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- EMDB-22988: Adeno-associated virus serotype 5 in complex with the cellular re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22988
タイトルAdeno-associated virus serotype 5 in complex with the cellular receptor AAVR at 2.5 Angstroms resolution, AAV5 AAVR
マップデータAdeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular receptor AAVR, cryo-em sharpened map at 2.5 Angstroms resolution.
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードAAV5 / AAV / AAV-5 / AAVR / Adeno Associated Virus / PKD domain / VIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / virus / gene therapy / Receptor / Adeno-associated virus receptor / PKD1 / PKD
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / nucleolus / structural molecule activity / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain ...Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Silveria M / Chapman MS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: The Structure of an AAV5-AAVR Complex at 2.5 Å Resolution: Implications for Cellular Entry and Immune Neutralization of AAV Gene Therapy Vectors.
著者: Mark A Silveria / Edward E Large / Grant M Zane / Tommi A White / Michael S Chapman /
要旨: Adeno-Associated Virus is the leading vector for gene therapy. Although it is the vector for all in vivo gene therapies approved for clinical use by the US Food and Drug Administration, its biology ...Adeno-Associated Virus is the leading vector for gene therapy. Although it is the vector for all in vivo gene therapies approved for clinical use by the US Food and Drug Administration, its biology is still not yet fully understood. It has been shown that different serotypes of AAV bind to their cellular receptor, AAVR, in different ways. Previously we have reported a 2.4Å structure of AAV2 bound to AAVR that shows ordered structure for only one of the two AAVR domains with which AAV2 interacts. In this study we present a 2.5Å resolution structure of AAV5 bound to AAVR. AAV5 binds to the first polycystic kidney disease (PKD) domain of AAVR that was not ordered in the AAV2 structure. Interactions of AAV5 with AAVR are analyzed in detail, and the implications for AAV2 binding are explored through molecular modeling. Moreover, we find that binding sites for the antibodies ADK5a, ADK5b, and 3C5 on AAV5 overlap with the binding site of AAVR. These insights provide a structural foundation for development of gene therapy agents to better evade immune neutralization without disrupting cellular entry.
履歴
登録2020年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 36
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 36
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kpn
  • 表面レベル: 36
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kpn
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22988.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22988.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Adeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular receptor AAVR, cryo-em sharpened map at 2.5 Angstroms resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66515 Å
密度
表面レベル登録者による: 36.0 / ムービー #1: 36
最小 - 最大-100.954629999999995 - 175.991060000000004
平均 (標準偏差)-0.000000041663426 (±10.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-255-255-255
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 340.558 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.665152343750.665152343750.66515234375
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.558340.558340.558
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-255-255-255
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-255-255-255
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-100.955175.991-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22988_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Adeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular...

ファイルemd_22988_additional_1.map
注釈Adeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular receptor AAVR, cryo-em unsharpened map at 2.5 Angstroms resolution.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Adeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular...

ファイルemd_22988_half_map_1.map
注釈Adeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular receptor AAVR, cryo-em half map 2 of 2 for a map at 2.5 Angstroms resolution.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Adeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular...

ファイルemd_22988_half_map_2.map
注釈Adeno-associated virus serotype 5 bound to its cellular receptor AAVR, cryo-em half map 1 of 2 for a map at 2.5 Angstroms resolution.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus - 5

全体名称: Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 5

超分子名称: Adeno-associated virus - 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Expressed using SF9 cells with a pfastbac LIC vector. Purified with cesium chloride ultracentrifugation.
NCBI-ID: 82300 / 生物種: Adeno-associated virus - 5 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.746 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP3 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein

分子名称: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.182744 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASHHHHHHV SAGESVQITL PKNEVQLNAY VLQEPPKGET YTYDWQLITH PRDYSGEMEG KHSQILKLSK LTPGLYEFKV IVEGQNAHG EGYVNVTVKP EPRKNRPPIA IVSPQFQEIS LPTTSTVIDG SQSTDDDKIV QYHWEELKGP LREEKISEDT A ILKLSKLV ...文字列:
MASHHHHHHV SAGESVQITL PKNEVQLNAY VLQEPPKGET YTYDWQLITH PRDYSGEMEG KHSQILKLSK LTPGLYEFKV IVEGQNAHG EGYVNVTVKP EPRKNRPPIA IVSPQFQEIS LPTTSTVIDG SQSTDDDKIV QYHWEELKGP LREEKISEDT A ILKLSKLV PGNYTFSLTV VDSDGATNST TANLTVNKAV D

UniProtKB: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein

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分子 #2: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 80.366211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SFVDHPPDWL EEVGEGLREF LGLEAGPPKP KPNQQHQDQA RGLVLPGYNY LGPGNGLDRG EPVNRADEVA REHDISYNEQ LEAGDNPYL KYNHADAEFQ EKLADDTSFG GNLGKAVFQA KKRVLEPFGL VEEGAKTAPT GKRIDDHFPK RKKARTEEDS K PSTSSDAE ...文字列:
SFVDHPPDWL EEVGEGLREF LGLEAGPPKP KPNQQHQDQA RGLVLPGYNY LGPGNGLDRG EPVNRADEVA REHDISYNEQ LEAGDNPYL KYNHADAEFQ EKLADDTSFG GNLGKAVFQA KKRVLEPFGL VEEGAKTAPT GKRIDDHFPK RKKARTEEDS K PSTSSDAE AGPSGSQQLQ IPAQPASSLG ADTMSAGGGG PLGDNNQGAD GVGNASGDWH CDSTWMGDRV VTKSTRTWVL PS YNNHQYR EIKSGSVDGS NANAYFGYST PWGYFDFNRF HSHWSPRDWQ RLINNYWGFR PRSLRVKIFN IQVKEVTVQD STT TIANNL TSTVQVFTDD DYQLPYVVGN GTEGCLPAFP PQVFTLPQYG YATLNRDNTE NPTERSSFFC LEYFPSKMLR TGNN FEFTY NFEEVPFHSS FAPSQNLFKL ANPLVDQYLY RFVSTNNTGG VQFNKNLAGR YANTYKNWFP GPMGRTQGWN LGSGV NRAS VSAFATTNRM ELEGASYQVP PQPNGMTNNL QGSNTYALEN TMIFNSQPAN PGTTATYLEG NMLITSESET QPVNRV AYN VGGQMATNNQ SSTTAPATGT YNLQEIVPGS VWMERDVYLQ GPIWAKIPET GAHFHPSPAM GGFGLKHPPP MMLIKNT PV PGNITSFSDV PVSSFITQYS TGQVTVEMEW ELKKENSKRW NPEIQYTNNY NDPQFVDFAP DSTGEYRTTR PIGTRYLT R PL

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
25.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
25.0 mMSodium chlorideNaCl
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Two 2uL aliquots applied to grid (manual blotting between), prior to automated 3 second blot before plunging..
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 734 / 平均電子線量: 32.9 e/Å2 / 詳細: Pixel size was 0.664 angstrom.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 168275
詳細: LoG Picker was used for initial automated particle selection. Templates were then generated by 2D classification, followed by particle template selection in Relion 3.0.
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 159673
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Multiple rounds of 2D classification and 3D classification were used to remove outliers, resulting in 159,673 particles after deduplication.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3ntt


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Stand-alone RSRef was used for refinement of magnification, resolution, envelope correction and atomic B-factors. This was alternated with RSRef-embedded CNS was used for molecular dynamics optimization (1st round) and stereochemically-restrained all-atom least-squares optimization.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Least-squares residual
得られたモデル

PDB-7kpn:
Adeno-associated virus serotype 5 in complex with the cellular receptor AAVR at 2.5 Angstroms resolution, AAV5 AAVR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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