+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22900 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz | |||||||||
![]() | Structure of HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz | |||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Ha B / Larsen KP / Zhang J / Fu Z / Montabana E / Jackson LN / Chen DH / Puglisi EV | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution view of HIV-1 reverse transcriptase initiation complexes and inhibition by NNRTI drugs. 著者: Betty Ha / Kevin P Larsen / Jingji Zhang / Ziao Fu / Elizabeth Montabana / Lynnette N Jackson / Dong-Hua Chen / Elisabetta Viani Puglisi / ![]() 要旨: Reverse transcription of the HIV-1 viral RNA genome (vRNA) is an integral step in virus replication. Upon viral entry, HIV-1 reverse transcriptase (RT) initiates from a host tRNA primer bound to the ...Reverse transcription of the HIV-1 viral RNA genome (vRNA) is an integral step in virus replication. Upon viral entry, HIV-1 reverse transcriptase (RT) initiates from a host tRNA primer bound to the vRNA genome and is the target of key antivirals, such as non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs). Initiation proceeds slowly with discrete pausing events along the vRNA template. Despite prior medium-resolution structural characterization of reverse transcriptase initiation complexes (RTICs), higher-resolution structures of the RTIC are needed to understand the molecular mechanisms that underlie initiation. Here we report cryo-EM structures of the core RTIC, RTIC-nevirapine, and RTIC-efavirenz complexes at 2.8, 3.1, and 2.9 Å, respectively. In combination with biochemical studies, these data suggest a basis for rapid dissociation kinetics of RT from the vRNA-tRNA initiation complex and reveal a specific structural mechanism of nucleic acid conformational stabilization during initiation. Finally, our results show that NNRTIs inhibit the RTIC and exacerbate discrete pausing during early reverse transcription. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 200.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 116.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 500.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 499.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Structure of HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz
全体 | 名称: HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz
超分子 | 名称: HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core with efavirenz タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Peripheral tRNA and engineered stem loop were masked out during cryo-EM data processing. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 138 KDa |
-分子 #1: Reverse transcriptase/ribonuclease H
分子 | 名称: Reverse transcriptase/ribonuclease H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: isolate BH10 |
分子量 | 理論値: 64.705316 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVPISPIETV PVKLKPGMDG PKVKQWPLTE EKIKALVEIC TEMEKEGKIS KIGPENPYNT PVFAIKKKDS TKWRKLVDFR ELNKRTQDF WEVQLGIPHP AGLKKKKSVT VLDVGDAYFS VPLDEDFRKY TAFTIPSINN ETPGIRYQYN VLPQGWKGSP A IFQSSMTK ...文字列: MVPISPIETV PVKLKPGMDG PKVKQWPLTE EKIKALVEIC TEMEKEGKIS KIGPENPYNT PVFAIKKKDS TKWRKLVDFR ELNKRTQDF WEVQLGIPHP AGLKKKKSVT VLDVGDAYFS VPLDEDFRKY TAFTIPSINN ETPGIRYQYN VLPQGWKGSP A IFQSSMTK ILEPFKKQNP DIVIYQYMDD LYVGSDLEIG QHRTKIEELR QHLLRWGLTT PDKKHQKEPP FLWMGYELHP DK WTVQPIV LPEKDSWTVN DICKLVGKLN WASQIYPGIK VRQLSKLLRG TKALTEVIPL TEEAELELAE NREILKEPVH GVY YDPSKD LIAEIQKQGQ GQWTYQIYQE PFKNLKTGKY ARMRGAHTND VKQLTEAVQK ITTESIVIWG KTPKFKLPIQ KETW ETWWT EYWQATWIPE WEFVNTPPLV KLWYQLEKEP IVGAETFYVD GAANRETKLG KAGYVTNKGR QKVVPLTNTT NQKTQ LQAI YLALQDSGLE VNIVTDSQYA LGIIQAQPDK SESELVNQII EQLIKKEKVY LAWVPAHKGI GGNEQVDKLV SAGIRK IL |
-分子 #2: reverse transcriptase p51 subunit
分子 | 名称: reverse transcriptase p51 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: isolate BH10 |
分子量 | 理論値: 51.585293 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVPISPIETV PVKLKPGMDG PKVKQWPLTE EKIKALVEIC TEMEKEGKIS KIGPENPYNT PVFAIKKKDS TKWRKLVDFR ELNKRTQDF WEVQLGIPHP AGLKKKKSVT VLDVGDAYFS VPLDEDFRKY TAFTIPSINN ETPGIRYQYN VLPQGWKGSP A IFQSSMTK ...文字列: MVPISPIETV PVKLKPGMDG PKVKQWPLTE EKIKALVEIC TEMEKEGKIS KIGPENPYNT PVFAIKKKDS TKWRKLVDFR ELNKRTQDF WEVQLGIPHP AGLKKKKSVT VLDVGDAYFS VPLDEDFRKY TAFTIPSINN ETPGIRYQYN VLPQGWKGSP A IFQSSMTK ILEPFKKQNP DIVIYQYMDD LYVGSDLEIG QHRTKIEELR QHLLRWGLTT PDKKHQKEPP FLWMGYELHP DK WTVQPIV LPEKDSWTVN DIQKLVGKLN WASQIYPGIK VRQLSKLLRG TKALTEVIPL TEEAELELAE NREILKEPVH GVY YDPSKD LIAEIQKQGQ GQWTYQIYQE PFKNLKTGKY ARMRGAHTND VKQLTEAVQK ITTESIVIWG KTPKFKLPIQ KETW ETWWT EYWQATWIPE WEFVNTPPLV KLWYQLEKEP IVGAETF |
-分子 #3: HIV-1 viral RNA fragment
分子 | 名称: HIV-1 viral RNA fragment / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 8.437105 KDa |
配列 | 文字列: GCAGUGGCGC CCGAACAGGG ACUUGA |
-分子 #4: tRNA lysine 3 fragment with GNRA tetraloop
分子 | 名称: tRNA lysine 3 fragment with GNRA tetraloop / タイプ: other / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.595636 KDa |
配列 | 文字列: GCCCGGGAAA CCAGGGUUCA AGUCCCUGUU CGG(G47)CGCCA |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2...
分子 | 名称: (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: EFZ |
---|---|
分子量 | 理論値: 315.675 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-EFZ: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 10.0 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K |
詳細 | Sample was monodisperse. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 1123557 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-7kjw: |