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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24076 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PfFNT-inhibitor complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | PfFNT / Lactate transporter / PfFNT-MMV007839 complex / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 high-affinity secondary active nitrite transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transport / nitrite transport / lactate:proton symporter activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu EW / Su C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2021 タイトル: Structural basis of transport and inhibition of the Plasmodium falciparum transporter PfFNT. 著者: Meinan Lyu / Chih-Chia Su / James W Kazura / Edward W Yu / 要旨: The intra-erythrocyte stage of P. falciparum relies primarily on glycolysis to generate adenosine triphosphate (ATP) and the energy required to support growth and reproduction. Lactic acid, a ...The intra-erythrocyte stage of P. falciparum relies primarily on glycolysis to generate adenosine triphosphate (ATP) and the energy required to support growth and reproduction. Lactic acid, a metabolic byproduct of glycolysis, is potentially toxic as it lowers the pH inside the parasite. Plasmodium falciparum formate-nitrite transporter (PfFNT), a 34-kDa transmembrane protein, has been identified as a novel drug target as it exports lactate from inside the parasite to the surrounding parasitophorous vacuole within the erythrocyte cytosol. The structure and detailed molecular mechanism of this membrane protein are not yet available. Here we present structures of PfFNT in the absence and presence of the functional inhibitor MMV007839 at resolutions of 2.56 Å and 2.78 Å using single-particle cryo-electron microscopy. Genetic analysis and transport assay indicate that PfFNT is able to transfer lactate across the membrane. Combined, our data suggest a stepwise displacement mechanism for substrate transport. The PfFNT membrane protein is capable of picking up lactate ions from the parasite's cytosol, converting them to lactic acids and then exporting these acids into the extracellular space. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24076.map.gz | 3.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24076-v30.xml emd-24076.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24076.png | 214.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24076.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_24076_additional_1.map.gz | 97.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24076 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24076_validation.pdf.gz | 533.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24076_full_validation.pdf.gz | 532.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24076_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24076_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24076 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_24076_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PfFNT-inhibitor complex
全体 | 名称: PfFNT-inhibitor complex |
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要素 |
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-超分子 #1: PfFNT-inhibitor complex
超分子 | 名称: PfFNT-inhibitor complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
-分子 #1: Formate-nitrite transporter
分子 | 名称: Formate-nitrite transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 |
分子量 | 理論値: 34.492281 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPPNNSKYVL DPVSIKSVCG GEESYIRCVE YGKKKAHYSN LNLLAKAILA GMFVGLCAHA SGIAGGLFYY HKLREIVGAS MSVFVYGFT FPIAFMCIIC TGSDLFTGNT LAVTMALYEK KVKLLDYLRV MTISLFGNYV GAVSFAFFVS YLSGAFTNVH A VEKNHFFQ ...文字列: MPPNNSKYVL DPVSIKSVCG GEESYIRCVE YGKKKAHYSN LNLLAKAILA GMFVGLCAHA SGIAGGLFYY HKLREIVGAS MSVFVYGFT FPIAFMCIIC TGSDLFTGNT LAVTMALYEK KVKLLDYLRV MTISLFGNYV GAVSFAFFVS YLSGAFTNVH A VEKNHFFQ FLNDIAEKKV HHTFVECVSL AVGCNIFVCL AVYFVLTLKD GAGYVFSVFF AVYAFAIAGY EHIIANIYTL NI ALMVNTK ITVYQAYIKN LLPTLLGNYI AGAIVLGLPL YFIYKEHYYN FERSKRDNND AQMKSLSIEL RN UniProtKB: Formate-nitrite transporter |
-分子 #2: (Z)-4,4,5,5,5-pentakis(fluoranyl)-1-(4-methoxy-2-oxidanyl-phenyl)...
分子 | 名称: (Z)-4,4,5,5,5-pentakis(fluoranyl)-1-(4-methoxy-2-oxidanyl-phenyl)-3-oxidanyl-pent-2-en-1-one タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: HV6 |
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分子量 | 理論値: 312.189 Da |
Chemical component information | ChemComp-HV6: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1044196 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |