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- EMDB-22458: Structure of the Visual Signaling Complex between Transducin and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22458
タイトルStructure of the Visual Signaling Complex between Transducin and Phosphodiesterase 6
マップデータVisual Signaling Complex between Transducin and Phosphodiesterase 6
試料
  • 複合体: Complex of Transducin and Phosphodiesterase 6
    • 複合体: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha (E.C.3.1.4.35), Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta (E.C.3.1.4.35), Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma (E.C.3.1.4.35)
      • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera,Gt-alpha/Gi1-alpha chimera
      • タンパク質・ペプチド: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 2-{2-ETHOXY-5-[(4-ETHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-5-METHYL-7-PROPYLIMIDAZO[5,1-F][1,2,4]TRIAZIN-4(1H)-ONE
  • リガンド: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードG protein / G protein-effector complex / Transducin / phosphodiesterase 6 / phototransduction / GPCR signaling / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of light stimulus involved in visual perception / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway ...detection of light stimulus involved in visual perception / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / entrainment of circadian clock by photoperiod / phototransduction / cGMP binding / response to light stimulus / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / acyl binding / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / photoreceptor inner segment / visual perception / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / retina development in camera-type eye / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha / Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gao Y / Eskici G
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122575 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA201402 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS092695 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structure of the Visual Signaling Complex between Transducin and Phosphodiesterase 6.
著者: Yang Gao / Gözde Eskici / Sekar Ramachandran / Frédéric Poitevin / Alpay Burak Seven / Ouliana Panova / Georgios Skiniotis / Richard A Cerione /
要旨: Heterotrimeric G proteins communicate signals from activated G protein-coupled receptors to downstream effector proteins. In the phototransduction pathway responsible for vertebrate vision, the G ...Heterotrimeric G proteins communicate signals from activated G protein-coupled receptors to downstream effector proteins. In the phototransduction pathway responsible for vertebrate vision, the G protein-effector complex is composed of the GTP-bound transducin α subunit (Gα·GTP) and the cyclic GMP (cGMP) phosphodiesterase 6 (PDE6), which stimulates cGMP hydrolysis, leading to hyperpolarization of the photoreceptor cell. Here we report a cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of PDE6 complexed to GTP-bound Gα. The structure reveals two Gα·GTP subunits engaging the PDE6 hetero-tetramer at both the PDE6 catalytic core and the PDEγ subunits, driving extensive rearrangements to relieve all inhibitory constraints on enzyme catalysis. Analysis of the conformational ensemble in the cryoEM data highlights the dynamic nature of the contacts between the two Gα·GTP subunits and PDE6 that supports an alternating-site catalytic mechanism.
履歴
登録2020年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月21日-
マップ公開2020年10月21日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jsn
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22458.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Visual Signaling Complex between Transducin and Phosphodiesterase 6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.002930495 - 0.059562024
平均 (標準偏差)0.000012298156 (±0.0018455955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.000272.000272.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0030.0600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Transducin and Phosphodiesterase 6

全体名称: Complex of Transducin and Phosphodiesterase 6
要素
  • 複合体: Complex of Transducin and Phosphodiesterase 6
    • 複合体: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha (E.C.3.1.4.35), Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta (E.C.3.1.4.35), Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma (E.C.3.1.4.35)
      • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera,Gt-alpha/Gi1-alpha chimera
      • タンパク質・ペプチド: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 2-{2-ETHOXY-5-[(4-ETHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-5-METHYL-7-PROPYLIMIDAZO[5,1-F][1,2,4]TRIAZIN-4(1H)-ONE
  • リガンド: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Complex of Transducin and Phosphodiesterase 6

超分子名称: Complex of Transducin and Phosphodiesterase 6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 300 KDa

+
超分子 #2: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha (E...

超分子名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha (E.C.3.1.4.35), Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta (E.C.3.1.4.35), Retinal rod rhodopsin-sensitive ...名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha (E.C.3.1.4.35), Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta (E.C.3.1.4.35), Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma (E.C.3.1.4.35)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine ...

