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- EMDB-23135: Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23135
タイトルCryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5
マップデータRTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5
試料
  • 複合体: full-length TRPV1 in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: resiniferatoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / TRP channels / cellular response to temperature stimulus ...temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / TRP channels / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / thermoception / negative regulation of systemic arterial blood pressure / glutamate secretion / response to pH / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / negative regulation of heart rate / cellular response to ATP / temperature homeostasis / response to pain / cellular response to alkaloid / calcium ion import across plasma membrane / diet induced thermogenesis / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / negative regulation of mitochondrial membrane potential / ligand-gated monoatomic ion channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / GABA-ergic synapse / sensory perception of pain / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport / microglial cell activation / calcium channel activity / lipid metabolic process / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / calcium ion transport / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to heat / monoatomic ion transmembrane transport / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Zhang K / Julius D / Cheng Y
資金援助 フランス, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000471/2017-L フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098672 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD021741 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35 NS105038 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural snapshots of TRPV1 reveal mechanism of polymodal functionality.
著者: Kaihua Zhang / David Julius / Yifan Cheng /
要旨: Many transient receptor potential (TRP) channels respond to diverse stimuli and conditionally conduct small and large cations. Such functional plasticity is presumably enabled by a uniquely dynamic ...Many transient receptor potential (TRP) channels respond to diverse stimuli and conditionally conduct small and large cations. Such functional plasticity is presumably enabled by a uniquely dynamic ion selectivity filter that is regulated by physiological agents. What is currently missing is a "photo series" of intermediate structural states that directly address this hypothesis and reveal specific mechanisms behind such dynamic channel regulation. Here, we exploit cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize conformational transitions of the capsaicin receptor, TRPV1, as a model to understand how dynamic transitions of the selectivity filter in response to algogenic agents, including protons, vanilloid agonists, and peptide toxins, permit permeation by small and large organic cations. These structures also reveal mechanisms governing ligand binding substates, as well as allosteric coupling between key sites that are proximal to the selectivity filter and cytoplasmic gate. These insights suggest a general framework for understanding how TRP channels function as polymodal signal integrators.
履歴
登録2020年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月22日-
マップ公開2021年9月22日-
更新2021年10月13日-
現状2021年10月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7l2o
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23135.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 224 pix.
= 257.6 Å		1.15 Å/pix.
x 224 pix.
= 257.6 Å		1.15 Å/pix.
x 224 pix.
= 257.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.08235375 - 0.12947227
平均 (標準偏差)2.9039267e-05 (±0.003635329)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 257.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z257.600257.600257.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ10610885
NX/NY/NZ9087120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0820.1290.000

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添付データ

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ハーフマップ: RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5

ファイルemd_23135_half_map_1.map
注釈RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5

ファイルemd_23135_half_map_2.map
注釈RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : full-length TRPV1 in nanodisc

全体名称: full-length TRPV1 in nanodisc
要素
  • 複合体: full-length TRPV1 in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: resiniferatoxin

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超分子 #1: full-length TRPV1 in nanodisc

超分子名称: full-length TRPV1 in nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 95.328156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GAMGSEQRAS LDSEESESPP QENSCLDPPD RDPNCKPPPV KPHIFTTRSR TRLFGKGDSE EASPLDCPYE EGGLASCPII TVSSVLTIQ RPGDGPASVR PSSQDSVSAG EKPPRLYDRR SIFDAVAQSN CQELESLLPF LQRSKKRLTD SEFKDPETGK T CLLKAMLN ...文字列:
GAMGSEQRAS LDSEESESPP QENSCLDPPD RDPNCKPPPV KPHIFTTRSR TRLFGKGDSE EASPLDCPYE EGGLASCPII TVSSVLTIQ RPGDGPASVR PSSQDSVSAG EKPPRLYDRR SIFDAVAQSN CQELESLLPF LQRSKKRLTD SEFKDPETGK T CLLKAMLN LHNGQNDTIA LLLDVARKTD SLKQFVNASY TDSYYKGQTA LHIAIERRNM TLVTLLVENG ADVQAAANGD FF KKTKGRP GFYFGELPLS LAACTNQLAI VKFLLQNSWQ PADISARDSV GNTVLHALVE VADNTVDNTK FVTSMYNEIL ILG AKLHPT LKLEEITNRK GLTPLALAAS SGKIGVLAYI LQREIHEPEC RHLSRKFTEW AYGPVHSSLY DLSCIDTCEK NSVL EVIAY SSSETPNRHD MLLVEPLNRL LQDKWDRFVK RIFYFNFFVY CLYMIIFTAA AYYRPVEGLP PYKLKNTVGD YFRVT GEIL SVSGGVYFFF RGIQYFLQRR PSLKSLFVDS YSEILFFVQS LFMLVSVVLY FSQRKEYVAS MVFSLAMGWT NMLYYT RGF QQMGIYAVMI EKMILRDLCR FMFVYLVFLF GFSTAVVTLI EDGKNNSLPM ESTPHKCRGS ACKPGNSYNS LYSTCLE LF KFTIGMGDLE FTENYDFKAV FIILLLAYVI LTYILLLNML IALMGETVNK IAQESKNIWK LQRAITILDT EKSFLKCM R KAFRSGKLLQ VGFTPDGKDD YRWCFRVDEV NWTTWNTNVG IINEDPGNCE GVKRTLSFSL RSGRVSGRNW KNFALVPLL RDASTRDRHA TQQEEVQLKH YTGSLKPEDA EVFKDSMVPG EK

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分子 #2: resiniferatoxin

分子名称: resiniferatoxin / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: 6EU
分子量理論値: 628.708 Da
Chemical component information

ChemComp-6EU:
resiniferatoxin / レシニフェラトキシン / toxin*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
糖包埋材質: nanodisc
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3j5p

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39056
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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