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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21530 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2) | |||||||||
マップデータ | Sharpened map after post processing for Class 2 (closed) | |||||||||
試料 |
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キーワード | CrPV 5'-UTR IRES / Internal ribosome entry site / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / mRNA cap binding ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / mRNA cap binding / ribosomal subunit / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / 90S preribosome / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / translation initiation factor binding / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of translation / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / PML body / fibrillar center / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / metallopeptidase activity / ribosomal small subunit biogenesis / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / glucose homeostasis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / virus receptor activity / small ribosomal subunit / T cell differentiation in thymus / cell body / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / postsynaptic density / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of apoptotic process / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / cell division / DNA repair / mRNA binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / synapse / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cricket paralysis virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Neupane R / Pisareva V | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: A complex IRES at the 5'-UTR of a viral mRNA assembles a functional 48S complex via an uAUG intermediate. 著者: Ritam Neupane / Vera P Pisareva / Carlos F Rodriguez / Andrey V Pisarev / Israel S Fernández / 要旨: Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have ...Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have evolved. The initiation stage of translation is especially targeted as it involves multiple steps and the engagement of numerous initiation factors. The use of structured RNA sequences, called nternal ibosomal ntry ites (IRES), in viral RNAs is a widespread strategy for the exploitation of eukaryotic initiation. Using a combination of electron cryo-microscopy (cryo-EM) and reconstituted translation initiation assays with native components, we characterized how a novel IRES at the 5'-UTR of a viral RNA assembles a functional initiation complex via an uAUG intermediate. The IRES features a novel extended, multi-domain architecture, that circles the 40S head. The structures and accompanying functional data illustrate the importance of 5'-UTR regions in translation regulation and underline the relevance of the untapped diversity of viral IRESs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21530.map.gz | 25.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21530-v30.xml emd-21530.xml | 66.3 KB 66.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21530_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21530.png | 67.2 KB | ||
マスクデータ | emd_21530_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-21530.cif.gz | 15.9 KB | ||
その他 | emd_21530_additional.map.gz emd_21530_half_map_1.map.gz emd_21530_half_map_2.map.gz | 193.4 MB 193.6 MB 193.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21530 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21530 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21530_validation.pdf.gz | 1023.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21530_full_validation.pdf.gz | 1023.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21530_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21530_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21530 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21530 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map after post processing for Class 2 (closed) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0605 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21530_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map before post-processing for Class 2 (closed)
ファイル | emd_21530_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map before post-processing for Class 2 (closed) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 for Class 2 (closed)
ファイル | emd_21530_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 for Class 2 (closed) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 for Class 2 (closed)
ファイル | emd_21530_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 for Class 2 (closed) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-I...
+超分子 #1: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-I...
+分子 #1: 18S rRNA
+分子 #44: CrPV 5'-UTR IRES
+分子 #2: uS2
+分子 #3: eS1
+分子 #4: uS5
+分子 #5: eS4
+分子 #6: eS6
+分子 #7: eS7
+分子 #8: eS8
+分子 #9: uS4
+分子 #10: uS17
+分子 #11: uS15
+分子 #12: uS11
+分子 #13: eS21
+分子 #14: uS8
+分子 #15: uS12
+分子 #16: eS24
+分子 #17: eS26
+分子 #18: eS27
+分子 #19: eS30
+分子 #20: uS3
+分子 #21: uS7
+分子 #22: eS10
+分子 #23: eS12
+分子 #24: uS19
+分子 #25: uS9
+分子 #26: eS17
+分子 #27: uS13
+分子 #28: eS19
+分子 #29: uS10
+分子 #30: eS25
+分子 #31: eS28
+分子 #32: eS29
+分子 #33: eS31
+分子 #34: RACK1
+分子 #35: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
+分子 #36: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
+分子 #37: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
+分子 #38: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
+分子 #39: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
+分子 #40: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
+分子 #41: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
+分子 #42: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
+分子 #43: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
+分子 #45: MAGNESIUM ION
+分子 #46: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |