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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22244 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Asymmetric hydrolysis state of Hsc82 in complex with Aha1 bound with ADP and ATPgammaS | ||||||||||||||||||
![]() | Asymmetric hydrolysis state of Hsc82 in complex with Aha1 bound with ADP and ATPgammaS | ||||||||||||||||||
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![]() | Co-chaperone / activator / CHAPERONE | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / Extra-nuclear estrogen signaling / VEGFR2 mediated vascular permeability / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / HSF1-dependent transactivation / HSF1 activation / response to oxygen levels / box C/D snoRNP assembly / ATPase activator activity ...Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / Extra-nuclear estrogen signaling / VEGFR2 mediated vascular permeability / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / HSF1-dependent transactivation / HSF1 activation / response to oxygen levels / box C/D snoRNP assembly / ATPase activator activity / proteasome assembly / Neutrophil degranulation / telomere maintenance / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein-folding chaperone binding / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Liu YX / Sun M | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures reveal a multistep mechanism of Hsp90 activation by co-chaperone Aha1 著者: Liu YX / Sun M / Myasnikov AG / Elnatan D / Agard DA | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 624.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 623.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Asymmetric hydrolysis state of Hsc82 in complex with Aha1 bound with ADP and ATPgammaS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Asymmetric hydrolysis state of Hsc82 in complex with Aha1 bound w...
全体 | 名称: Asymmetric hydrolysis state of Hsc82 in complex with Aha1 bound with ADP and ATPgammaS |
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要素 |
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-超分子 #1: Asymmetric hydrolysis state of Hsc82 in complex with Aha1 bound w...
超分子 | 名称: Asymmetric hydrolysis state of Hsc82 in complex with Aha1 bound with ADP and ATPgammaS タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
-分子 #1: ATP-dependent molecular chaperone HSC82
分子 | 名称: ATP-dependent molecular chaperone HSC82 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 81.003594 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAGETFEFQA EITQLMSLII NTVYSNKEIF LRELISNASD ALDKIRYQAL SDPKQLETEP DLFIRITPKP EEKVLEIRDS GIGMTKAEL INNLGTIAKS GTKAFMEALS AGADVSMIGQ FGVGFYSLFL VADRVQVISK NNEDEQYIWE SNAGGSFTVT L DEVNERIG ...文字列: MAGETFEFQA EITQLMSLII NTVYSNKEIF LRELISNASD ALDKIRYQAL SDPKQLETEP DLFIRITPKP EEKVLEIRDS GIGMTKAEL INNLGTIAKS GTKAFMEALS AGADVSMIGQ FGVGFYSLFL VADRVQVISK NNEDEQYIWE SNAGGSFTVT L DEVNERIG RGTVLRLFLK DDQLEYLEEK RIKEVIKRHS EFVAYPIQLL VTKEVEKEVP IPEEEKKDEE KKDEDDKKPK LE EVDEEEE EKKPKTKKVK EEVQELEELN KTKPLWTRNP SDITQEEYNA FYKSISNDWE DPLYVKHFSV EGQLEFRAIL FIP KRAPFD LFESKKKKNN IKLYVRRVFI TDEAEDLIPE WLSFVKGVVD SEDLPLNLSR EMLQQNKIMK VIRKNIVKKL IEAF NEIAE DSEQFDKFYS AFAKNIKLGV HEDTQNRAAL AKLLRYNSTK SVDELTSLTD YVTRMPEHQK NIYYITGESL KAVEK SPFL DALKAKNFEV LFLTDPIDEY AFTQLKEFEG KTLVDITKDF ELEETDEEKA EREKEIKEYE PLTKALKDIL GDQVEK VVV SYKLLDAPAA IRTGQFGWSA NMERIMKAQA LRDSSMSSYM SSKKTFEISP KSPIIKELKK RVDEGGAQDK TVKDLTN LL FETALLTSGF SLEEPTSFAS RINRLISLGL NIDEDEETET APEASTEAPV EEVPADTEME EVD UniProtKB: ATP-dependent molecular chaperone HSC82 |
-分子 #2: Hsp90 co-chaperone AHA1
分子 | 名称: Hsp90 co-chaperone AHA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 39.486422 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVVNNPNNWH WVDKNCIGWA KEYFKQKLVG VEAGSVKDKK YAKIKSVSSI EGDCEVNQRK GKVISLFDLK ITVLIEGHVD SKDGSALPF EGSINVPEVA FDSEASSYQF DISIFKETSE LSEAKPLIRS ELLPKLRQIF QQFGKDLLAT HGNDIQVPES Q VKSNYTRG ...文字列: MVVNNPNNWH WVDKNCIGWA KEYFKQKLVG VEAGSVKDKK YAKIKSVSSI EGDCEVNQRK GKVISLFDLK ITVLIEGHVD SKDGSALPF EGSINVPEVA FDSEASSYQF DISIFKETSE LSEAKPLIRS ELLPKLRQIF QQFGKDLLAT HGNDIQVPES Q VKSNYTRG NQKSSFTEIK DSASKPKKNA LPSSTSTSAP VSSTNKVPQN GSGNSTSIYL EPTFNVPSSE LYETFLDKQR IL AWTRSAQ FFNSGPKLET KEKFELFGGN VISELVSCEK DKKLVFHWKL KDWSAPFNST IEMTFHESQE FHETKLQVKW TGI PVGEED RVRANFEEYY VRSIKLTFGF GAVL UniProtKB: Hsp90 co-chaperone AHA1 |
-分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-AGS: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6xlh: |