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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21668 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Capsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus following EDTA treatment | ||||||||||||||||||
マップデータ | Capsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus, EDTA-treated | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | parvovirus / densovirus / Penaeus monodon / crustacean / pathogen / Parvovirinae / metallodensovirus / shrimp / prawn / capsid / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||
生物種 | Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Penzes JJ / Pham HT | ||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Molecular biology and structure of a novel penaeid shrimp densovirus elucidate convergent parvoviral host capsid evolution. 著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Nilakshee Bhattacharya / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / Peter Tijssen / 要旨: The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. ...The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. Here, a PV was isolated and cloned from Vietnamese specimens, designated metallodensovirus (PmMDV). This is the first member of a third divergent lineage shown to infect penaeid decapods. PmMDV has a transcription strategy unique among invertebrate PVs, using extensive alternative splicing and incorporating transcription elements characteristic of vertebrate-infecting PVs. The PmMDV proteins have no significant sequence similarity with other PVs, except for an SF3 helicase domain in its nonstructural protein. Its capsid structure, determined by cryoelectron microscopy to 3-Å resolution, has a similar surface morphology to densovirus, despite the lack of significant capsid viral protein (VP) sequence similarity. Unlike other PVs, PmMDV folds its VP without incorporating a βA strand and displayed unique multimer interactions, including the incorporation of a Ca cation, attaching the N termini under the icosahedral fivefold symmetry axis, and forming a basket-like pentamer helix bundle. While the PmMDV VP sequence lacks a canonical phospholipase A2 domain, the structure of an EDTA-treated capsid, determined to 2.8-Å resolution, suggests an alternative membrane-penetrating cation-dependent mechanism in its N-terminal region. PmMDV is an observed example of convergent evolution among invertebrate PVs with respect to host-driven capsid structure and unique as a PV showing a cation-sensitive/dependent basket structure for an alternative endosomal egress. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21668.map.gz | 78.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21668-v30.xml emd-21668.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21668.png | 99.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21668.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21668 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21668 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21668_validation.pdf.gz | 453 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21668_full_validation.pdf.gz | 452.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21668_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21668_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21668 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21668 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 246 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Capsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus, EDTA-treated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Penaeus monodon metallodensovirus
全体 | 名称: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Penaeus monodon metallodensovirus
超分子 | 名称: Penaeus monodon metallodensovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2672571 / 生物種: Penaeus monodon metallodensovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Penaeus monodon (ウシエビ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
分子 | 名称: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 41.130918 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSDEVSSSTD VVSRKRRRHD EGGKALEDIA VHGASEGDGS APGGSVWQTT DYIALSMVVY RTAIKLRNFV NIRGLTPTEM IVIPWNVMR FYCEYNTGTY GLSGNVHHKN YSMLLACKAH RPTKVGYTLS NLILTSDELV STGGTLGTTT TFNTSPYMIH S IDDQQCLS ...文字列: MSDEVSSSTD VVSRKRRRHD EGGKALEDIA VHGASEGDGS APGGSVWQTT DYIALSMVVY RTAIKLRNFV NIRGLTPTEM IVIPWNVMR FYCEYNTGTY GLSGNVHHKN YSMLLACKAH RPTKVGYTLS NLILTSDELV STGGTLGTTT TFNTSPYMIH S IDDQQCLS KVYPKTDTVW PVSSMRELDY VASTVSGDNA IIPSTIFNKN RYWKQGDDAL HFSHDLDLGF WFGSDYGNAY VP QNNDSMN AVGTIPTSKH INVRGVNNRG MAGHYLSFPP IRTNDGQFKL NAQFTLETEI EFEFRLWEQG VQGINSVHTN LNP ANDSLW IQSYGSLVSI TESKINNIQF GPTCPRVDAR NKGGKMSMLF DHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.2 構成要素 - 名称: Universal buffer, supplemented with 100 mM EDTA 詳細: 20 mM HEPES, 20 mM MES, 20 mM sodium acetate, 0.15 M NaCl, 3.7 mM CaCl2, 100 mM EDTA |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model prediction |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05.2) / 使用した粒子像数: 30977 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |