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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21963 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of mouse DUOX1-DUOXA1 complex in the dimer-of-dimer state | |||||||||
マップデータ | cryoEM structure of the mouse DUOX1-DUOXA1 complex in the dimer-of-dimer state | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of thyroid hormone generation / Thyroxine biosynthesis / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / cuticle development / positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / hormone biosynthetic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / NADPH oxidase complex / thyroid hormone generation ...regulation of thyroid hormone generation / Thyroxine biosynthesis / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / cuticle development / positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / hormone biosynthetic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / NADPH oxidase complex / thyroid hormone generation / superoxide anion generation / hydrogen peroxide biosynthetic process / positive regulation of cell motility / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of wound healing / cell leading edge / response to cAMP / positive regulation of neuron differentiation / reactive oxygen species metabolic process / peroxidase activity / cytokine-mediated signaling pathway / defense response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / protein transport / regulation of inflammatory response / response to oxidative stress / apical plasma membrane / calcium ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Structures of mouse DUOX1-DUOXA1 provide mechanistic insights into enzyme activation and regulation. 著者: Ji Sun / 要旨: DUOX1, an NADPH oxidase family member, catalyzes the production of hydrogen peroxide. DUOX1 is expressed in various tissues, including the thyroid and respiratory tract, and plays a crucial role in ...DUOX1, an NADPH oxidase family member, catalyzes the production of hydrogen peroxide. DUOX1 is expressed in various tissues, including the thyroid and respiratory tract, and plays a crucial role in processes such as thyroid hormone biosynthesis and innate host defense. DUOX1 co-assembles with its maturation factor DUOXA1 to form an active enzyme complex. However, the molecular mechanisms for activation and regulation of DUOX1 remain mostly unclear. Here, I present cryo-EM structures of the mammalian DUOX1-DUOXA1 complex, in the absence and presence of substrate NADPH, as well as DUOX1-DUOXA1 in an unexpected dimer-of-dimers configuration. These structures reveal atomic details of the DUOX1-DUOXA1 interaction, a lipid-mediated NADPH-binding pocket and the electron transfer path. Furthermore, biochemical and structural analyses indicate that the dimer-of-dimers configuration represents an inactive state of DUOX1-DUOXA1, suggesting an oligomerization-dependent regulatory mechanism. Together, my work provides structural bases for DUOX1-DUOXA1 activation and regulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21963.map.gz | 43.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21963-v30.xml emd-21963.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21963.png | 210.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21963 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21963_validation.pdf.gz | 441.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21963_full_validation.pdf.gz | 441.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21963_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21963_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21963 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryoEM structure of the mouse DUOX1-DUOXA1 complex in the dimer-of-dimer state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : mouse DUOX1-DUOXA1 complex
