for 20 sec using a EasyGlo (20mA, 0.3 mBar). The grids were plunged into liquid ethane using a Vitrobot plunger (chamber set to 4 degC and 80% RH) immediately after blotting from 2.5 to 4 sec

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: OTHER / 球面収差補正装置: Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 11.0 µm / 実像数: 1078 / 平均露光時間: 75.7 sec. / 平均電子線量: 1.022 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: initial model generated with cisTEM
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 208485
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7t0o:
cryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extracellular domains of CD4 and the adnectin domain of Combinectin. The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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