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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23908 | ||||||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) | ||||||||||||||||||
![]() | ITC | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Yang C / Fujiwara R / Kim HJ / Gorbea Colon JJ / Steimle S / Garcia BA / Murakami K | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural visualization of de novo transcription initiation by Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II. 著者: Chun Yang / Rina Fujiwara / Hee Jong Kim / Pratik Basnet / Yunye Zhu / Jose J Gorbea Colón / Stefan Steimle / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Kenji Murakami / ![]() 要旨: Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous ...Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous to capture pol II in the initiating state. Here, we report multiple structures of initiation complexes converted de novo from a 33-subunit yeast pre-initiation complex (PIC) through catalytic activities and subsequently stalled at different template positions. We determine that PICs in the initially transcribing complex (ITC) can synthesize a transcript of ∼26 nucleotides before transitioning to an elongation complex (EC) as determined by the loss of general transcription factors (GTFs). Unexpectedly, transition to an EC was greatly accelerated when an ITC encountered a downstream EC stalled at promoter proximal regions and resulted in a collided head-to-end dimeric EC complex. Our structural analysis reveals a dynamic state of TFIIH, the largest of GTFs, in PIC/ITC with distinct functional consequences at multiple steps on the pathway to elongation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 93 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 54.3 KB 54.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 49.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ml4MC ![]() 7meiC ![]() 7mk9C ![]() 7mkaC ![]() 7ml0C ![]() 7ml1C ![]() 7ml2C ![]() 7ml3C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 14.3 TB Data #1: raw micrographs for PIC + ITC maps [micrographs - multiframe] Data #2: raw micrographs for EC+EC map [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | ITC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC)
+超分子 #1: RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC)
+超分子 #2: Pol II + TFIIB + RNA
+超分子 #3: DNA+TBP+TFIIA+TFIIE+TFIIF
+超分子 #4: TFIIH
+分子 #1: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
+分子 #2: Transcription initiation factor IIF subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
+分子 #5: Transcription initiation factor IIB
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
+分子 #13: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4
+分子 #16: BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1
+分子 #17: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
+分子 #18: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
+分子 #19: General transcription and DNA repair factor IIH
+分子 #20: Tfb1
+分子 #21: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
+分子 #22: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
+分子 #23: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
+分子 #24: Transcription initiation factor IIE subunit beta
+分子 #25: Transcription initiation factor IIA large subunit
+分子 #26: Transcription initiation factor IIA subunit 2
+分子 #29: TATA-box-binding protein
+分子 #30: Transcription initiation factor IIE subunit alpha
+分子 #27: non-template strand DNA
+分子 #28: template strand DNA
+分子 #31: RNA
+分子 #32: ZINC ION
+分子 #33: MAGNESIUM ION
+分子 #34: IRON/SULFUR CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |