[日本語] English
万見
- EMDB-23057: rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23057
タイトルrFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001)
マップデータFull map from 3D refinement
試料
  • 複合体: rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001)
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor FVIII-Fc-XTEN
    • タンパク質・ペプチド: von Willebrand factor-XTEN-Fc
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: COPPER (II) ION
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 sulfation at Y1699 / Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor ...Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 sulfation at Y1699 / Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / hemostasis / blood coagulation, intrinsic pathway / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of intracellular signal transduction / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Golgi lumen / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / integrin binding / Platelet degranulation / signaling receptor activity / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / oxidoreductase activity / cell adhesion / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. ...Coagulation factor 5/8-like / von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / von Willebrand factor type A domain / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor VIII / von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fuller JR / Batchelor JD
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Automated structure refinement of macromolecular assemblies from cryo-EM maps using Rosetta.
著者: Ray Yu-Ruei Wang / Yifan Song / Benjamin A Barad / Yifan Cheng / James S Fraser / Frank DiMaio /
要旨: Cryo-EM has revealed the structures of many challenging yet exciting macromolecular assemblies at near-atomic resolution (3-4.5Å), providing biological phenomena with molecular descriptions. ...Cryo-EM has revealed the structures of many challenging yet exciting macromolecular assemblies at near-atomic resolution (3-4.5Å), providing biological phenomena with molecular descriptions. However, at these resolutions, accurately positioning individual atoms remains challenging and error-prone. Manually refining thousands of amino acids - typical in a macromolecular assembly - is tedious and time-consuming. We present an automated method that can improve the atomic details in models that are manually built in near-atomic-resolution cryo-EM maps. Applying the method to three systems recently solved by cryo-EM, we are able to improve model geometry while maintaining the fit-to-density. Backbone placement errors are automatically detected and corrected, and the refinement shows a large radius of convergence. The results demonstrate that the method is amenable to structures with symmetry, of very large size, and containing RNA as well as covalently bound ligands. The method should streamline the cryo-EM structure determination process, providing accurate and unbiased atomic structure interpretation of such maps.
#1: ジャーナル: Comput. Cryst. Newsl. / 年: 2013
タイトル: New tool: phenix.real_space_refine
著者: Afonine PV / Headd JJ / Terwilliger TC / Adams PD
履歴
登録2020年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2021年6月9日-
現状2021年6月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kwo
  • 表面レベル: 0.0145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23057.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map from 3D refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0145 / ムービー #1: 0.0145
最小 - 最大-0.03594801 - 0.08520259
平均 (標準偏差)-2.9564087e-06 (±0.001296866)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 407.03998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z407.040407.040407.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0360.085-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_23057_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Map sharpened by an automatically-fit B-factor (-69.3204) then...

ファイルemd_23057_additional_1.map
注釈Map sharpened by an automatically-fit B-factor (-69.3204) then filtered to local resolution. Used for model building and refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unfiltered half map 2

ファイルemd_23057_half_map_1.map
注釈Unfiltered half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unfiltered half map 1

ファイルemd_23057_half_map_2.map
注釈Unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001)

全体名称: rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001)
要素
  • 複合体: rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001)
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor FVIII-Fc-XTEN
    • タンパク質・ペプチド: von Willebrand factor-XTEN-Fc
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: COPPER (II) ION

-
超分子 #1: rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001)

超分子名称: rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: An engineered therapeutic complex between coagulation factor VIII and von Willebrand factor D'D3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 311.64974 KDa

