+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24232 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Inner ring spoke from the isolated yeast NPC | ||||||||||||
マップデータ | recombined full inner ring of spokes | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | nuclear pore complex / inner ring / spoke / TRANSLOCASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / : / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery ...response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / : / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / tRNA export from nucleus / nuclear pore cytoplasmic filaments / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / regulation of mitotic nuclear division / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / ribosomal small subunit export from nucleus / heterochromatin formation / nuclear pore / nuclear periphery / molecular condensate scaffold activity / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / nuclear membrane / amyloid fibril formation / cell cycle / cell division / chromatin binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Akey CW / Rout MP | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Comprehensive structure and functional adaptations of the yeast nuclear pore complex. 著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / ...著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / Chen Xu / James C Gumbart / Sergey Suslov / Jay Unruh / Sue L Jaspersen / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Steven J Ludtke / Elizabeth Villa / Michael P Rout / 要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub- ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub-nanometer resolution to show how flexible connectors tie together different structural and functional layers. These connectors may be targets for phosphorylation and regulated disassembly in cells with an open mitosis. Moreover, some nucleoporin pairs and transport factors have similar interaction motifs, which suggests an evolutionary and mechanistic link between assembly and transport. We provide evidence for three major NPC variants that may foreshadow functional specializations at the nuclear periphery. Cryo-electron tomography extended these studies, providing a model of the in situ NPC with a radially expanded inner ring. Our comprehensive model reveals features of the nuclear basket and central transporter, suggests a role for the lumenal Pom152 ring in restricting dilation, and highlights structural plasticity that may be required for transport. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24232.map.gz | 29.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24232-v30.xml emd-24232.xml | 43.7 KB 43.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24232_fsc.xml | 12.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24232.png | 216.9 KB | ||
マスクデータ | emd_24232_msk_1.map | 71.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-24232.cif.gz | 13 KB | ||
その他 | emd_24232_additional_1.map.gz emd_24232_additional_2.map.gz emd_24232_half_map_1.map.gz emd_24232_half_map_2.map.gz | 2.1 MB 44.1 MB 55.9 MB 55.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24232 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24232_validation.pdf.gz | 801.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_24232_full_validation.pdf.gz | 800.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24232_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24232_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24232 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | recombined full inner ring of spokes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24232_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: zoned single spoke
ファイル | emd_24232_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | zoned single spoke | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: post-process focused spoke refinement after multibody
ファイル | emd_24232_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | post-process focused spoke refinement after multibody | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map focused spoke refinement
ファイル | emd_24232_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map focused spoke refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map focused spoke refinement
ファイル | emd_24232_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map focused spoke refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : spoke from yeast inner ring
+超分子 #1: spoke from yeast inner ring
+分子 #1: Nucleoporin NUP170
+分子 #2: Nucleoporin NUP157
+分子 #3: Unknown connectors
+分子 #4: Nucleoporin NSP1
+分子 #5: Nucleoporin NUP57
+分子 #6: Nucleoporin NUP49/NSP49
+分子 #7: Nucleoporin NUP192
+分子 #8: Nucleoporin NUP188
+分子 #9: Nucleoporin NIC96
+分子 #10: Nucleoporin NUP53
+分子 #11: Nucleoporin ASM4
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III | |||||||||||||||||||||
詳細 | inner ring spoke imaged from isolated yeast NPC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 3.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 37651 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | initial spoke model from PDBDEV_00000012, rigid body dock with chimera and fitting with MDFF |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-7n85: |