[日本語] English
万見
- PDB-7jsn: Structure of the Visual Signaling Complex between Transducin and ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jsn
タイトルStructure of the Visual Signaling Complex between Transducin and Phosphodiesterase 6
要素
  • (Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit ...) x 2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
  • Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein / G protein-effector complex / Transducin / phosphodiesterase 6 / phototransduction / GPCR signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / detection of light stimulus involved in visual perception / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane ...negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / detection of light stimulus involved in visual perception / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / acyl binding / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to light stimulus / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / phototransduction, visible light / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / phototransduction / cAMP-mediated signaling / photoreceptor inner segment / visual perception / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / photoreceptor disc membrane / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / retina development in camera-type eye / molecular adaptor activity / positive regulation of MAPK cascade / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / GAF domain / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily ...Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / GAF domain / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-VDN / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha / Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gao, Y. / Eskici, G. / Ramachandran, S. / Skiniotis, G. / Cerione, R.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122575 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA201402 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS092695 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structure of the Visual Signaling Complex between Transducin and Phosphodiesterase 6.
著者: Yang Gao / Gözde Eskici / Sekar Ramachandran / Frédéric Poitevin / Alpay Burak Seven / Ouliana Panova / Georgios Skiniotis / Richard A Cerione /
要旨: Heterotrimeric G proteins communicate signals from activated G protein-coupled receptors to downstream effector proteins. In the phototransduction pathway responsible for vertebrate vision, the G ...Heterotrimeric G proteins communicate signals from activated G protein-coupled receptors to downstream effector proteins. In the phototransduction pathway responsible for vertebrate vision, the G protein-effector complex is composed of the GTP-bound transducin α subunit (Gα·GTP) and the cyclic GMP (cGMP) phosphodiesterase 6 (PDE6), which stimulates cGMP hydrolysis, leading to hyperpolarization of the photoreceptor cell. Here we report a cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of PDE6 complexed to GTP-bound Gα. The structure reveals two Gα·GTP subunits engaging the PDE6 hetero-tetramer at both the PDE6 catalytic core and the PDEγ subunits, driving extensive rearrangements to relieve all inhibitory constraints on enzyme catalysis. Analysis of the conformational ensemble in the cryoEM data highlights the dynamic nature of the contacts between the two Gα·GTP subunits and PDE6 that supports an alternating-site catalytic mechanism.
履歴
登録2020年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02021年3月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_nat.entity_id / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id
解説: Model orientation/position / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22458
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
B: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
E: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
F: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
C: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
D: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,60916
ポリマ－301,7166
非ポリマー2,89310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area29960 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area119960 Å2

-
要素

-
Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha / GMP-PDE alpha / PDE V-B1


分子量: 99461.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P11541, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: タンパク質 Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta / GMP-PDE beta


分子量: 98449.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23439, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 EFCD

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera / Transducin alpha-1 chain


分子量: 42218.035 Da / 分子数: 2 / Mutation: R174C,Q200L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNAT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04695, UniProt: P04972*PLUS
#4: タンパク質 Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / GMP-PDE gamma


分子量: 9684.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P04972, UniProt: P04695*PLUS, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-VDN / 2-{2-ETHOXY-5-[(4-ETHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-5-METHYL-7-PROPYLIMIDAZO[5,1-F][1,2,4]TRIAZIN-4(1H)-ONE / VARDENAFIL, LEVITRA / バルデナフィル


分子量: 488.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H32N6O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-35G / GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#9: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of Transducin and Phosphodiesterase 6COMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha (E.C.3.1.4.35), Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta (E.C.3.1.4.35), Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma (E.C.3.1.4.35)COMPLEX#1-#31NATURAL
3Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera,Gt-alpha/Gi1-alpha chimeraCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bos taurus (ウシ)9913
23Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 5 mM MgCl2 and 1 uM vardenafil
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 0.05% octyl glucoside was used as an additive.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143125 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00419865
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55726886
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.5297380
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432948
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043439

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る