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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25413 | |||||||||
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タイトル | Structure of the NADH-bound human COQ7:COQ9 complex by single-particle electron cryo-microscopy | |||||||||
マップデータ | PostProcess Map | |||||||||
試料 |
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キーワード | hydroxylase / complex / lipid / enzyme / NADH / coenzymeQ / isoprene / OPP / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-demethoxyubiquinol 3-hydroxylase / 3-demethoxyubiquinol 3-hydroxylase activity / extrinsic component of mitochondrial inner membrane / Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthesis complex / ubiquinone biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / regulation of reactive oxygen species metabolic process / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / determination of adult lifespan ...3-demethoxyubiquinol 3-hydroxylase / 3-demethoxyubiquinol 3-hydroxylase activity / extrinsic component of mitochondrial inner membrane / Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthesis complex / ubiquinone biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / regulation of reactive oxygen species metabolic process / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / determination of adult lifespan / chromosome / regulation of gene expression / mitochondrial inner membrane / lipid binding / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Aydin H / Frost A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structure and functionality of a multimeric human COQ7:COQ9 complex. 著者: Mateusz Manicki / Halil Aydin / Luciano A Abriata / Katherine A Overmyer / Rachel M Guerra / Joshua J Coon / Matteo Dal Peraro / Adam Frost / David J Pagliarini / 要旨: Coenzyme Q (CoQ) is a redox-active lipid essential for core metabolic pathways and antioxidant defense. CoQ is synthesized upon the mitochondrial inner membrane by an ill-defined "complex Q" ...Coenzyme Q (CoQ) is a redox-active lipid essential for core metabolic pathways and antioxidant defense. CoQ is synthesized upon the mitochondrial inner membrane by an ill-defined "complex Q" metabolon. Here, we present structure-function analyses of a lipid-, substrate-, and NADH-bound complex comprising two complex Q subunits: the hydroxylase COQ7 and the lipid-binding protein COQ9. We reveal that COQ7 adopts a ferritin-like fold with a hydrophobic channel whose substrate-binding capacity is enhanced by COQ9. Using molecular dynamics, we further show that two COQ7:COQ9 heterodimers form a curved tetramer that deforms the membrane, potentially opening a pathway for the CoQ intermediates to translocate from the bilayer to the proteins' lipid-binding sites. Two such tetramers assemble into a soluble octamer with a pseudo-bilayer of lipids captured within. Together, these observations indicate that COQ7 and COQ9 cooperate to access hydrophobic precursors within the membrane and coordinate subsequent synthesis steps toward producing CoQ. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25413.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25413-v30.xml emd-25413.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25413_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25413.png | 19.8 KB | ||
マスクデータ | emd_25413_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25413.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_25413_additional_1.map.gz emd_25413_half_map_1.map.gz emd_25413_half_map_2.map.gz | 47.9 MB 48.2 MB 48.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25413 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25413_validation.pdf.gz | 957 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25413_full_validation.pdf.gz | 956.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25413_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25413_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25413 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sssMC 7sspC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | PostProcess Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.833 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25413_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Refine3D map
ファイル | emd_25413_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_25413_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_25413_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human COQ7:COQ9 Complex
全体 | 名称: Human COQ7:COQ9 Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human COQ7:COQ9 Complex
超分子 | 名称: Human COQ7:COQ9 Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
分子 | 名称: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 35.549945 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAAAVSGAL GRAGWRLLQL RCLPVARCRQ ALVPRAFHAS AVGLRSSDEQ KQQPPNSFSQ QHSETQGAEK PDPESSHSPP RYTDQGGEE EEDYESEEQL QHRILTAALE FVPAHGWTAE AIAEGAQSLG LSSAAASMFG KDGSELILHF VTQCNTRLTR V LEEEQKLV ...文字列: MAAAAVSGAL GRAGWRLLQL RCLPVARCRQ ALVPRAFHAS AVGLRSSDEQ KQQPPNSFSQ QHSETQGAEK PDPESSHSPP RYTDQGGEE EEDYESEEQL QHRILTAALE FVPAHGWTAE AIAEGAQSLG LSSAAASMFG KDGSELILHF VTQCNTRLTR V LEEEQKLV QLGQAEKRKT DQFLRDAVET RLRMLIPYIE HWPRALSILM LPHNIPSSLS LLTSMVDDMW HYAGDQSTDF NW YTRRAML AAIYNTTELV MMQDSSPDFE DTWRFLENRV NDAMNMGHTA KQVKSTGEAL VQGLMGAAVT LKNLTGLNQR R UniProtKB: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial |
-分子 #2: 5-demethoxyubiquinone hydroxylase, mitochondrial
分子 | 名称: 5-demethoxyubiquinone hydroxylase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-demethoxyubiquinol 3-hydroxylase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.313064 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSCAGAAAAP RLWRLRPGAR RSLSAYGRRT SVRFRSSGMT LDNISRAAVD RIIRVDHAGE YGANRIYAGQ MAVLGRTSVG PVIQKMWDQ EKDHLKKFNE LMVTFRVRPT VLMPLWNVLG FALGAGTALL GKEGAMACTV AVEESIAHHY NNQIRTLMEE D PEKYEELL ...文字列: MSCAGAAAAP RLWRLRPGAR RSLSAYGRRT SVRFRSSGMT LDNISRAAVD RIIRVDHAGE YGANRIYAGQ MAVLGRTSVG PVIQKMWDQ EKDHLKKFNE LMVTFRVRPT VLMPLWNVLG FALGAGTALL GKEGAMACTV AVEESIAHHY NNQIRTLMEE D PEKYEELL QLIKKFRDEE LEHHDIGLDH DAELAPAYAV LKSIIQAGCR VAIYLSERL UniProtKB: 5-demethoxyubiquinone hydroxylase, mitochondrial |
-分子 #3: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...
分子 | 名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 32 / 式: PEV |
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分子量 | 理論値: 720.012 Da |
Chemical component information | ChemComp-PEV: |
-分子 #4: 2-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDO...
分子 | 名称: 2-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL]PHENOL タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 8PP |
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分子量 | 理論値: 639.047 Da |
Chemical component information | ChemComp-8PP: |
-分子 #5: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 170 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |