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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22370 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MDA5-dsRNA filament in complex with TRIM65 PSpry domain (Trimer) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA helicase / Ubiquitin E3 ligase / innate immunity / dsRNA / TRIM family / ATPase / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein oligomerization / MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of viral genome replication ...positive regulation of protein oligomerization / MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / protein K48-linked ubiquitination / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of autophagy / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of inflammatory response / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / RING-type E3 ubiquitin transferase / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / protein complex oligomerization / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kato K / Ahmad S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural analysis of RIG-I-like receptors reveals ancient rules of engagement between diverse RNA helicases and TRIM ubiquitin ligases. 著者: Kazuki Kato / Sadeem Ahmad / Zixiang Zhu / Janet M Young / Xin Mu / Sehoon Park / Harmit S Malik / Sun Hur / 要旨: RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved ...RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved rules of engagement between RNA helicases and tripartite motif (TRIM) E3 ligases that lead to their functional coordination in vertebrate innate immunity. Using cryoelectron microscopy and biochemistry, we show that RIG-I-like receptors (RLRs), viral RNA receptors with helicase domains, interact with their cognate TRIM/TRIM-like E3 ligases through similar epitopes in the helicase domains. Their interactions are avidity driven, restricting the actions of TRIM/TRIM-like proteins and consequent immune activation to RLR multimers. Mass spectrometry and phylogeny-guided biochemical analyses further reveal that similar rules of engagement may apply to diverse RNA helicases and TRIM/TRIM-like proteins. Our analyses suggest not only conserved substrates for TRIM proteins but also, unexpectedly, deep evolutionary connections between TRIM proteins and RNA helicases, linking ubiquitin and RNA biology throughout animal evolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22370.map.gz | 8.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22370-v30.xml emd-22370.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22370.png | 37 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22370.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22370 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22370 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22370_validation.pdf.gz | 407.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22370_full_validation.pdf.gz | 407.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22370_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22370_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22370 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22370 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03594 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65
全体 | 名称: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65
超分子 | 名称: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: RNA (44-MER)
分子 | 名称: RNA (44-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.208519 KDa |
配列 | 文字列: GACUGACUGA CUGAAGACUG ACUGACUGAA GACUGACUGA CUGA |
-分子 #2: RNA (44-MER)
分子 | 名称: RNA (44-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.973247 KDa |
配列 | 文字列: UCAGUCAGUC AGUCUUCAGU CAGUCAGUCU UCAGUCAGUC AGUC |
-分子 #3: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
分子 | 名称: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 84.901695 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSDSDEENV AARASPEPEL QLRPYQMEVA QPALEGKNII ICLPTGSGKT RVAVYIAKDH LDKKKKASEP GKVIVLVNKV LLVEQLFRK EFQPFLKKWY RVIGLSGDTQ LKISFPEVVK SCDIIISTAQ ILENSLLNLE NGEDAGVQLS DFSLIIIDEC H HTNKEAVY ...文字列: MGSDSDEENV AARASPEPEL QLRPYQMEVA QPALEGKNII ICLPTGSGKT RVAVYIAKDH LDKKKKASEP GKVIVLVNKV LLVEQLFRK EFQPFLKKWY RVIGLSGDTQ LKISFPEVVK SCDIIISTAQ ILENSLLNLE NGEDAGVQLS DFSLIIIDEC H HTNKEAVY NNIMRHYLMQ KLKNNRLKKE NKPVIPLPQI LGLTASPGVG GATKQAKAEE HILKLCANLD AFTIKTVKEN LD QLKNQIQ EPCKKFAIAD ATREDPFKEK LLEIMTRIQT YCQMSPMSDF GTQPYEQWAI QMEKKAAKEG NRKERVCAEH LRK YNEALQ INDTIRMIDA YTHLETFYNE EKDKKFAVIE DDSDEGGDDE YCDGDEDEDD LKKPLKLDET DRFLMTLFFE NNKM LKRLA ENPEYENEKL TKLRNTIMEQ YTRTEESARG IIFTKTRQSA YALSQWITEN EKFAEVGVKA HHLIGAGHSS EFKPM TQNE QKEVISKFRT GKINLLIATT VAEEGLDIKE CNIVIRYGLV TNEIAMVQAR GRARADESTY VLVAHSGSGV IERETV NDF REKMMYKAIH CVQNMKPEEY AHKILELQMQ SIMEKKMKTK RNIAKHYKNN PSLITFLCKN CSVLACSGED IHVIEKM HH VNMTPEFKEL YIVREKKTLQ KKCADYQING EIICKCGQAW GTMMVHKGLD LPCLKIRNFV VVFKNNSTKK QYKKWVEL P ITFPNLDYSE CCLFSDED UniProtKB: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1 |
-分子 #4: Tripartite motif-containing protein 65
分子 | 名称: Tripartite motif-containing protein 65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.643365 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: LAPVPSTVCP LRRKLWQNYR NLTFDPVSAN RHFYLSRQDQ QVKHLRQSRG PGGPGSFELW QVQCAQSFQA GHHYWEVRAS DHSVTLGVS YPQLPRSRLG PHTDNIGRGP SSWGLCVQED SLQAWHNGEA QRLPGVSGRL LGMDLDLASG CLTFYSLEPQ T QPLYTFHA ...文字列: LAPVPSTVCP LRRKLWQNYR NLTFDPVSAN RHFYLSRQDQ QVKHLRQSRG PGGPGSFELW QVQCAQSFQA GHHYWEVRAS DHSVTLGVS YPQLPRSRLG PHTDNIGRGP SSWGLCVQED SLQAWHNGEA QRLPGVSGRL LGMDLDLASG CLTFYSLEPQ T QPLYTFHA LFNQPLTPVF WLLEGRTLTL CHQ UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM65 |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #7: TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子 | 名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ALF |
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分子量 | 理論値: 102.975 Da |
Chemical component information | ChemComp-ALF: |
-分子 #8: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 72.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 46.8426 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 86.9406 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15306 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |