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万見
- EMDB-23388: Structure of human transfer RNA visualized in the cytomegalovirus... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23388
タイトルStructure of human transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus
マップデータC2 2-fold sub-particle reconstruction of HCMV virion particles
試料
  • 複合体: Transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (75-MER)
    • ウイルス: Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Tegument protein pp150
キーワードHCMV / tRNA / VIRUS
機能・相同性host cell viral assembly compartment / Herpesvirus UL11/UL32 / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / viral tegument / host cell cytoplasmic vesicle / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / Large structural phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) / Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu YT / Strugatsky D
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE028583/DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD018111 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 and DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of human cytomegalovirus virion reveals host tRNA binding to capsid-associated tegument protein pp150.
著者: Yun-Tao Liu / David Strugatsky / Wei Liu / Z Hong Zhou /
要旨: Under the Baltimore nucleic acid-based virus classification scheme, the herpesvirus human cytomegalovirus (HCMV) is a Class I virus, meaning that it contains a double-stranded DNA genome-and no RNA. ...Under the Baltimore nucleic acid-based virus classification scheme, the herpesvirus human cytomegalovirus (HCMV) is a Class I virus, meaning that it contains a double-stranded DNA genome-and no RNA. Here, we report sub-particle cryoEM reconstructions of HCMV virions at 2.9 Å resolution revealing structures resembling non-coding transfer RNAs (tRNAs) associated with the virion's capsid-bound tegument protein, pp150. Through deep sequencing, we show that these RNA sequences match human tRNAs, and we built atomic models using the most abundant tRNA species. Based on our models, tRNA recruitment is mediated by the electrostatic interactions between tRNA phosphate groups and the helix-loop-helix motif of HCMV pp150. The specificity of these interactions may explain the absence of such tRNA densities in murine cytomegalovirus and other human herpesviruses.
履歴
登録2021年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lj3
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7lj3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23388.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C2 2-fold sub-particle reconstruction of HCMV virion particles
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.07530269 - 0.12552957
平均 (標準偏差)0.0024589403 (±0.009601027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z435.200435.200435.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ376376376
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0750.1260.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus

全体名称: Transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus
要素
  • 複合体: Transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (75-MER)
    • ウイルス: Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Tegument protein pp150

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超分子 #1: Transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus

超分子名称: Transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human herpesvirus 5 strain AD169

超分子名称: Human herpesvirus 5 strain AD169 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10360 / 生物種: Human herpesvirus 5 strain AD169 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Tegument protein pp150

分子名称: Tegument protein pp150 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169
分子量理論値: 33.232418 KDa
配列文字列: MSLQFIGLQR RDVVALVNFL RHLTQKPDVD LEAHPKILKK CGEKRLHRRT VLFNELMLWL GYYRELRFHN PDLSSVLEEF EVRCVAVAR RGYTYPFGDR GKARDHLAVL DRTEFDTDVR HDAEIVERAL VSAVILAKMS VRETLVTAIG QTEPIAFVHL K DTEVQRIE ...文字列:
MSLQFIGLQR RDVVALVNFL RHLTQKPDVD LEAHPKILKK CGEKRLHRRT VLFNELMLWL GYYRELRFHN PDLSSVLEEF EVRCVAVAR RGYTYPFGDR GKARDHLAVL DRTEFDTDVR HDAEIVERAL VSAVILAKMS VRETLVTAIG QTEPIAFVHL K DTEVQRIE ENLEGVRRNM FCVKPLDLNL DRHANTALVN AVNKLVYTGR LIMNVRRSWE ELERKCLARI QERCKLLVKE LR MCLSFDS NYCRNILKHA VENGDSADTL LELLIEDFDI YVDSFPQS

UniProtKB: Large structural phosphoprotein

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分子 #2: RNA (75-MER)

分子名称: RNA (75-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.077223 KDa
配列文字列:
UCCCUGGUGG UCUAGUGGUU AGGAUUCGGC GCUCUCACCG CCGCGGCCCG GGUUCGAUUC CCGGUCAGGG AACCA

GENBANK: GENBANK: M31637.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43666
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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