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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21960 | ||||||||||||
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タイトル | Colicin E1 fragment in nanodisc-embedded TolC | ||||||||||||
![]() | C3-symmetrized map of nanodisc-embedded TolC | ||||||||||||
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![]() | antibiotic efflux / ![]() ![]() | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kaelber JT / Budiardjo SJ | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Colicin E1 opens its hinge to plug TolC. 著者: S Jimmy Budiardjo / Jacqueline J Stevens / Anna L Calkins / Ayotunde P Ikujuni / Virangika K Wimalasena / Emre Firlar / David A Case / Julie S Biteen / Jason T Kaelber / Joanna S G Slusky / ![]() 要旨: The double membrane architecture of Gram-negative bacteria forms a barrier that is impermeable to most extracellular threats. Bacteriocin proteins evolved to exploit the accessible, surface-exposed ...The double membrane architecture of Gram-negative bacteria forms a barrier that is impermeable to most extracellular threats. Bacteriocin proteins evolved to exploit the accessible, surface-exposed proteins embedded in the outer membrane to deliver cytotoxic cargo. Colicin E1 is a bacteriocin produced by, and lethal to, that hijacks the outer membrane proteins (OMPs) TolC and BtuB to enter the cell. Here, we capture the colicin E1 translocation domain inside its membrane receptor, TolC, by high-resolution cryo-electron microscopy to obtain the first reported structure of a bacteriocin bound to TolC. Colicin E1 binds stably to TolC as an open hinge through the TolC pore-an architectural rearrangement from colicin E1's unbound conformation. This binding is stable in live cells as indicated by single-molecule fluorescence microscopy. Finally, colicin E1 fragments binding to TolC plug the channel, inhibiting its native efflux function as an antibiotic efflux pump, and heightening susceptibility to three antibiotic classes. In addition to demonstrating that these protein fragments are useful starting points for developing novel antibiotic potentiators, this method could be expanded to other colicins to inhibit other OMP functions. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 40.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C3-symmetrized map of nanodisc-embedded TolC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.018 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unmasked, unfiltered cryoSPARC half-map B of nanodisc-embedded TolC
ファイル | emd_21960_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unmasked, unfiltered cryoSPARC half-map B of nanodisc-embedded TolC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unmasked, unfiltered cryoSPARC half-map A of nanodisc-embedded TolC
ファイル | emd_21960_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unmasked, unfiltered cryoSPARC half-map A of nanodisc-embedded TolC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Outer membrane protein TolC
全体 | 名称: Outer membrane protein TolC |
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要素 |
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-超分子 #1: Outer membrane protein TolC
超分子 | 名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 53.741 KDa |
-分子 #1: Outer membrane protein TolC
分子 | 名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 53.783355 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKKLLPILIG LSLSGFSSLS QAENLMQVYQ QARLSNPELR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYSNGYRDAN GINSNATSA SLQLTQSIFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFNVL NAIDVLSYTQ AQKEAIYRQL D QTTQRFNV ...文字列: MKKLLPILIG LSLSGFSSLS QAENLMQVYQ QARLSNPELR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYSNGYRDAN GINSNATSA SLQLTQSIFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFNVL NAIDVLSYTQ AQKEAIYRQL D QTTQRFNV GLVAITDVQN ARAQYDTVLA NEVTARNNLD NAVEQLRQIT GNYYPELAAL NVENFKTDKP QPVNALLKEA EK RNLSLLQ ARLSQDLARE QIRQAQDGHL PTLDLTASTG ISDTSYSGSK TRGAAGTQYD DSNMGQNKVG LSFSLPIYQG GMV NSQVKQ AQYNFVGASE QLESAHRSVV QTVRSSFNNI NASISSINAY KQAVVSAQSS LDAMEAGYSV GTRTIVDVLD ATTT LYNAK QELANARYNY LINQLNIKSA LGTLNEQDLL ALNNALSKPV STNPENVAPQ TPEQNAIADG YAPDSPAPVV QQTSA RTTT SNGHNPFRN UniProtKB: Outer membrane protein TolC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.593 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.47800000000000004 µm 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD ![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16443 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 33.04 e/Å2 / 詳細: 5 frames per second |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |