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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22295 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP.664 | |||||||||
![]() | Sharpened Map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Recapitulation of HIV-1 Env-antibody coevolution in macaques leading to neutralization breadth. 著者: Ryan S Roark / Hui Li / Wilton B Williams / Hema Chug / Rosemarie D Mason / Jason Gorman / Shuyi Wang / Fang-Hua Lee / Juliette Rando / Mattia Bonsignori / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders / ...著者: Ryan S Roark / Hui Li / Wilton B Williams / Hema Chug / Rosemarie D Mason / Jason Gorman / Shuyi Wang / Fang-Hua Lee / Juliette Rando / Mattia Bonsignori / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / M Anthony Moody / Peter T Hraber / Kshitij Wagh / Elena E Giorgi / Ronnie M Russell / Frederic Bibollet-Ruche / Weimin Liu / Jesse Connell / Andrew G Smith / Julia DeVoto / Alexander I Murphy / Jessica Smith / Wenge Ding / Chengyan Zhao / Neha Chohan / Maho Okumura / Christina Rosario / Yu Ding / Emily Lindemuth / Anya M Bauer / Katharine J Bar / David Ambrozak / Cara W Chao / Gwo-Yu Chuang / Hui Geng / Bob C Lin / Mark K Louder / Richard Nguyen / Baoshan Zhang / Mark G Lewis / Donald D Raymond / Nicole A Doria-Rose / Chaim A Schramm / Daniel C Douek / Mario Roederer / Thomas B Kepler / Garnett Kelsoe / John R Mascola / Peter D Kwong / Bette T Korber / Stephen C Harrison / Barton F Haynes / Beatrice H Hahn / George M Shaw / ![]() 要旨: Neutralizing antibodies elicited by HIV-1 coevolve with viral envelope proteins (Env) in distinctive patterns, in some cases acquiring substantial breadth. We report that primary HIV-1 envelope ...Neutralizing antibodies elicited by HIV-1 coevolve with viral envelope proteins (Env) in distinctive patterns, in some cases acquiring substantial breadth. We report that primary HIV-1 envelope proteins-when expressed by simian-human immunodeficiency viruses in rhesus macaques-elicited patterns of Env-antibody coevolution very similar to those in humans, including conserved immunogenetic, structural, and chemical solutions to epitope recognition and precise Env-amino acid substitutions, insertions, and deletions leading to virus persistence. The structure of one rhesus antibody, capable of neutralizing 49% of a 208-strain panel, revealed a V2 apex mode of recognition like that of human broadly neutralizing antibodies (bNAbs) PGT145 and PCT64-35S. Another rhesus antibody bound the CD4 binding site by CD4 mimicry, mirroring human bNAbs 8ANC131, CH235, and VRC01. Virus-antibody coevolution in macaques can thus recapitulate developmental features of human bNAbs, thereby guiding HIV-1 immunogen design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 85.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.2 KB 28.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 131.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 24.5 MB 8.5 MB 84.5 MB 84.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened Map
ファイル | emd_22295_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Density modified map
ファイル | emd_22295_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Density modified map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_22295_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_22295_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP.664 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 53.300348 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG R |
-分子 #2: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
分子 | 名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: VRC01.23 Heavy Chain
分子 | 名称: VRC01.23 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.70429 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLRESGPG LVKPSETLVL TCAVSGGGDS FGFHYWNWIR QPPGKGLEWI GHIGGSSGST DFNPSLKSRV TISMDSSRNQ FSLRLKSVT AADTAVYFCA RKGEDFYEDD (TYS)GQYFTAGWF FDLWGPGTPI IISS |
-分子 #4: VRC01.23 Light Chain
分子 | 名称: VRC01.23 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.312331 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QFVLTQPPSV SGAPGQTVTI SCTGRSSNFG GHYVQWYQQL PGTAPRLVIF ENDRRPSGVS DRFSGSQSGA SASLTITGLQ SEDEADYYC QCYDSSVLFG RGTRLT |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 40 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1945 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 71.06 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 使用した粒子像数: 21480 |