全体 | 名称: mouse DUOX1-DUOXA1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: mouse DUOX1-DUOXA1 complex
超分子 | 名称: mouse DUOX1-DUOXA1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: Dual oxidase 1
分子 | 名称: Dual oxidase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 175.739812 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPSRGAQNSI SWEVQRFDGW YNNLMEHRWG SKGSRLQRLV PASYADGVYQ PLKEPYLPNP RHLSNRVMRG SAGQPSLRNR TVLGVFFGY HVLSDLVSVE TPGCPAEFLN IYIPHGDPVF DPDKRGNVVL PFQRSRWDRN TGQSPSNPRD QSNQVTGWLD G SAIYGSSH ...文字列: GPSRGAQNSI SWEVQRFDGW YNNLMEHRWG SKGSRLQRLV PASYADGVYQ PLKEPYLPNP RHLSNRVMRG SAGQPSLRNR TVLGVFFGY HVLSDLVSVE TPGCPAEFLN IYIPHGDPVF DPDKRGNVVL PFQRSRWDRN TGQSPSNPRD QSNQVTGWLD G SAIYGSSH SWSDTLRSFS GGQLASGPDP AFPSDSQSSL LMWMAPDPST GQGGPRGVYA FGAQRGNREP FLQALGLLWF RY HNLCARK LAQEHPHWGD EELFQHARKR VIATYQNIAM YEWLPSFLKQ TPPEYPGYRP FLDPSISPEF VVASEQFLST MVP SGVYMR NASCHFQGIP SHNSSVSGAL RVCNSYWSRE HPKLQRAEDV DALLLGMASQ IAEREDHVVV EDMQDFWPGP LKFS RTDYL ASCLQRGRDL GLPSYTKARE ALGLSPISHW QDINPALSRS NGTVLEATAA LYNQDLSRLE LLPGGLLESH GDPGP LFST IVLDQFVRLR DGDRYWFENT RNGLFSKEEI AEIRNTSLRD ILVAVTNVDP SALQPNVFFW LAGDPCPQPS QLSAKG LPA CAPLFIRDYF EGSGFGFGLT IGTLCCFPLV SLLSAWIVAR LRKRNFKRLQ RQDRQSIMSE KLVGGVEALE WQGRNEP CR PVLVHLQPGQ IRVVDGRLTV LRTIQLRPPQ QVNLILSSNR GRRTLLLKIP KEYDLVLLFN MEEERQALVE NVRGALKE N GLSFQEWELR EQELMRAAVT RQQRGHLLET FFRHLFSQVL DINQADAGTL PLDSSTKVRE ALTCELSRAE FADSLGLKP QDMFVESMFS LADKDGNGYL SFREFLDILV VFMKGSPEEK SRLMFRMYDF DGNGLISKDE FIRMLRSFIE ISNNCLSKAQ LAEVVESMF RESGFQDKEE LTWEDFHFML RDHDSDLRFT QLCVKGVEVP EVIKNLCRRA SYISQEKICP SPRMSAHCAR N NMKTASSP QRLQCPMDTD PPQEIRRRFG KKVTSFQPLL FTEAHREKFQ RSRRHQTVQQ FKRFIENYRR HIGCVAVFYT IT GALFLER AYYYAFAAHH SGITDTTRVG IILSRGTAAS ISFMFSYILL TMCRNLITFL RETFLNRYIP FDAAVDFHRL IAS TAIILT VLHSAGHVVN VYLFSISPLS VLSCLFPGLF HDDGSEFPQK YYWWFFQTVP GLTGVLLLLA LAIMYVFASH HFRR RSFRG FWLTHHLYIF LYILLIIHGS FALIQMPRFH IFFLVPAIIY VGDKLVSLSR KKVEISVVKA ELLPSGVTHL RFQRP QGFE YKSGQWVRIA CLALGTTEYH PFTLTSAPHE DTLSLHIRAA GPWTTRLREI YSPPTGDTCA RYPKLYLDGP FGEGHQ EWH KFEVSVLVGG GIGVTPFASI LKDLVFKSSV SCQVFCKKIY FIWVTRTQRQ FEWLADIIRE VEENDRQDLV SVHIYIT QL AEKFDLRTTM LYICERHFQK VLNRSLFTGL RSITHFGRPP FEPFFNSLQE VHPQVRKIGV FSCGPPGMTK NVEKACQL I NRQDRTHFSH HYENF |
-分子 #2: Dual oxidase maturation factor 1
分子 | 名称: Dual oxidase maturation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 37.619738 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAALGHTLPF YTGTKPTFPM DTTLAVIITI FLTALVTFII ILPGIRGKTR LFWLLRVVTS LFIGAVILAV NFSSEWSVGH VNANTTYKA FSPKWVSVDV GLQIGLGGVN ITLTGTPVQQ LNETINYNEA FAWRLGRSYA EEYAKALEKG LPDPVLYLAE K FTPRSPCG ...文字列: MAALGHTLPF YTGTKPTFPM DTTLAVIITI FLTALVTFII ILPGIRGKTR LFWLLRVVTS LFIGAVILAV NFSSEWSVGH VNANTTYKA FSPKWVSVDV GLQIGLGGVN ITLTGTPVQQ LNETINYNEA FAWRLGRSYA EEYAKALEKG LPDPVLYLAE K FTPRSPCG LYNQYRLAGH YASAMLWVAF LCWLLANVML SMPVLVYGGH MLLATGLFQL LALFFFSMTT SLISPCPLRL GT AVLHTHH GPAFWITLAT GLLCILLGLV MAVAHRMQPH RLKAFFNQSS EDPVLEWGSE EGGLLSPHYR SIAESPETQD IPM SVASSE TCFKEEHPKE SDCSL |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: HEME C
分子 | 名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: HEC |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEC: |
-分子 #6: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PX2 |
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分子量 | 理論値: 535.671 Da |
Chemical component information | ChemComp-PX2: |
-分子 #7: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子 | 名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: PLC |
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分子量 | 理論値: 622.834 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.13) / 使用した粒子像数: 302097 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6wxu: |