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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25361 | |||||||||
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タイトル | Composite map of ciliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||
マップデータ | Ciliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||
試料 |
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キーワード | cilia / microtubule / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / organelle / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / motile cilium ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / organelle / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / motile cilium / microtubule associated complex / regulation of cytoskeleton organization / axoneme / microtubule-based process / cilium assembly / ciliary basal body / structural constituent of cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule binding / microtubule / transcription coactivator activity / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Gui M / Wang X / Dutcher SK / Brown A / Zhang R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Ciliary central apparatus structure reveals mechanisms of microtubule patterning. 著者: Miao Gui / Xiangli Wang / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang / 要旨: A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules ...A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules are patterned asymmetrically with large protein complexes that repeat every 16 or 32 nm. The composition of these projections and the mechanisms that establish asymmetry and longitudinal periodicity are unknown. Here, by determining cryo-EM structures of the CA microtubules, we identify 48 different CA-associated proteins, which in turn reveal mechanisms for asymmetric and periodic protein binding to microtubules. We identify arc-MIPs, a novel class of microtubule inner protein, that bind laterally across protofilaments and remodel tubulin structure and lattice contacts. The binding mechanisms utilized by CA proteins may be generalizable to other microtubule-associated proteins. These structures establish a foundation to elucidate the contributions of individual CA proteins to ciliary motility and ciliopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25361.map.gz | 246.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25361-v30.xml emd-25361.xml | 52.5 KB 52.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25361_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25361.png | 76 KB | ||
マスクデータ | emd_25361_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25361.cif.gz | 11.9 KB | ||
その他 | emd_25361_additional_1.map.gz emd_25361_additional_2.map.gz emd_25361_additional_3.map.gz emd_25361_additional_4.map.gz emd_25361_additional_5.map.gz emd_25361_additional_6.map.gz emd_25361_additional_7.map.gz emd_25361_additional_8.map.gz emd_25361_additional_9.map.gz | 1.9 MB 1.9 MB 1.9 MB 1.9 MB 257.5 MB 4.4 MB 1.9 MB 1.9 MB 1.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25361 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25361_validation.pdf.gz | 557.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25361_full_validation.pdf.gz | 557.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25361_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25361_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25361 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7somMC 7sqcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ciliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+マスク #1
+追加マップ: Additional map 1
+追加マップ: Additional map 2
+追加マップ: Additional map 3
+追加マップ: Additional map 4
+追加マップ: consensus refinement
+追加マップ: mask for fsc curve
+追加マップ: Additional map 7
+追加マップ: Additional map 8
+追加マップ: Additional map 9
-試料の構成要素
+全体 : C2 central pair apparatus complex
+超分子 #1: C2 central pair apparatus complex
+分子 #1: Tubulin beta
+分子 #2: Tubulin alpha
+分子 #3: Cilia- and flagella-associated protein 20
+分子 #4: Unknown protein
+分子 #5: Unknown protein
+分子 #6: Unknown protein
+分子 #7: FAP65
+分子 #8: FAP70
+分子 #9: FAP147
+分子 #10: FAP178
+分子 #11: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
+分子 #12: Flagellar associated protein
+分子 #13: FAP196
+分子 #14: FAP213
+分子 #15: FAP225
+分子 #16: FAP239
+分子 #17: FAP388
+分子 #18: FAP424
+分子 #19: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #20: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #21: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 39.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |