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万見
- EMDB-22728: CryoEM structure of a trehalose monomycolate transporter in TMM l... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22728
タイトルCryoEM structure of a trehalose monomycolate transporter in TMM lipid nanodiscs (form II)
マップデータ
試料
  • 複合体: RDN family transporter
    • タンパク質・ペプチド: Drug exporters of the RND superfamily-like protein
キーワードtrehalose monomycolate transporter / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / phospholipid transport / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Su C-C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the mycobacterial membrane protein MmpL3 reveal its mechanism of lipid transport.
著者: Chih-Chia Su / Philip A Klenotic / Meng Cui / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Edward W Yu /
要旨: The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose ...The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose dimycolate (TDM) and mycolyl arabinogalactan peptidoglycan (mAGP), in Mycobacterium species, including Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium smegmatis. However, the mechanism that MmpL3 uses to facilitate the transport of fatty acids and lipidic elements to the mycobacterial cell wall remains elusive. Here, we report 7 structures of the M. smegmatis MmpL3 transporter in its unbound state and in complex with trehalose 6-decanoate (T6D) or TMM using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography. Combined with calculated results from molecular dynamics (MD) and target MD simulations, we reveal a lipid transport mechanism that involves a coupled movement of the periplasmic domain and transmembrane helices of the MmpL3 transporter that facilitates the shuttling of lipids to the mycobacterial cell wall.
履歴
登録2020年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月22日-
マップ公開2021年9月22日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k8d
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7k8d
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22728.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.04 Å/pix.
x 90 pix.
= 93.6 Å		1.04 Å/pix.
x 87 pix.
= 90.48 Å		1.04 Å/pix.
x 120 pix.
= 124.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-1.1493037 - 6.2314253
平均 (標準偏差)-0.000000000006684 (±0.13357836)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin10885106
サイズ8712090
Spacing9087120
セルA: 93.6 Å / B: 90.479996 Å / C: 124.799995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z9087120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z93.60090.480124.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ10610885
NX/NY/NZ9087120
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS85108106
NC/NR/NS1208790
D min/max/mean-1.1496.231-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RDN family transporter

全体名称: RDN family transporter
要素
  • 複合体: RDN family transporter
    • タンパク質・ペプチド: Drug exporters of the RND superfamily-like protein

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超分子 #1: RDN family transporter

超分子名称: RDN family transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: MC2 155

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分子 #1: Drug exporters of the RND superfamily-like protein

分子名称: Drug exporters of the RND superfamily-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 109.509219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFAWWGRTVY QFRYIVIGVM VALCLGGGVY GISLGNHVTQ SGFYDEGSQS VAASLIGDEV YGRDRTSHVV AILTPPDDKK VTDKAWQKK VTEELDQVVK DHEDQIVGWV GWLKAPDTTD PTVSAMKTQD LRHTFISIPL QGDDDDEILK NYQVVEPELQ Q VNGGDIRL ...文字列:
MFAWWGRTVY QFRYIVIGVM VALCLGGGVY GISLGNHVTQ SGFYDEGSQS VAASLIGDEV YGRDRTSHVV AILTPPDDKK VTDKAWQKK VTEELDQVVK DHEDQIVGWV GWLKAPDTTD PTVSAMKTQD LRHTFISIPL QGDDDDEILK NYQVVEPELQ Q VNGGDIRL AGLNPLASEL TGTIGEDQKR AEVAAIPLVA VVLFFVFGTV IAAALPAIIG GLAIAGALGI MRLVAEFTPV HF FAQPVVT LIGLGIAIDY GLFIVSRFRE EIAEGYDTEA AVRRTVMTSG RTVVFSAVII VASSVPLLLF PQGFLKSITY AII ASVMLA AILSITVLAA ALAILGPRVD ALGVTTLLKI PFLANWQFSR RIIDWFAEKT QKTKTREEVE RGFWGRLVNV VMKR PIAFA APILVVMVLL IIPLGQLSLG GISEKYLPPD NAVRQSQEQF DKLFPGFRTE PLTLVMKRED GEPITDAQIA DMRAK ALTV SGFTDPDNDP EKMWKERPAN DSGSKDPSVR VIQNGLENRN DAAKKIDELR ALQPPHGIEV FVGGTPALEQ DSIHSL FDK LPLMALILIV TTTVLMFLAF GSVVLPIKAA LMSALTLGST MGILTWMFVD GHGSGLMNYT PQPLMAPMIG LIIAVIW GL STDYEVFLVS RMVEARERGM STAEAIRIGT ATTGRLITGA ALILAVVAGA FVFSDLVMMK YLAFGLLIAL LLDATIIR M FLVPAVMKLL GDDCWWAPRW MKRVQEKLGL GETELPDERK RPTVRESETD QRALVGVGAP PPPPRPHDPT HPAPEPVRP MPPMRSNAPS AAGTARISTP PQPPQPPQAP AQQAGDEPAT TRFAMARNAV RNAVNSAVHG GAGSAAAPTE RAPRPGGPAQ PPAPPQREE REIESWLGAL RGPAPAKNVP QPPAQPQRPS TDTTRAMPPQ GRPPAGPADR GNENAPTTAF SAQRPPNGGA P ADATTAIP TPPQREQEPS TEKLNTREDA PEDPETKRRG GGMSAQDLLR REGRL

UniProtKB: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
0.02 MTris
0.1 MNaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42286
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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