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万見
- EMDB-24425: Circular tandem repeat protein with novel repeat topology and enh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24425
タイトルCircular tandem repeat protein with novel repeat topology and enhanced subunit contact surfaces
マップデータlow resolution cryoEM map of cTRP trimers
試料
  • 複合体: trimer of tendon repeat protein
    • タンパク質・ペプチド: Circular tendon repeat protein
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Shen BW / Stoddard BL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105691 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Design of functionalised circular tandem repeat proteins with longer repeat topologies and enhanced subunit contact surfaces.
著者: Jazmine P Hallinan / Lindsey A Doyle / Betty W Shen / Mesfin M Gewe / Brittany Takushi / Madison A Kennedy / Della Friend / James M Roberts / Philip Bradley / Barry L Stoddard /
要旨: Circular tandem repeat proteins ('cTRPs') are de novo designed protein scaffolds (in this and prior studies, based on antiparallel two-helix bundles) that contain repeated protein sequences and ...Circular tandem repeat proteins ('cTRPs') are de novo designed protein scaffolds (in this and prior studies, based on antiparallel two-helix bundles) that contain repeated protein sequences and structural motifs and form closed circular structures. They can display significant stability and solubility, a wide range of sizes, and are useful as protein display particles for biotechnology applications. However, cTRPs also demonstrate inefficient self-assembly from smaller subunits. In this study, we describe a new generation of cTRPs, with longer repeats and increased interaction surfaces, which enhanced the self-assembly of two significantly different sizes of homotrimeric constructs. Finally, we demonstrated functionalization of these constructs with (1) a hexameric array of peptide-binding SH2 domains, and (2) a trimeric array of anti-SARS CoV-2 VHH domains. The latter proved capable of sub-nanomolar binding affinities towards the viral receptor binding domain and potent viral neutralization function.
履歴
登録2021年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rdr
  • 表面レベル: 0.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7rdr
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24425.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈low resolution cryoEM map of cTRP trimers
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.26 / ムービー #1: 0.26
最小 - 最大-0.18786378 - 0.7552734
平均 (標準偏差)-0.0014736541 (±0.033771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 296.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.960296.960296.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ127131139
NX/NY/NZ1079278
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1880.755-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : trimer of tendon repeat protein

全体名称: trimer of tendon repeat protein
要素
  • 複合体: trimer of tendon repeat protein
    • タンパク質・ペプチド: Circular tendon repeat protein

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超分子 #1: trimer of tendon repeat protein

超分子名称: trimer of tendon repeat protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: circular tendon repeats based on de in silico structure design
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Circular tendon repeat protein

分子名称: Circular tendon repeat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 53.141402 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SELAARCLII LFQQLVELAR LAIESGDEEL LRRVSEWLEE VIKDMRRVVE QALREGNSEL AARILIILFQ QLVELARLAI ESGDEELLR RVSEWLEEVI KDMRRVVEQA LREGNSELAA RILIILFQQL VELARLAIES GDEELLRRVS EWLEEVIKDM R RVVEQALR ...文字列:
SELAARCLII LFQQLVELAR LAIESGDEEL LRRVSEWLEE VIKDMRRVVE QALREGNSEL AARILIILFQ QLVELARLAI ESGDEELLR RVSEWLEEVI KDMRRVVEQA LREGNSELAA RILIILFQQL VELARLAIES GDEELLRRVS EWLEEVIKDM R RVVEQALR EGNSELAARI LIILFQQLVE LARLAIESGD EELLRRVSEW LEEVIKDMRR VVEQALREGN SELAARILII LF QQLVELA RLAIESGDEE LLRRVSEWLE EVIKDMRRVV EQALREGNSE LAARILIILF QQLVELARLA IESGDEELLR RVS EWLEEV IKDMRRVVEQ ALREGNSELA ARILIILFQQ LVELARLAIE SGDEELLRRV SEWLEEVIKD MRRVVEQALR EGNS ELACR ILIILFQQLV ELARLAIESG DEELLRRVSE WLEEVIKDMR RVVEQALREG N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium Chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES

詳細: solution was diluted immediate prior to flash freezing
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5 seconds before plunging.
詳細This sample was more disperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 420 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 121850
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.13) / ソフトウェア - 詳細: patch CTF
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: based on helix-turn-helix units.
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.13) / 使用した粒子像数: 121400
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Rosetta
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7rdr:
Circular tandem repeat protein with novel repeat topology and enhanced subunit contact surfaces

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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