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera,Gt-alpha/Gi1-alpha chimera
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha

分子名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 99.461789 KDa
配列文字列: MGEVTAEEVE KFLDSNVSFA KQYYNLRYRA KVISDLLGPR EAAVDFSNYH ALNSVEESEI IFDLLRDFQD NLQAEKCVFN VMKKLCFLL QADRMSLFMY RARNGIAELA TRLFNVHKDA VLEECLVAPD SEIVFPLDMG VVGHVALSKK IVNVPNTEED E HFCDFVDT ...文字列:
MGEVTAEEVE KFLDSNVSFA KQYYNLRYRA KVISDLLGPR EAAVDFSNYH ALNSVEESEI IFDLLRDFQD NLQAEKCVFN VMKKLCFLL QADRMSLFMY RARNGIAELA TRLFNVHKDA VLEECLVAPD SEIVFPLDMG VVGHVALSKK IVNVPNTEED E HFCDFVDT LTEYQTKNIL ASPIMNGKDV VAIIMVVNKV DGPHFTENDE EILLKYLNFA NLIMKVFHLS YLHNCETRRG QI LLWSGSK VFEELTDIER QFHKALYTVR AFLNCDRYSV GLLDMTKQKE FFDVWPVLMG EAPPYAGPRT PDGREINFYK VID YILHGK EDIKVIPNPP PDHWALVSGL PTYVAQNGLI CNIMNAPSED FFAFQKEPLD ESGWMIKNVL SMPIVNKKEE IVGV ATFYN RKDGKPFDEM DETLMESLTQ FLGWSVLNPD TYELMNKLEN RKDIFQDMVK YHVKCDNEEI QTILKTREVY GKEPW ECEE EELAEILQGE LPDADKYEIN KFHFSDLPLT ELELVKCGIQ MYYELKVVDK FHIPQEALVR FMYSLSKGYR RITYHN WRH GFNVGQTMFS LLVTGKLKRY FTDLEALAMV TAAFCHDIDH RGTNNLYQMK SQNPLAKLHG SSILERHHLE FGKTLLR DE SLNIFQNLNR RQHEHAIHMM DIAIIATDLA LYFKKRTMFQ KIVDQSKTYE TQQEWTQYMM LDQTRKEIVM AMMMTACD L SAITKPWEVQ SKVALLVAAE FWEQGDLERT VLQQNPIPMM DRNKADELPK LQVGFIDFVC TFVYKEFSRF HEEITPMLD GITNNRKEWK ALADEYETKM KGLEEEKQKQ QAANQAAAGS QHGGKQPGGG PASKSCCVQ

UniProtKB: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha

+
分子 #2: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta

分子名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 98.449648 KDa
配列文字列: MSLSEGQVHR FLDQNPGFAD QYFGRKLSPE DVANACEDGC PEGCTSFREL CQVEESAALF ELVQDMQENV NMERVVFKIL RRLCSILHA DRCSLFMYRQ RNGVAELATR LFSVQPDSVL EDCLVPPDSE IVFPLDIGVV GHVAQTKKMV NVQDVMECPH F SSFADELT ...文字列:
MSLSEGQVHR FLDQNPGFAD QYFGRKLSPE DVANACEDGC PEGCTSFREL CQVEESAALF ELVQDMQENV NMERVVFKIL RRLCSILHA DRCSLFMYRQ RNGVAELATR LFSVQPDSVL EDCLVPPDSE IVFPLDIGVV GHVAQTKKMV NVQDVMECPH F SSFADELT DYVTRNILAT PIMNGKDVVA VIMAVNKLDG PCFTSEDEDV FLKYLNFGTL NLKIYHLSYL HNCETRRGQV LL WSANKVF EELTDIERQF HKAFYTVRAY LNCDRYSVGL LDMTKEKEFF DVWPVLMGEA QAYSGPRTPD GREILFYKVI DYI LHGKED IKVIPSPPAD HWALASGLPT YVAESGFICN IMNAPADEMF NFQEGPLDDS GWIVKNVLSM PIVNKKEEIV GVAT FYNRK DGKPFDEQDE VLMESLTQFL GWSVLNTDTY DKMNKLENRK DIAQDMVLYH VRCDREEIQL ILPTRERLGK EPADC EEDE LGKILKEVLP GPAKFDIYEF HFSDLECTEL ELVKCGIQMY YELGVVRKFQ IPQEVLVRFL FSVSKGYRRI TYHNWR HGF NVAQTMFTLL MTGKLKSYYT DLEAFAMVTA GLCHDIDHRG TNNLYQMKSQ NPLAKLHGSS ILERHHLEFG KFLLSEE TL NIYQNLNRRQ HEHVIHLMDI AIIATDLALY FKKRTMFQKI VDESKNYEDR KSWVEYLSLE TTRKEIVMAM MMTACDLS A ITKPWEVQSK VALLVAAEFW EQGDLERTVL DQQPIPMMDR NKAAELPKLQ VGFIDFVCTF VYKEFSRFHE EILPMFDRL QNNRKEWKAL ADEYEAKVKA LEEDQKKETT AKKVGTEICN GGPAPRSSTC RIL

UniProtKB: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine ...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 42.218035 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAHHHHHHAM GAGASAEEKH SRELEKKLKE DAEKDARTVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHQDGYSLEE CLEFIAIIYG NTLQSILAI VRAMTTLNIQ YGDSARQDDA RKLMHMADTI EEGTMPKEMS DIIQRLWKDS GIQACFDRAS EYQLNDSAGY Y LSDLERLV ...文字列:
MAHHHHHHAM GAGASAEEKH SRELEKKLKE DAEKDARTVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHQDGYSLEE CLEFIAIIYG NTLQSILAI VRAMTTLNIQ YGDSARQDDA RKLMHMADTI EEGTMPKEMS DIIQRLWKDS GIQACFDRAS EYQLNDSAGY Y LSDLERLV TPGYVPTEQD VLRSCVKTTG IIETQFSFKD LNFRMFDVGG LRSERKKWIH CFEGVTAIIF CVALSDYDMV LV EDDEVNR MHESMHLFNS ICNNKWFTDT SIILFLNKKD LFEEKIKKSP LSICFPDYAG SNTYEEAGNY IKVQFLELNM RRD VKEIYS HMTCATDTQN VKFVFDAVTD IIIKENLKDC GLFAAATETS QVAPA

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1

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分子 #4: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiestera...

分子名称: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.684229 KDa
配列文字列:
MNLEPPKAEI RSATRVMGGP VTPRKGPPKF KQRQTRQFKS KPPKKGVQGF GDDIPGMEGL GTDITVICPW EAFNHLELHE LAQYGII

UniProtKB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma

+
分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #7: 2-{2-ETHOXY-5-[(4-ETHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-5-METHYL-7...

分子名称: 2-{2-ETHOXY-5-[(4-ETHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-5-METHYL-7-PROPYLIMIDAZO[5,1-F][1,2,4]TRIAZIN-4(1H)-ONE
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: VDN
分子量理論値: 488.603 Da
Chemical component information

ChemComp-VDN:
2-{2-ETHOXY-5-[(4-ETHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-5-METHYL-7-PROPYLIMIDAZO[5,1-F][1,2,4]TRIAZIN-4(1H)-ONE / バルデナフィル / 薬剤, 阻害剤*YM

+
分子 #8: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: 35G
分子量理論値: 345.205 Da
Chemical component information

ChemComp-35G:
GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / cGMP

+
分子 #9: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 5 mM MgCl2 and 1 uM vardenafil
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細0.05% octyl glucoside was used as an additive.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 143125
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-7jsn:
Structure of the Visual Signaling Complex between Transducin and Phosphodiesterase 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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