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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25365 | |||||||||
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タイトル | In situ cryo-EM structure of bacteriophage Sf6 gp3:gp7:gp5 complex in conformation 2 at 3.71A resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | bacteriophage / Sf6 portal / gp7 / coat protein / symmetry mismatch / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Shigella phage Sf6 (ファージ) / Shigella virus Sf6 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Li F / Cingolani G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the virus Sf6 genome delivery tail machine. 著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ruoyu Yang / Richard Whitehead / Carolyn M Teschke / Gino Cingolani / 要旨: Sf6 is a bacterial virus that infects the human pathogen Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the Sf6 tail machine before DNA ejection, which we determined at a 2.7-angstrom ...Sf6 is a bacterial virus that infects the human pathogen Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the Sf6 tail machine before DNA ejection, which we determined at a 2.7-angstrom resolution. We built de novo structures of all tail components and resolved four symmetry-mismatched interfaces. Unexpectedly, we found that the tail exists in two conformations, rotated by ~6° with respect to the capsid. The two tail conformers are identical in structure but differ solely in how the portal and head-to-tail adaptor carboxyl termini bond with the capsid at the fivefold vertex, similar to a diamond held over a five-pronged ring in two nonidentical states. Thus, in the mature Sf6 tail, the portal structure does not morph locally to accommodate the symmetry mismatch but exists in two energetic minima rotated by a discrete angle. We propose that the design principles of the Sf6 tail are conserved across P22-like Podoviridae. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25365.map.gz | 472.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25365-v30.xml emd-25365.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25365_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25365.png | 126 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25365.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25365 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25365 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25365_validation.pdf.gz | 815.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25365_full_validation.pdf.gz | 815 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25365_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25365_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25365 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25365 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.122 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Shigella virus Sf6
全体 | 名称: Shigella virus Sf6 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Shigella virus Sf6
超分子 | 名称: Shigella virus Sf6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10761 / 生物種: Shigella virus Sf6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Gene 7 protein
分子 | 名称: Gene 7 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Sf6 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 17.753889 KDa |
配列 | 文字列: MATVLTKGEI VLFALRKFAI ASNASLTDVE PQSIEDGVND LEDMMSEWMI NPGDIGYAFA TGDEQPLPDD ESGLPRKYKH AVGYQLLLR MLSDYSLEPT PQVLSNAQRS YDALMTDTLV VPSMRRRGDF PVGQGNKYDV FTSDRYYPGD LPLIDGDIPN A UniProtKB: Gene 7 protein |
-分子 #2: Gene 3 protein
分子 | 名称: Gene 3 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Sf6 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 79.558227 KDa |
配列 | 文字列: MAETLEKKHE RIMLRFDRAY SPQKEVREKC IEATRFARVP GGQWEGATAA GTKLDEQFEK YPKFEINKVA TELNRIIAEY RNNRITVKF RPGDREASEE LANKLNGLFR ADYEETDGGE ACDNAFDDAA TGGFGCFRLT SMLVNEYDPM DDRQRIAIEP I YDPSRSVW ...文字列: MAETLEKKHE RIMLRFDRAY SPQKEVREKC IEATRFARVP GGQWEGATAA GTKLDEQFEK YPKFEINKVA TELNRIIAEY RNNRITVKF RPGDREASEE LANKLNGLFR ADYEETDGGE ACDNAFDDAA TGGFGCFRLT SMLVNEYDPM DDRQRIAIEP I YDPSRSVW FDPDAKKYDK SDALWAFCMY SLSPEKYEAE YGKKPPTSLD VTSMTSWEYN WFGADVIYIA KYYEVRKESV DV ISYRHPI TGEIATYDSD QVEDIEDELA IAGFHEVARR SVKRRRVYVS VVDGDGFLEK PRRIPGEHIP LIPVYGKRWF IDD IERVEG HIAKAMDPQR LYNLQVSMLA DTAAQDPGQI PIVGMEQIRG LEKHWEARNK KRPAFLPLRE VRDKSGNIIA GATP AGYTQ PAVMNQALAA LLQQTSADIQ EVTGGSQAMQ QMPSNIAQET VNNLMNRADM ASFIYLDNMA KSLKRAGEVW LSMAR EVYG SEREVRIVNE DGSDDIAVLS AQVVDRQTGA VVALNDLSVG RYDVTVDVGP SYTARRDATV SVLTNVLSSM LPTDPM RPA IQGIILDNID GEGLDDFKEY NRNQLLISGI AKPRNEKEQQ IVQQAQMAAQ SQPNPEMVLA QAQMVAAQAE AQKATNE TA QTQIKAFTAQ QDAMESQANT VYKLAQARNI DDKAVMEAIR LLKDVAESQQ QQFQSPPQSP ADLMPS UniProtKB: Gene 3 protein |
-分子 #3: Gene 5 protein
分子 | 名称: Gene 5 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Sf6 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 45.722031 KDa |
配列 | 文字列: MPNNLDSNVS QIVLKKFLPG FMSDLVLAKT VDRQLLAGEI NSSTGDSVSF KRPHQFSSLR TPTGDISGQN KNNLISGKAT GRVGNYITV AVEYQQLEEA IKLNQLEEIL APVRQRIVTD LETELAHFMM NNGALSLGSP NTPITKWSDV AQTASFLKDL G VNEGENYA ...文字列: MPNNLDSNVS QIVLKKFLPG FMSDLVLAKT VDRQLLAGEI NSSTGDSVSF KRPHQFSSLR TPTGDISGQN KNNLISGKAT GRVGNYITV AVEYQQLEEA IKLNQLEEIL APVRQRIVTD LETELAHFMM NNGALSLGSP NTPITKWSDV AQTASFLKDL G VNEGENYA VMDPWSAQRL ADAQTGLHAS DQLVRTAWEN AQIPTNFGGI RALMSNGLAS RTQGAFGGTL TVKTQPTVTY NA VKDSYQF TVTLTGATAS VTGFLKAGDQ VKFTNTYWLQ QQTKQALYNG ATPISFTATV TADANSDSGG DVTVTLSGVP IYD TTNPQY NSVSRQVEAG DAVSVVGTAS QTMKPNLFYN KFFCGLGSIP LPKLHSIDSA VATYEGFSIR VHKYADGDAN VQKM RFDLL PAYVCFNPHM GGQFFGNP UniProtKB: Gene 5 protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 名称: PBS |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7977 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |