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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21503 | |||||||||
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タイトル | Structure of S. pombe Arp2/3 complex in inactive state | |||||||||
マップデータ | Map of S. pombe Arp2/3 complex in inactive state | |||||||||
試料 |
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キーワード | Arp2/3 / actin / cytoskeletal protein / actin regulator / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / cell cortex of cell tip / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation ...Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / cell cortex of cell tip / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / cortical actin cytoskeleton organization / establishment or maintenance of cell polarity / cell division site / mitotic cytokinesis / actin filament polymerization / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / actin filament binding / cell cortex / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Shaaban M / Nolen BJ / Chowdhury S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM reveals the transition of Arp2/3 complex from inactive to nucleation-competent state. 著者: Mohammed Shaaban / Saikat Chowdhury / Brad J Nolen / 要旨: Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the ...Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the nucleation-competent state is unclear due to lack of high-resolution structures of the activated state. Here we report a ~3.9 Å resolution cryo-EM structure of activated Schizosaccharomyces pombe Arp2/3 complex bound to the S. pombe NPF Dip1 and attached to the end of the nucleated actin filament. The structure reveals global and local conformational changes that allow the two actin-related proteins in Arp2/3 complex to mimic a filamentous actin dimer and template nucleation. Activation occurs through a clamp-twisting mechanism, in which Dip1 forces two core subunits in Arp2/3 complex to pivot around one another, shifting half of the complex into a new activated position. By showing how Dip1 stimulates activation, the structure reveals how NPFs can activate Arp2/3 complex in diverse cellular processes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21503.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21503-v30.xml emd-21503.xml | 30.4 KB 30.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21503_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21503.png | 150.4 KB | ||
マスクデータ | emd_21503_msk_1.map | 61 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-21503.cif.gz | 8.1 KB | ||
その他 | emd_21503_additional.map.gz emd_21503_half_map_1.map.gz emd_21503_half_map_2.map.gz | 4.7 MB 56.6 MB 56.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21503 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21503_validation.pdf.gz | 1008.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21503_full_validation.pdf.gz | 1007.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21503_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21503_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21503 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 61 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of S. pombe Arp2/3 complex in inactive state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8757 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21503_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map of S. pombe Arp2/3 complex in inactive state
ファイル | emd_21503_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of S. pombe Arp2/3 complex in inactive state | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_21503_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_21503_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Arp2/3 complex
+超分子 #1: Arp2/3 complex
+分子 #1: Actin-related protein 3
+分子 #2: Actin-related protein 2
+分子 #3: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
+分子 #4: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
+分子 #5: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
+分子 #6: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
+分子 #7: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
+分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 20mA current | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 4 uL of sample was applied to freshly glow-discharged grid. Excess sample was manually blotted off with a dry Whatman No.1 filter paper for 5-7 seconds. Immediately after the blotting step ...詳細: 4 uL of sample was applied to freshly glow-discharged grid. Excess sample was manually blotted off with a dry Whatman No.1 filter paper for 5-7 seconds. Immediately after the blotting step the sample containing grid was rapidly vitrified by plunge freezing into liquid ethane.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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詳細 | Data were collected by combining untilted and tilted (20, 30 and 40 degrees) images. Stage shifting to the targeted exposure position was used for navigation during data acquisition. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5309 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 44.34 e/Å2 詳細: Each micrograph was collected as dose-fractionated movies consisting of 62 fractions per movie. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -1.3 µm 最小 デフォーカス(公称値): -0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |