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万見
- EMDB-24073: Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24073
タイトルComplex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail
    • 複合体: Major pollen allergen
      • タンパク質・ペプチド: Major pollen allergen Bet v 1-A
    • 複合体: antibody cocktail
      • タンパク質・ペプチド: REGN5713 antibody Fab fragment heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5713 antibody Fab fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5715 antibody Fab fragment heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5715 antibody Fab fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5714 antibody Fab fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5714 antibody Fab fragment heavy chain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Betula pendula (シダレカンバ) / Homo sapiens (ヒト) / European white birch, Betula verrucosa
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Romero-Hernandez A / Franklin MC
引用ジャーナル: J Allergy Clin Immunol / 年: 2022
タイトル: Targeting immunodominant Bet v 1 epitopes with monoclonal antibodies prevents the birch allergic response.
著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / ...著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / Andrew J Murphy / Matthew A Sleeman / Jamie M Orengo
要旨: BACKGROUND: Blocking the major cat allergen, Fel d 1, with mAbs was effective in preventing an acute cat allergic response.
OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein ...OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein in birch pollen, can prevent the birch allergic response.
手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy ...手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy determined binding kinetics and structural data. Inhibition of IgE-binding, basophil activation, and mast cell degranulation were assessed via blocking ELISA, flow cytometry, and the passive cutaneous anaphylaxis mouse model.
RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- ...RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- and birch pollen extract-induced basophil activation ex vivo and mast cell degranulation in vivo. Crystal structures of the complex of Bet v 1 with immunoglobulin antigen-binding fragments of REGN5713 or REGN5715 show distinct interaction sites on Bet v 1. Cryo-electron microscopy reveals a planar and roughly symmetrical complex formed by REGN5713/14/15 bound to Bet v 1.
CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous ...CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous binding of REGN5713, REGN5714, and REGN5715 with substantial areas of Bet v 1 exposed, suggesting that targeting specific epitopes is sufficient to block the allergic response.
履歴
登録2021年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月21日-
マップ公開2021年7月21日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mxl
  • 表面レベル: 5.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.7 / ムービー #1: 5.7
最小 - 最大-14.240236 - 29.736195
平均 (標準偏差)-8.4271793e-13 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 228.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z228.800228.800228.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ220220220
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-14.24029.736-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail

全体名称: Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail
要素
  • 複合体: Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail
    • 複合体: Major pollen allergen
      • タンパク質・ペプチド: Major pollen allergen Bet v 1-A
    • 複合体: antibody cocktail
      • タンパク質・ペプチド: REGN5713 antibody Fab fragment heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5713 antibody Fab fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5715 antibody Fab fragment heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5715 antibody Fab fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5714 antibody Fab fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: REGN5714 antibody Fab fragment heavy chain

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超分子 #1: Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail

超分子名称: Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Major pollen allergen

超分子名称: Major pollen allergen / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Betula pendula (シダレカンバ)

+
超分子 #3: antibody cocktail

超分子名称: antibody cocktail / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #4-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

+
分子 #1: REGN5713 antibody Fab fragment heavy chain

分子名称: REGN5713 antibody Fab fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.560197 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCSVSGGSIT NYFWTWIRQS PGKGLEWIGY IYYSGGTNYN PSLKSRVTIS IDTSKNQFSL NMNSVTAAD TAVYYCAGSY YYGVDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCSVSGGSIT NYFWTWIRQS PGKGLEWIGY IYYSGGTNYN PSLKSRVTIS IDTSKNQFSL NMNSVTAAD TAVYYCAGSY YYGVDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTKTYT CNVDHKPSNT KVDKRVESKY GPP

+
分子 #2: REGN5713 antibody Fab fragment light chain

分子名称: REGN5713 antibody Fab fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.534207 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSIK SFLAWYRQKP GQAPRLLIYD ASNRPTGIPA RFSGSGSGTD FTLTINSLES EDFAVYFCQ QRNNWPFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSIK SFLAWYRQKP GQAPRLLIYD ASNRPTGIPA RFSGSGSGTD FTLTINSLES EDFAVYFCQ QRNNWPFTFG PGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: Major pollen allergen Bet v 1-A

分子名称: Major pollen allergen Bet v 1-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: European white birch, Betula verrucosa
分子量理論値: 17.592791 KDa
配列文字列:
MGVFNYETET TSVIPAARLF KAFILDGDNL FPKVAPQAIS SVENIEGNGG PGTIKKISFP EGFPFKYVKD RVDEVDHTNF KYNYSVIEG GPIGDTLEKI SNEIKIVATP DGGSILKISN KYHTKGDHEV KAEQVKASKE MGETLLRAVE SYLLAHSDAY N

+
分子 #4: REGN5715 antibody Fab fragment heavy chain

分子名称: REGN5715 antibody Fab fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.322162 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFI SYNIFWVRQA TGQGLDWMGW MNPFRNNAGY AQKFQGRVTV TWDTSISTAY MELSSLSSE DTAIYYCARE HGSSWGFFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPCSRSTS ESTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFI SYNIFWVRQA TGQGLDWMGW MNPFRNNAGY AQKFQGRVTV TWDTSISTAY MELSSLSSE DTAIYYCARE HGSSWGFFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPCSRSTS ESTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT KTYTCNVDHK PSNTKVDKRV ESKYGPP

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分子 #5: REGN5715 antibody Fab fragment light chain

分子名称: REGN5715 antibody Fab fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.446953 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #6: REGN5714 antibody Fab fragment light chain

分子名称: REGN5714 antibody Fab fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.341904 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVS SSLAWYQQKP GQAPRRLIYS ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAIYYCH QYNNWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVS SSLAWYQQKP GQAPRRLIYS ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAIYYCH QYNNWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #7: REGN5714 antibody Fab fragment heavy chain

分子名称: REGN5714 antibody Fab fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.915615 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGD LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYEMNWVRQA PGKGLEWVSF ISDSSSNIYY ADSVKGRFTI SRDNAKKSLY LQMTSLRAE DTAVYYCARE AIGSTSFDNW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPCSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
EVQLVESGGD LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYEMNWVRQA PGKGLEWVSF ISDSSSNIYY ADSVKGRFTI SRDNAKKSLY LQMTSLRAE DTAVYYCARE AIGSTSFDNW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPCSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTK TYTCNVDHKP SNTKVDKRVE SKYGPP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 149585
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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