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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22890 | |||||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum RhopH complex in soluble form | |||||||||
![]() | Unsharpened map | |||||||||
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機能・相同性 | Uncharacterized protein / High molecular weight rhoptry protein-2![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
![]() | Schureck MA / Darling JE / Merk A / Subramaniam S / Desai SA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Malaria parasites use a soluble RhopH complex for erythrocyte invasion and an integral form for nutrient uptake. 著者: Marc A Schureck / Joseph E Darling / Alan Merk / Jinfeng Shao / Geervani Daggupati / Prakash Srinivasan / Paul Dominic B Olinares / Michael P Rout / Brian T Chait / Kurt Wollenberg / Sriram ...著者: Marc A Schureck / Joseph E Darling / Alan Merk / Jinfeng Shao / Geervani Daggupati / Prakash Srinivasan / Paul Dominic B Olinares / Michael P Rout / Brian T Chait / Kurt Wollenberg / Sriram Subramaniam / Sanjay A Desai / ![]() ![]() 要旨: Malaria parasites use the RhopH complex for erythrocyte invasion and channel-mediated nutrient uptake. As the member proteins are unique to Plasmodium spp., how they interact and traffic through ...Malaria parasites use the RhopH complex for erythrocyte invasion and channel-mediated nutrient uptake. As the member proteins are unique to Plasmodium spp., how they interact and traffic through subcellular sites to serve these essential functions is unknown. We show that RhopH is synthesized as a soluble complex of CLAG3, RhopH2, and RhopH3 with 1:1:1 stoichiometry. After transfer to a new host cell, the complex crosses a vacuolar membrane surrounding the intracellular parasite and becomes integral to the erythrocyte membrane through a PTEX translocon-dependent process. We present a 2.9 Å single-particle cryo-electron microscopy structure of the trafficking complex, revealing that CLAG3 interacts with the other subunits over large surface areas. This soluble complex is tightly assembled with extensive disulfide bonding and predicted transmembrane helices shielded. We propose a large protein complex stabilized for trafficking but poised for host membrane insertion through large-scale rearrangements, paralleling smaller two-state pore-forming proteins in other organisms. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 194 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.7 KB 24.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 232.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 228.7 MB 146.9 MB 194.3 MB 194.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 867.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 866.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_22890_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally sharpened map
ファイル | emd_22890_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_22890_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_22890_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : RhopH complex
全体 | 名称: RhopH complex |
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要素 |
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-超分子 #1: RhopH complex
超分子 | 名称: RhopH complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 434 KDa |
-分子 #1: Cytoadherence linked asexual protein 3
分子 | 名称: Cytoadherence linked asexual protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 177.069516 KDa |
配列 | 文字列: MVSFFKTPII IFFFLLCLNE KVLCSINENE NLGENKNENA NVNTPENLNK LLNEYDNIEQ LKSMIGNDEL HKNLTILEKL ILESLEKDK LKYPLLKQGT EQLIDISKFN KKNITDADDE TYIIPTVQSS FHDIVKYEHL IKEQSIEIYN SDISDKIKKK I FIVRTLKT ...文字列: MVSFFKTPII IFFFLLCLNE KVLCSINENE NLGENKNENA NVNTPENLNK LLNEYDNIEQ LKSMIGNDEL HKNLTILEKL ILESLEKDK LKYPLLKQGT EQLIDISKFN KKNITDADDE TYIIPTVQSS FHDIVKYEHL IKEQSIEIYN SDISDKIKKK I FIVRTLKT IKLMLIPLNS YKQNNDLKSA LEELNNVFTN KEAQKESSPI GDHGTFFRKL LTHVRTIKEN EDIENKGETL IL GDNKIDV MNSNDFFFTT NSNVKFMENL DDITNQYGLG LINHLGPHLI ALGHFTVLKL ALKNYKNYFE AKSIKFFSWQ KIL EFSMSD RFKVLDMMCD HESVYYSEKK RRKTYLKVDR SNTSMECNIL EYLLHYFNKY QLEIIKTTQD TDFDLHGMME HKYI KDYFF SFMCNDPKEC IIYHTNQFKK EANEENTFPE QEEPNRQISA FNLYLNYYYF MKRYSSYGVK KTLYVHLLNL TGLLN YDTR SYVTSLYLPG YYNAVEMSFT EEKEFSKLFE SLIQCIEKCH SDQARQISKD SNLLNDITKC DLCKGAFLYS NMKFDE VPS MLQKFYLYLT KGLKIQKVSS LIKTLDIYQD YSNFLSHDIN WYTFLFLFRL TSFKEISKKN VAEAMYLNIK DEDTFNK TI VTNYWYPSPI KKYYTLYVRK HIPNNLVDEL EKLMKSGTLE KMKKSLTFLV HVNSFLQLDF FHQLNEPPLG LPRSYPLS L VLEHKFKEWM DSSPAGFYFS NYQNPYVRKD LHDKVLSQKF EPPKMNQWNK VLKSLIECAY DMYFEQRHVK NLYKYHNIY NINNKLMLMR DSIDLYKTHF DDVLFFADIF NMRKYMTATP VYKKVKDRVY HTLHSITGNS VNFYKYGIIY GFKVNKEILK EVVDELYSI YNFNTDIFTD TSFLQTVYLL FRRIEETYRT QRRDDKISVN NVFFMNVANN YSKLNKEERE IEIHNSMASR Y YAKTMFAA FQMLFSTMLS NNVDNLDKAY GLSENIQVAT STSAFLTFAY VYNGSIMDSV TNSLLPPYAK KPITQLKYGK TF VFSNYFM LASKMYDMLN YKNLSLLCEY QAVASANFYS AKKVGQFIGR KFLPITTYFL VMRISWTHAF TTGQHLIAAF DPL NTNTSP KPNGGSGIYK SPESFFFTHA LAAEASKYLF FYFFTNLYLD AYKSFPGGFG PAIKEQTQHV QEQTYERKPS VHSF NRNFF MELANGFMYA FCFFAISQMY AYFENINFYI TSNFRFLDRY YGVFNKYFIN YARIKLKEIT SDLLIKYERE AYLSM KKYG YLGEVIAARL SPKDKIMNYV HETNDDVMSN LRRYDMENAF KNKMSTYVDD FAFFDDCGKN EQFLNERCDY CPVIEE VEE TELFTTTGDK NTNKTTEIKK QTSTYIDTEK MNEADSADSD DEKDSDTPDN ELMIARFHGA GHHHHHHHHH HDYKDDD DK GLVPRGSAAA AYPYDVPDYA SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GPDRKAAVSH WQQ |
-分子 #2: High molecular weight rhoptry protein-2
分子 | 名称: High molecular weight rhoptry protein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 162.877406 KDa |
配列 | 文字列: MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK ...文字列: MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK KVHDFLVLTS QSNENLLPNK EKLFEQIVDQ IKYFDEYFFA SGGKIKVKKG YLKYNFLDIY KQPVCSAYLH LC SRYYESV SIYIRLKKVF NGIPAFLDKN CRKVKGEEFK KLMDMELKHN HIVERFDKYI ISDDLYYVNM KVFDLKNVDK IQV SKIDDI NNLNIYEHKE TMHLSAKNLS RYIDIKKELN DEKAYKQLMS AIRKYVTTLT KADSDITYFV KQLDDEEIER FLID LNFFL YNGFLRITED KHLINADDVS PSYINLYRSN NIVALYILKT QYEENKLSEY RAHKFYRRKR VSNITNDMIK KDFTQ TNAL TNLPNLDNKK TTEYYLKEYE NFVENFQPDL HDIMKLQLFF TMAFKDCNVN QNFTETSKKL WFDLLYAYDK FGWFYI HPN EVINSINKTD FVRHVLVSRN FLLKNNDQLT FLETQVAKIV EIINLSLEVD KSPDSLDFSI PMNFFNHKNG YHVMNDD KL KLLTSYEYID SIANNYFFLS EYKNDVFRTG NNFKLYFNLP NIYSLAYQLF NELAININVI TNVPLKKYLK YNASYAYF T LMNMIGKNHD IYSKGSRFVY ASYILGLVFF IESHIDIARL KPKDFFFMKQ SLPIIDHVYH KDLKTLKKNC TLLTDFMKI NKNSQNYSLT HTEEMIKILG LLTVTLWAKE GKKSVYYDDD VSLYRKLMVS CVFNGGETIQ EKLANNIEKS CDISQYGIKS KNLKDMIDI NLSIHKWNPA EIEKLAYSFV LSCKMQKLMY KPMNVEKLPL EDYYKLPLAP DMVKTYHCYK LGKQAAKLLE S IILKKKFV RFRVTDAIDV YDFFYIKKVL SSHIKKEYNE FLQDKRAFEK KELETILNNS PFSEEQTMKL INSYECHWFT SY ENFRILW MHASSNLGTG TYLKNFFSEL WQNIRFLFKS KLKIRDMEYF SGDISQMNLL DYYSPMVHSE SHCQEKMQVL FIT LRDSKE ENRSEIAQKV KSAYYQCKLD YYKNHHSDFI HRIHPNDFLN NKVYVLKQPY YLMSNVPLNN PKKVSRLFVT EGTL EYLLL DKINIPECFG PCTKLHFNKV VIKESKQRIY DMTINNALVP EIQPYNRRKY MTIYINEAYI KNIVSDALTS EEIKR HDIQ KGNIKICMGK STYLTEPILT EEHFNLTHKP VYDFSSVKHN LKVFHMKNEH LVSEDPNDDC FINYPLATIN LDISDP YKE ISEDLIKNLY ILKSS |
-分子 #3: High molecular weight rhoptry protein 3
分子 | 名称: High molecular weight rhoptry protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 104.981406 KDa |
配列 | 文字列: MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK ...文字列: MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK DGESGEFLKY QLNKEEYKVF LSSVGSQMTA IKNLYSTVED EQRKQLLKVI IENESTNDIS VQCPTYNIKL HY TKECANS NNILKCIDEF LRKTCEKKTE SKHPSADLCE HLQFLFESLK NPYLDNFKKF MTNSDFTLIK PQSVWNVPIF DIY KPKNYL DSVQNLDTEC FKKLNSKNLI FLSFHDDIPN NPYYNVELQE IVKLSTYTYS IFDKLYNFFF VFKKSGAPIS PVSV KELSH NITDFSFKED NSEIQCQNVR KSLDLEVDVE TMKGIAAEKL CKIIEKFILT KDDASKPEKS DIHRGFRILC ILIST HVEA YNIVRQLLNM ESMISLTRYT SLYIHKFFKS VTLLKGNFLY KNNKAIRYSR ACSKASLHVP SVLYRRNIYI PETFLS LYL GLSNLVSSNP SSPFFEYAII EFLVTYYNKG SEKFVLYFIS IISVLYINEY YYEQLSCFYP KEFELIKSRM IHPNIVD RI LKGIDNLMKS TRYDKMRTMY LDFESSDIFS REKVFTALYN FDSFIKTNEQ LKKKNLEEIS EIPVQLETSN DGIGYRKQ D VLYETDKPQT MDEASYEETV DEDAHHVNEK QHSAHFLDAI AEKDILEEKT KDQDLEIELY KYMGPLKEQS KSTSAASTS DELAGSEGPS TESTSTGNQG EDKTTDNTYK EMEELEEAEG TSNLKKGLEF YKSSLKLDQL DKEKPKKKKS KRKKKRDSSS DRILLEESK TFTSENEL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-58 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1310 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 97.81 |
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得られたモデル | ![]() PDB-7kiy: |