-
分子 #1: Coagulation factor FVIII-Fc-XTEN

分子名称: Coagulation factor FVIII-Fc-XTEN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 218.874969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQIELSTCFF LCLLRFCFSA TRRYYLGAVE LSWDYMQSDL GELPVDARFP PRVPKSFPFN TSVVYKKTLF VEFTDHLFNI AKPRPPWMG LLGPTIQAEV YDTVVITLKN MASHPVSLHA VGVSYWKASE GAEYDDQTSQ REKEDDKVFP GGSHTYVWQV L KENGPMAS ...文字列:
MQIELSTCFF LCLLRFCFSA TRRYYLGAVE LSWDYMQSDL GELPVDARFP PRVPKSFPFN TSVVYKKTLF VEFTDHLFNI AKPRPPWMG LLGPTIQAEV YDTVVITLKN MASHPVSLHA VGVSYWKASE GAEYDDQTSQ REKEDDKVFP GGSHTYVWQV L KENGPMAS DPLCLTYSYL SHVDLVKDLN SGLIGALLVC REGSLAKEKT QTLHKFILLF AVFDEGKSWH SETKNSLMQD RD AASARAW PKMHTVNGYV NRSLPGLIGC HRKSVYWHVI GMGTTPEVHS IFLEGHTFLV RNHRQASLEI SPITFLTAQT LLM DLGQFL LFCHISSHQH DGMEAYVKVD SCPEEPQLRM KNNEEAEDYD DDLTDSEMDV VRFDDDNSPS FIQIRSVAKK HPKT WVHYI AAEEEDWDYA PLVLAPDDRS YKSQYLNNGP QRIGRKYKKV RFMAYTDETF KTREAIQHES GILGPLLYGE VGDTL LIIF KNQASRPYNI YPHGITDVRP LYSRRLPKGV KHLKDFPILP GEIFKYKWTV TVEDGPTKSD PRCLTRYYSS FVNMER DLA SGLIGPLLIC YKESVDQRGN QIMSDKRNVI LFSVFDENRS WYLTENIQRF LPNPAGVQLE DPEFQASNIM HSINGYV FD SLQLSVCLHE VAYWYILSIG AQTDFLSVFF SGYTFKHKMV YEDTLTLFPF SGETVFMSME NPGLWILGCH NSDFRNRG M TALLKVSSCD KNTGDYYEDS YEDISAYLLS KNNAIEPRSF SQNGTSESAT PESGPGSEPA TSGSETPGTS ESATPESGP GSEPATSGSE TPGTSESATP ESGPGTSTEP SEGSAPGSPA GSPTSTEEGT SESATPESGP GSEPATSGSE TPGTSESATP ESGPGSPAG SPTSTEEGSP AGSPTSTEEG TSTEPSEGSA PGTSESATPE SGPGTSESAT PESGPGTSES ATPESGPGSE P ATSGSETP GSEPATSGSE TPGSPAGSPT STEEGTSTEP SEGSAPGTST EPSEGSAPGS EPATSGSETP GTSESATPES GP GTSTEPS EGSAPASSEI TRTTLQSDQE EIDYDDTISV EMKKEDFDI(TYS) DEDENQSPRS FQKKTRHYFI AAVERLWDY GMSSSPHVLR NRAQSGSVPQ FKKVVFQEFT DGSFTQPLYR GELNEHLGLL GPYIRAEVED NIMVTFRNQA SRPYSFYSSL ISYEEDQRQ GAEPRKNFVK PNETKTYFWK VQHHMAPTKD EFDCKAWAYF SDVDLEKDVH SGLIGPLLVC HTNTLNPAHG R QVTVQEFA LFFTIFDETK SWYFTENMER NCRAPCNIQM EDPTFKENYR FHAINGYIMD TLPGLVMAQD QRIRWYLLSM GS NENIHSI HFSGHVFTVR KKEEYKMALY NLYPGVFETV EMLPSKAGIW RVECLIGEHL HAGMSTLFLV YSNKCQTPLG MAS GHIRDF QITASGQYGQ WAPKLARLHY SGSINAWSTK EPFSWIKVDL LAPMIIHGIK TQGARQKFSS LYISQFIIMY SLDG KKWQT YRGNSTGTLM VFFGNVDSSG IKHNIFNPPI IARYIRLHPT HYSIRSTLRM ELMGCDLNSC SMPLGMESKA ISDAQ ITAS SYFTNMFATW SPSKARLHLQ GRSNAWRPQV NNPKEWLQVD FQKTMKVTGV TTQGVKSLLT SMYVKEFLIS SSQDGH QWT LFFQNGKVKV FQGNQDSFTP VVNSLDPPLL TRYLRIHPQS WVHQIALRME VLGCEAQDLY DKTHTCPPCP APELLGG PS VFLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSHE DPEVKFNWYV DGVEVHNAKT KPREEQYNST YRVVSVLTVL HQDWLNGK E YKCKVSNKAL PAPIEKTISK AKGQPREPQV YTLPPSRDEL TKNQVSLTCL VKGFYPSDIA VEWESNGQPE NNYKTTPPV LDSDGSFFLY SKLTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLSLSPG

-
分子 #2: von Willebrand factor-XTEN-Fc

分子名称: von Willebrand factor-XTEN-Fc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 179.048953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIPARFAGVL LALALILPGT LCAEGTRGRS STARCSLFGS DFVNTFDGSM YSFAGYCSYL LAGGCQKRSF SIIGDFQNGK RVSLSVYLG EFFDIHLFVN GTVTQGDQRV SMPYASKGLY LETEAGYYKL SGEAYGFVAR IDGSGNFQVL LSDRYFNKTC G LCGNFNIF ...文字列:
MIPARFAGVL LALALILPGT LCAEGTRGRS STARCSLFGS DFVNTFDGSM YSFAGYCSYL LAGGCQKRSF SIIGDFQNGK RVSLSVYLG EFFDIHLFVN GTVTQGDQRV SMPYASKGLY LETEAGYYKL SGEAYGFVAR IDGSGNFQVL LSDRYFNKTC G LCGNFNIF AEDDFMTQEG TLTSDPYDFA NSWALSSGEQ WCERASPPSS SCNISSGEMQ KGLWEQCQLL KSTSVFARCH PL VDPEPFV ALCEKTLCEC AGGLECACPA LLEYARTCAQ EGMVLYGWTD HSACSPVCPA GMEYRQCVSP CARTCQSLHI NEM CQERCV DGCSCPEGQL LDEGLCVEST ECPCVHSGKR YPPGTSLSRD CNTCICRNSQ WICSNEECPG ECLVTGQSHF KSFD NRYFT FSGICQYLLA RDCQDHSFSI VIETVQCADD RDAVCTRSVT VRLPGLHNSL VKLKHGAGVA MDGQDIQLPL LKGDL RIQH TVTASVRLSY GEDLQMDWDG RGRLLVKLSP VYAGKTCGLC GNYNGNQGDD FLTPSGLAEP RVEDFGNAWK LHGDCQ DLQ KQHSDPCALN PRMTRFSEEA CAVLTSPTFE ACHRAVSPLP YLRNCRYDVC SCSDGRECLC GALASYAAAC AGRGVRV AW REPGRCELNC PKGQVYLQCG TPCNLTCRSL SYPDEECNEA CLEGCFCPPG LYMDERGDCV PKAQCPCYYD GEIFQPED I FSDHHTMCYC EDGFMHCTMS GVPGSLLPDA VLSSPLSHRS KRSLSCRPPM VKLVCPADNL RAEGLECTKT CQNYDLECM SMGCVSGCLC PPGMVRHENR CVALERCPCF HQGKEYAPGE TVKIGCNTCV CRDRKWNCTD HVCDATCSTI GMAHYLTFDG LKYLFPGEC QYVLVQDYCG SNPGTFRILV GNKGCSHPSV KCKKRVTILV EGGEIELFDG EVNVKRPMKD ETHFEVVESG R YIILLLGK ALSVVWDRHL SISVVLKQTY QEKVCGLCGN FDGIQNNDLT SSNLQVEEDP VDFGNSWKVS SQCADTRKVP LD SSPATCH NNIMKQTMVD SSCRILTSDV FQDCNKLVDP EPYLDVCIYD TCSCESIGDC AAFCDTIAAY AHVCAQHGKV VTW RTATLC PQSCEERNLR ENGYEAEWRY NSCAPACQVT CQHPEPLACP VQCVEGCHAH CPPGKILDEL LQTCVDPEDC PVCE VAGRR FASGKKVTLN PSDPEHCQIC HCDVVNLTCE ACQEPGTSES ATPESGPGSE PATSGSETPG TSESATPESG PGSEP ATSG SETPGTSESA TPESGPGTST EPSEGSAPGS PAGSPTSTEE GTSESATPES GPGSEPATSG SETPGTSESA TPESGP GSP AGSPTSTEEG SPAGSPTSTE EGASSDKNTG DYYEDSYEDI SAYLLSKNNA IEPRSFSDKT HTCPPCPAPE LLGGPSV FL FPPKPKDTLM ISRTPEVTCV VVDVSHEDPE VKFNWYVDGV EVHNAKTKPR EEQYNSTYRV VSVLTVLHQD WLNGKEYK C KVSNKALPAP IEKTISKAKG QPREPQVYTL PPSRDELTKN QVSLTCLVKG FYPSDIAVEW ESNGQPENNY KTTPPVLDS DGSFFLYSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE ALHNHYTQKS LSLSPG

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #7: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製 #1

Preparation ID1
濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
2.5 mMCaCl2calcium chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.0038 %C15H24O(C2H4O)nNP-40 Alternative (CAS 9016-45-9)

詳細: NP-40s detergent was added to samples immediately prior to vitrification, to a final concentration of 0.0038 % (weight/volume).
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Prepared by gel filtration chromatography immediately prior to vitrification.

-
試料調製 #2

Preparation ID2
濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
2.5 mMCaCl2calcium chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.0038 %C15H24O(C2H4O)nNP-40 Alternative (CAS 9016-45-9)

詳細: NP-40s detergent was added to samples immediately prior to vitrification, to a final concentration of 0.0038 % (weight/volume).
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Prepared by gel filtration chromatography immediately prior to vitrification.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Micrograph movies were motion-corrected and dose-weighted using Relion 3.0
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 116200
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6mf2

chain_id: A

6n29

chain_id: V
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7kwo:
rFVIIIFc-VWF-XTEN (BIVV001)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る