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- EMDB-22380: Structure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22380
タイトルStructure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ
マップデータStructure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ
試料
  • 複合体: Roq1
    • 複合体: XopQ
      • タンパク質・ペプチド: XopQ
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance protein Roq1
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードResistosome / Plant Immunity / Effector / LRR / TIR / NB-ARC / PL. / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nucleobase-containing compound metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / ADP binding / defense response / signal transduction
類似検索 - 分子機能
C-JID domain / C-JID domain / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain ...C-JID domain / C-JID domain / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Disease resistance protein Roq1 / XopQ
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科) / Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Martin R / Qi T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of the activated ROQ1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ.
著者: Raoul Martin / Tiancong Qi / Haibo Zhang / Furong Liu / Miles King / Claire Toth / Eva Nogales / Brian J Staskawicz /
要旨: Plants and animals detect pathogen infection using intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) that directly or indirectly recognize pathogen effectors and activate an ...Plants and animals detect pathogen infection using intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) that directly or indirectly recognize pathogen effectors and activate an immune response. How effector sensing triggers NLR activation remains poorly understood. Here we describe the 3.8-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of the activated ROQ1 (recognition of XopQ 1), an NLR native to with a Toll-like interleukin-1 receptor (TIR) domain bound to the effector XopQ ( outer protein Q). ROQ1 directly binds to both the predicted active site and surface residues of XopQ while forming a tetrameric resistosome that brings together the TIR domains for downstream immune signaling. Our results suggest a mechanism for the direct recognition of effectors by NLRs leading to the oligomerization-dependent activation of a plant resistosome and signaling by the TIR domain.
履歴
登録2020年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jlu
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22380.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22380.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 480 pix.
= 450.528 Å		0.94 Å/pix.
x 480 pix.
= 450.528 Å		0.94 Å/pix.
x 480 pix.
= 450.528 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9386 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.032898646 - 0.060521226
平均 (標準偏差)-0.0000075738817 (±0.0014755565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 450.528 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.93860.93860.9386
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.528450.528450.528
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0330.061-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Roq1

全体名称: Roq1
要素
  • 複合体: Roq1
    • 複合体: XopQ
      • タンパク質・ペプチド: XopQ
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance protein Roq1
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Roq1

超分子名称: Roq1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量理論値: 49.819 KDa

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超分子 #2: XopQ

超分子名称: XopQ / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア)

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分子 #1: Disease resistance protein Roq1

