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- EMDB-22284: Head-Middle module of Mediator -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22284
タイトルHead-Middle module of Mediator
マップデータHead-Middle module of Mediator
試料
  • 複合体: Head-Middle module of Mediator
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
キーワードTranscription
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic gene conversion / meiotic sister chromatid segregation / core mediator complex / mediator complex / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
: / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 / Mediator complex, subunit Med4 / Vitamin-D-receptor interacting Mediator subunit 4 / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex ...: / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 / Mediator complex, subunit Med4 / Vitamin-D-receptor interacting Mediator subunit 4 / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / MED7 protein / Mediator complex, subunit Med14 / Mediator complex subunit MED14 / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Uncharacterized protein / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 ...Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Uncharacterized protein / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhang HQ / Chen DC
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Mediator structure and conformation change.
著者: Heqiao Zhang / Dong-Hua Chen / Rayees U H Mattoo / David A Bushnell / Yannan Wang / Chao Yuan / Lin Wang / Chunnian Wang / Ralph E Davis / Yan Nie / Roger D Kornberg /
要旨: Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription ...Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription machinery. Previous structural studies revealed a relatively small part of Mediator and none of the gene activator-binding regions. We have determined the cryo-EM structure of the Mediator at near-atomic resolution. The structure reveals almost all amino acid residues in ordered regions, including the major targets of activator proteins, the Tail module, and the Med1 subunit of the Middle module. Comparison of Mediator structures with and without pol II reveals conformational changes that propagate across the entire Mediator, from Head to Tail, coupling activator- and pol II-interacting regions.
履歴
登録2020年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22284.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Head-Middle module of Mediator
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.17 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.40937865 - 1.271582
平均 (標準偏差)-0.00021797215 (±0.031755727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 526.07996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0961.0961.096
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z526.080526.080526.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.4091.272-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Head-Middle module of Mediator

全体名称: Head-Middle module of Mediator
要素
  • 複合体: Head-Middle module of Mediator
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
    • タンパク質・ペプチド: Med22
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide
    • タンパク質・ペプチド: HEAT

+
超分子 #1: Head-Middle module of Mediator

超分子名称: Head-Middle module of Mediator / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

+
分子 #1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 15.718674 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列:
DRLTQLQEAM DELLEMFLSA FFWVERHHDL KTFGPNDKIP DLKADQPKEV DTKSPEEYKA GQLQLARDII VKEQQIEYLI STLPGLDNS EREQIQLLRE LEDDLVTAEA QRQEALKERD EVLGKLDALL RGLERP

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21

+
分子 #2: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 37.924664 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MDKELDGRFE RLEKALATMI DSLSKNNPST KLAQDLVAAE AELLEGLKLL EAHQNNHARI QQLRQSTEQA DAQIKDIISS LWKMRQELT SVQTSPIPKG AKFQFTTGEL LDFARRISRN TLPPPGVTNG VNMTPAAARH SQQPSSVEPE DSFRVTSQSQ T QTPNTSFN ...文字列:
MDKELDGRFE RLEKALATMI DSLSKNNPST KLAQDLVAAE AELLEGLKLL EAHQNNHARI QQLRQSTEQA DAQIKDIISS LWKMRQELT SVQTSPIPKG AKFQFTTGEL LDFARRISRN TLPPPGVTNG VNMTPAAARH SQQPSSVEPE DSFRVTSQSQ T QTPNTSFN VSFNGTLVDT PGPFNNNSTP IPNAGPANSQ NPHTELPEHL KLATNPLHGA SFFPWPSVEQ VRSGALGAYQ LL VDKGIDP RGYDPEFEEQ RRKDAEREAE ERAKQEREEA ERRAREEAER IARQRELERQ RARESMAAAA EEGRRDSVVG GPA AGKPKQ FTFLGGDDDD DDDDD

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4

+
分子 #3: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 36.470812 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MADPSSSTSA MPLDEIQWHT NPAVVGGSIH DNSVLFYFRE SPFYDKTSNN EVLYQQGLHN QTMMQFLETR ERFERRLREM SGLEFVVAQ EPAETAPGTG TGVWVINKQT RRKRQGEEDE ISVHGTYFLV GENVYMAAPT LADIISMRLA SASSSISRLL P IAASVQSW ...文字列:
MADPSSSTSA MPLDEIQWHT NPAVVGGSIH DNSVLFYFRE SPFYDKTSNN EVLYQQGLHN QTMMQFLETR ERFERRLREM SGLEFVVAQ EPAETAPGTG TGVWVINKQT RRKRQGEEDE ISVHGTYFLV GENVYMAAPT LADIISMRLA SASSSISRLL P IAASVQSW SPGTGRVYKT PSMTSQTNQA NQPSSQTQSQ PTSQPATTTT TTALPPPDPR WLEETLMIHE FFGDHHLDKN PI TGKPGDF HLSSTGRKIQ TLPTAAAGNK KPGSGLPPLP AINTKVQQNP MGSGKQVTGK ETKSPKTPSS STGPGTGGMS TGM GKPKKR KSSKAAVTPT S

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

+
分子 #4: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 27.738227 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MDSSEDDGNK VAHLWPDPPA FWKDFTPENI ERYNALKQTY AQQHGLSSDA LVRIPDVPAD LINLQPPPEP VDGKWKLYGQ QEALANSLQ SLEDAGIQRL APASETTSDS KHFDRGFELK KLAKSLLVNY LELMGIMSIN PAHASEKVQD IKTIVLNFHH I LNEYRPHQ ...文字列:
MDSSEDDGNK VAHLWPDPPA FWKDFTPENI ERYNALKQTY AQQHGLSSDA LVRIPDVPAD LINLQPPPEP VDGKWKLYGQ QEALANSLQ SLEDAGIQRL APASETTSDS KHFDRGFELK KLAKSLLVNY LELMGIMSIN PAHASEKVQD IKTIVLNFHH I LNEYRPHQ AREQLIQLMQ DHLDAKRNET AAVRAVVDKA KRLIEGLASI EIPKVEDDNG RKAVEVERAA LAERREIAAW QE ADALFT

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7

+
分子 #5: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 18.325607 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列:
MTAPLPEGLT PDAVDTLTEL SAIIKKLRAA QQQQAANPSS QAAAGGPGTT GAPGSQPSSS GPNATAAGGA IGTTSLPSSA TTGPTPSNA LHSVKELPAT TDPIKHKLQR ARAAVRLLGD MSRTMAQQEA ELARLEERRR KQAAMLAKAQ EEGARLSKGF G EVGETPVV LVETGDKMAM E

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9

+
分子 #6: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 133.450359 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MEARAHGALP NNYDRERFIN GVGGDDKALK RKLEEPLSDI TKELDTVIAQ SDVAVADPKG QLCPDADVPD EMEHITDGIL PLNLLLIRL AEFSHSKLEE LVTMLASKPV PQHAVNGNGS HSTLVEDASP ESQEKKRLLL NTIQDLHSRW VKALVITEWA R NAEKVGKL ...文字列:
MEARAHGALP NNYDRERFIN GVGGDDKALK RKLEEPLSDI TKELDTVIAQ SDVAVADPKG QLCPDADVPD EMEHITDGIL PLNLLLIRL AEFSHSKLEE LVTMLASKPV PQHAVNGNGS HSTLVEDASP ESQEKKRLLL NTIQDLHSRW VKALVITEWA R NAEKVGKL IDIRTHLFKK LELYPQVLND FINLKRDMAW AKVPSPDLKT ALHILTHGEV TWMPDFNFLD PPPLTTEETL RW INDMNLA LHARLQLEEH DKLPPPFKNY TIDSGRVTFR VRGEFEVDLS ISEEDFSEQF WFINFRFDFS PAPAELTPAV RYW MTEKVN NILKTEGLGG CYKYLHEFTL TQKIAELHRQ AIALNKGRWA NSLRVEKLNR NLGIHYWANR LHSQNLKSWI IIGV HSGED PQGLEEPKPS YLMVQWFREG VEQFIDIPFS QEKLSIEEIL EFVTAKHVGY LLFSLFRKFD GKPRFTQGKK ARLEL NVWT QKPEDYYLSM QLLDDEDLKI QVNPWMGDFI TTPSTGPWNR TLNSLGNPAE EGSKELENFR YIYIISVLKA QGKSHG WSV VRSPISQDEL RSIVHSESAS SRETFQAAWT RFVDWDPQWY AMRSMSLAGD QWWLVEVTSQ RQSISGNRLV FFTKMAP CF SEERLTDGFF NGLRDHSRRL IAEITNLREL YPGITPSQLR KLIDPTRQPP VLPVKASKIL GDFGGADAQS IAWLKDPV W LIYRGSACDA AATRVSDSPQ QKRTQPVLDV FEAYLDVTDR RRFQTLNPRL DRDILYNPYT GRFMFRLRAK MGVPVVPLL GIRVRQLQRL LDFLEGLRRV GDQAVPERVT LREIVFSYGA TRKRDSTNQP KVRPWRVRLD LTKEEGVGVV LEKGNPHLRV INRLEDLVN SQKFYSLATY LTLSLPLFRA FEQLENAWQT AQENGRGSCF ILHLSLDKHT IRFVLPGHQR QISLLIQPHE K EGKLVWEV GRPRHDPELL NENCEFNRVL KERVWTISGS GFKGLVTGAA AEPDEGIERL LVLISDAVLH LSTSQPATAP PQ PPQAQPS QQVQQVQQQQ VVSQLQPQAQ QPRSAMPHAS VGQQQPHGAP APMARFPPQQ QQIFQQQRPP QPQPNMHGGQ ISQ PNMHGG PKPQLQGQHG QPGQMVAAPQ QQGQRPGTGT AAGMGRSNAP LVVLD

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

+
分子 #7: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 69.61693 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MTDRPFILQV PPTQQRGPQN IAEFVARINP DAFRVLNEAE LRRKVEEEKN GVGQDEDVDM ESSPSDNEGE PADAKDIITA KHEMLRVID QTRQTTLYAL DFVSLLLSKE NPGQAVTTFS PGLRELVGIG TLGATMLDAP TPLTQSRIPD NKLVTIGKRL M DLNKAADT ...文字列:
MTDRPFILQV PPTQQRGPQN IAEFVARINP DAFRVLNEAE LRRKVEEEKN GVGQDEDVDM ESSPSDNEGE PADAKDIITA KHEMLRVID QTRQTTLYAL DFVSLLLSKE NPGQAVTTFS PGLRELVGIG TLGATMLDAP TPLTQSRIPD NKLVTIGKRL M DLNKAADT ALAASKRLQK EIAAETKYWS EVLAVRNDGW QTSRMPREPQ TMGVKFGFNN AAPEFKAVSI APMRRADNGS VL LDRSSIG HKSQRIQVRI LEDGRIVGRS SLPSPVSADA PLQDRVKEMR DTIFAQELWH EINREARTLL NQGVHLEPSS ITY TMDAST TVSIRLATLG EEEEGLDEQQ EGPQDVMAES LNIALSLLLS HAHRMNELRR SEPGINKGPP RTYPILLPLI SYHK YNQSI QTCLQTLSAH ISVLRSASVD SSMTVKEPLL SSPPGAPAAT SLYTILTRPP AVQFDITITP DSRIRILLKP TQLTG AAFS ICCLPALHPG AQNPLATTCP PSTDDYDSLT QVVSYLQAAI PRALAAHYEA VLVVEATVNG GMLGDLPPSP SRWMPL IDG KGIVDPETMR FGIRFSFGRN PAKGGQLELG AQTDYVDGSR KRVRRNWIWP GAQSSLDSVA KHVLARGPPE E

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

+
分子 #8: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 14.486557 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列:
MSVDSSGMEP PPLPSDGPEE PKHGGHTRFE LELEFVQALS NPEYVNWLAS RKYLMNPAFV AYLDYLQYWS RPPYLKYLTY PTATLRMLQ LLQSERFRQE ILVPDVAWQL RLEGMKAAVL WHKEG

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31

+
分子 #9: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 32.098467 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MASLNLAPEE LKQLELLRNR FAQLQSSLTS LAGNLIRTEP LPTYESLQAS ASILQQNLRS IQELMTENSD IFKRIAIHPS TNFPGRTQE HMLLQLLRKK LEPEVESWVE EARETARAAG IDVSKLSGPG GGAPTRGMNG YGDDDEYGLD DEDEGVPSDP F NEQWADML ...文字列:
MASLNLAPEE LKQLELLRNR FAQLQSSLTS LAGNLIRTEP LPTYESLQAS ASILQQNLRS IQELMTENSD IFKRIAIHPS TNFPGRTQE HMLLQLLRKK LEPEVESWVE EARETARAAG IDVSKLSGPG GGAPTRGMNG YGDDDEYGLD DEDEGVPSDP F NEQWADML ETFQHSLHHY VTVQLKKQYT VEEQEMGIEN VRTGLKRELG DEDEDEDEDE EEEEEGVAGV AGGAASQGAG AG TAGAAAK KPVIQPEYLF WLAARGDTRV SRNIEFEAMR KVAQTAKRPA PPR

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

+
分子 #10: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 25.50427 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MAQPSQSSVP ESDAGSFPVD IHKPFTPAER IQQLGEIDND IASLLQHLSA ALKALATPPG KRIFQEQDSE SNSPSASDTS NPNDTPPSS CGIDPVTAFK TAQNDFFRTI DRIDKHLTRQ IYALEEAGII TLKSGTGSGA GTVGAGATEE QAQQLPQPQM I PGQPQAAG ...文字列:
MAQPSQSSVP ESDAGSFPVD IHKPFTPAER IQQLGEIDND IASLLQHLSA ALKALATPPG KRIFQEQDSE SNSPSASDTS NPNDTPPSS CGIDPVTAFK TAQNDFFRTI DRIDKHLTRQ IYALEEAGII TLKSGTGSGA GTVGAGATEE QAQQLPQPQM I PGQPQAAG ITADASVAPV PKARLEPDGM GRYGKLDVGR LNMASSIVER EMEGELWRKA REHLGRMTSQ ASGREDRMEE

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

+
分子 #11: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 38.72575 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MPYEIFLAGV VSDNDEAKAR AVLGGFTEMR EHHRFTRVQH YEPQDIKIRG FPTIKELLKE RGPTTALYQE LHNILVRQPY TLQIRTNIT DAILGPAQAG AEAAPHGTVS GGKPHILRWS DIPDPPNQRI PPFITQRKII EIPDQRAPRI LAASKFRNKS D LVEESYHW ...文字列:
MPYEIFLAGV VSDNDEAKAR AVLGGFTEMR EHHRFTRVQH YEPQDIKIRG FPTIKELLKE RGPTTALYQE LHNILVRQPY TLQIRTNIT DAILGPAQAG AEAAPHGTVS GGKPHILRWS DIPDPPNQRI PPFITQRKII EIPDQRAPRI LAASKFRNKS D LVEESYHW WFNDVEYSMV RTYLISLDPS PQTTDQVPSL AGLEPIGDFW LLYVRMRVEA TPDRMQQAHN QLQQIRDQLL GV FEFKVWD RRAHDTRIME QPTQGNGNVI GDAHNSNKKS NGVSPTTASS SEEVSPVDSQ LTIPLPDDDD GDNVEDTPDT EMD EDDDES EYDSDSERDW PKDD

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

+
分子 #12: Med22

分子名称: Med22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 18.341615 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列:
MDRDQGASDN LLERKNILIA SIMTSYRDLI THATSPITSA TASPGHAGYS SMALSTAIHA AVKYTEDLLS LTRTLREALW VVGPLTGPG EKDAQAEEGM AKDAEVVWDV LNEMRDRERE RMMAALMEGD TRVRGAVRFE RGDVEVVVAG QGQQIEMGRG V NGEVKSEG A

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 81.633266 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: MSTPIPTPGR NPLQGRTPSQ AHGAAGTPPV STPFSAAQAV FSPNGPRSSP QQFKRSPATV GSTTATGGRP PSAINFDSPS ASAALGALQ PMTPGMDMTI RSLANLGRAS EDERAKRLEE VIHILSKSKG LVSEAGLERL ARSLELEFMW ESSMGSDNKR T LIVAGSAL ...文字列:
MSTPIPTPGR NPLQGRTPSQ AHGAAGTPPV STPFSAAQAV FSPNGPRSSP QQFKRSPATV GSTTATGGRP PSAINFDSPS ASAALGALQ PMTPGMDMTI RSLANLGRAS EDERAKRLEE VIHILSKSKG LVSEAGLERL ARSLELEFMW ESSMGSDNKR T LIVAGSAL ELLVEFSQDV VQSVTLNFPD SPEIVTKHAQ KAGEILFNDL RLAPGQSPLT KSLARFAANF ERLAVLDKLS IL PGLNLYE AVADVYESLA RLHAWELQKL REDPSLAGKD DEYLENLVLC TKSGKPAMND RGRVGLALDY WKEKHLLRTP EAE VASWIA DNERTWSILI GCAPLRDLSI NPVRISDKWI GPNVVKTSLP DGLHTGEPII DWLDPEPTFI PATDQQQQQQ QQQQ QQQQQ QQQQQQADAP LLPPRLPEVA FHAVFDPPVH IPINLWQHLQ EMGCVLPDET ATQPFQQHHF RSFDSLVIPP PQGKE TDAT ETRVFSCRKK TPFVPRRSGV RNGEGATQKM EYRIHQNTLF VPKPVMCRTL TEMSFSHPQQ LVSILPYLRQ YAFLAQ LLE NSFKPGPALQ LPTDPNADTT TSKPTPNAKA SHKKLDDFEA FLAKHSSHSG PISNMTPSQH QPSSDLSIDV TLRLVLP SP KLQIVFPLHA TSKEEVKGKI AHVTFAVREN GRLEVEMQNM IEEEGDQMEG VKTEGDEDGE EKKRRRPQPG DLARALEV L EDVGKWAEFV RTRWV

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1

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分子 #14: Unknown peptide

分子名称: Unknown peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 1.805216 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #15: HEAT

分子名称: HEAT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
分子量理論値: 17.038955 KDa
組換発現生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5n9j

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108348
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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