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万見
- EMDB-23665: Structural basis for SARS-CoV-2 envelope protein in recognition o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23665
タイトルStructural basis for SARS-CoV-2 envelope protein in recognition of human cell junction protein PALS1
マップデータCryosparc non-uniform refinement without sharpening
試料
  • 複合体: Complex structure of SARS-CoV-2 envelope protein Ec18 and human PALS1 PSG domains
    • タンパク質・ペプチド: MAGUK p55 subfamily member 5
    • タンパク質・ペプチド: Envelope small membrane protein
キーワードSARS-CoV-2 envelope protein / PDZ-binding motif / complex / pathogen-host interaction / CELL ADHESION-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cellular anatomical structure in another organism / protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / cytoplasmic capsid assembly ...disruption of cellular anatomical structure in another organism / protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / cytoplasmic capsid assembly / lateral loop / myelin sheath adaxonal region / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Regulation of gap junction activity / Schmidt-Lanterman incisure / peripheral nervous system myelin maintenance / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / apical junction complex / generation of neurons / central nervous system neuron development / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / bicellular tight junction / Maturation of protein E / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein localization to plasma membrane / adherens junction / cerebral cortex development / monoatomic ion channel activity / gene expression / perikaryon / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Attachment and Entry / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain ...L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein / Protein PALS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Liu Q / Chai J
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for SARS-CoV-2 envelope protein recognition of human cell junction protein PALS1.
著者: Jin Chai / Yuanheng Cai / Changxu Pang / Liguo Wang / Sean McSweeney / John Shanklin / Qun Liu /
要旨: The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus, has created global health and economic emergencies. SARS-CoV-2 viruses promote their own spread and virulence by hijacking human proteins, which ...The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus, has created global health and economic emergencies. SARS-CoV-2 viruses promote their own spread and virulence by hijacking human proteins, which occurs through viral protein recognition of human targets. To understand the structural basis for SARS-CoV-2 viral-host protein recognition, here we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a complex structure of the human cell junction protein PALS1 and SARS-CoV-2 viral envelope (E) protein. Our reported structure shows that the E protein C-terminal DLLV motif recognizes a pocket formed exclusively by hydrophobic residues from the PDZ and SH3 domains of PALS1. Our structural analysis provides an explanation for the observation that the viral E protein recruits PALS1 from lung epithelial cell junctions. In addition, our structure provides novel targets for peptide- and small-molecule inhibitors that could block the PALS1-E interactions to reduce E-mediated virulence.
履歴
登録2021年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7m4r
  • 表面レベル: 0.2
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23665.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryosparc non-uniform refinement without sharpening
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.684 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.35293797 - 0.9423707
平均 (標準偏差)0.002212569 (±0.03260368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 175.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6840.6840.684
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z175.104175.104175.104
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.3530.9420.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex structure of SARS-CoV-2 envelope protein Ec18 and human P...

全体名称: Complex structure of SARS-CoV-2 envelope protein Ec18 and human PALS1 PSG domains
要素
  • 複合体: Complex structure of SARS-CoV-2 envelope protein Ec18 and human PALS1 PSG domains
    • タンパク質・ペプチド: MAGUK p55 subfamily member 5
    • タンパク質・ペプチド: Envelope small membrane protein

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超分子 #1: Complex structure of SARS-CoV-2 envelope protein Ec18 and human P...

超分子名称: Complex structure of SARS-CoV-2 envelope protein Ec18 and human PALS1 PSG domains
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: MAGUK p55 subfamily member 5

分子名称: MAGUK p55 subfamily member 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.780504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAPITDERV YESIGQYGGE TVKIVRIEKA RDIPLGATVR NEMDSVIISR IVKGGAAEKS GLLHEGDEVL EINGIEIRGK DVNEVFDLL SDMHGTLTFV LIPSQQIKPP PAKETVIHVK AHFDYDPSDD PYVPCRELGL SFQKGDILHV ISQEDPNWWQ A YREGDEDN ...文字列:
SNAPITDERV YESIGQYGGE TVKIVRIEKA RDIPLGATVR NEMDSVIISR IVKGGAAEKS GLLHEGDEVL EINGIEIRGK DVNEVFDLL SDMHGTLTFV LIPSQQIKPP PAKETVIHVK AHFDYDPSDD PYVPCRELGL SFQKGDILHV ISQEDPNWWQ A YREGDEDN QPLAGLVPGK EEILTYEEMS LYHQPANRKR PIILIGPQNC GQNELRQRLM NKEKDRFASA VPHTTRSRRD QE VAGRDYH FVSRQAFEAD IAAGKFIEHG EFEKNLYGTS IDSVRQVINS GKICLLSLRT QSLKTLRNSD LKPYIIFIAP PSQ ERLRAL LAKEGKNPKP EELREIIEKT REMEQNNGHY FDTAIVNSDL DKAYQELLRL INKLDTEPQW VPSTWLR

UniProtKB: Protein PALS1, Protein PALS1

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分子 #2: Envelope small membrane protein

分子名称: Envelope small membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 2.062395 KDa
配列文字列:
VYSRVKNLNS SRVPDLLV

UniProtKB: Envelope small membrane protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47615
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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