分子名称: Disease resistance protein Roq1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量理論値: 153.367109 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MLTSSSHHGR SYDVFLSFRG EDTRKTFVGH LFNALIEKGI HTFMDDKELK RGKSISSELM KAIGESRFAV VVFSKNYASS TWCLEELVK ILEIHEKFEL IVVPVFYDVD PSTVRKQNGE YAVCFTKFEA NLVDDRDKVL RWREALTKVA NISGHDLRNT Y NGDESKCI ...文字列:
MLTSSSHHGR SYDVFLSFRG EDTRKTFVGH LFNALIEKGI HTFMDDKELK RGKSISSELM KAIGESRFAV VVFSKNYASS TWCLEELVK ILEIHEKFEL IVVPVFYDVD PSTVRKQNGE YAVCFTKFEA NLVDDRDKVL RWREALTKVA NISGHDLRNT Y NGDESKCI QQILKDIFDK FCFSISITNR DLVGIESQIK KLSSLLRMDL KGVRLVGIWG MGGVGKTTAA RALFNRYYQN FE SACFLED VKEYLQHHTL LYLQKTLLSK LLKVEFVDCT DTEEMCVILK RRLCSKKVLV VLDDVNHNDQ LDKLVGAEDW FGS GSRIVI TTRDMKLLKN HDVHETYEIK VLEKDEAIEL FNLHAFKRSS PEKEFKELLN LVVDYTGGLP LALKVLGSLL YKED LDVWI STIDRLKDNP EGEIMATLKI SFDGLRDYEK SIFLDIACFF RGYNQRDMTA LFHASGFHPV LGVKTLVEKS LIFIL EDKI QMHDLMQEMG RQIAVQESPM RRIYRPEDVK DACIGDMRKE AIEGLLLTEP EQFEEGELEY MYSAEALKKT RRLRIL VKE YYNRGFDEPV AYLPNSLLWL EWRNYSSNSF PSNFEPSKLV YLTMKGSSII ELWNGAKRLA FLTTLDLSYC HKLIQTP DF RMITNLERLI LSSCDALVEV HPSVGFLKNL ILLNMDHCIS LERLPAIIQS ECLEVLDLNY CFNLKMFPEV ERNMTHLK K LDLTSTGIRE LPASIEHLSS LENLQMHSCN QLVSLPSSIW RFRNLKISEC EKLGSLPEIH GNSNCTRELI LKLVSIKEL PTSIGNLTSL NFLEICNCKT ISSLSSSIWG LTSLTTLKLL DCRKLKNLPG IPNAINHLSG HGLQLLLTLE QPTIYERLDL LRIIDMSWC SCISSLPHNI WMLKFLRILC ISYCSRLEYL PENLGHLEHL EELLADGTGI LRLPSSVARL NKLEVLSFRK K FAIGPKVQ YSSSMLNLPD DVFGSLGSLG SVVKLNLSGN GFCNLPETMN QLFCLEYLDI TFCQRLEALP ELPPSIKELY VD EHLALRI MEDLVIKCKE LNLIAVTKIE YQNFYRWLDS IWSDVSELLE NSQKQQLDDM LQLIPFSYLS TAKREEVLKI VIH GTRIPE WFRWQDRSAT TMSVNLPEYW YTENFLGFAI CCSCCFYHSA RSYDVEFEGS MHHYNYDSSY WKEYEEPSYD FYER DSIEI TAKLTPRHKG MRTEELKKVC SFSMNVLRRA TAVPNMCFAF FPFNSLCHIS NLQANNPNDY GIFETCLSPG DIRHR GKQW GFNLVYKDET GGSVTHEMLI NRDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDK

UniProtKB: Disease resistance protein Roq1

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分子 #2: XopQ

分子名称: XopQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア)
分子量理論値: 51.341492 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MASWSHPQFE KGAMQPTAIR STVGLPGADM TADLRDPAPV AVPAHSAADA AAPPPGALQT IVGRPPRPDG PRHRRAQSLP ARLTPAQRG MLAELGVADT SVLTPTETAV LRELRLHRPP LPLDTLLFTD PNKDPDDVVT YTIAKQLQAE GFLRLTDVVV T LGDADMRS ...文字列:
MASWSHPQFE KGAMQPTAIR STVGLPGADM TADLRDPAPV AVPAHSAADA AAPPPGALQT IVGRPPRPDG PRHRRAQSLP ARLTPAQRG MLAELGVADT SVLTPTETAV LRELRLHRPP LPLDTLLFTD PNKDPDDVVT YTIAKQLQAE GFLRLTDVVV T LGDADMRS QRAQLAKGVF DRLALPEVRV ARGQDYPMTS TQAREHSKFL AEGAALRAAP DAVHTDGVRA MRERLATSPH KL GMVVIAG MTDASALLAE AGDLVREKLA SITIMGGIDP ARDADGLVQP DTRAYNNATD IHAARALYRR AQQLGIPLRI LSK EAAYRA AVPPAFYEGI ARNGHPVGEY LRDVQKNALK GLWEGIQANL IPGLDTAWFF RTFVAAQPQD PAAADQQGAM SFDA IWPQV TKLNLYDPLT LLAALPGAAR LLFQPTPMHR EGASPVEHVG HAEVVRPEKA RLLLSALAKA ALAQQDEGQR GR

UniProtKB: XopQ

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHEPES
1.0 mMEDTA
5.0 mMMgCl2
150.0 mMNaCl
10.0 mMKCl
3.0 %trehalose

詳細: Kept at 4 degrees Celsius.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 90 min incubation. 10 sec blot. Blot Force 10..
詳細Sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11134 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images were collected as dose-fractionated movie frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80879 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1254987
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Reference model generated from an ab initio reconstruction.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 15263
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 16613 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7jlu:
Structure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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