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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21363 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of TriABC triclosan efflux pump from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||||||||||||||
マップデータ | CryoEM map of the TriABC triclosan efflux pump from Pseudomonas aeruginosa, C3 imposed | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / cell division / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Fabre L / Bhattacharyya S / Ruickoldt J / Rouiller I / Zgurskaya HI / Sygusch J | |||||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, オーストラリア, 6件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: A "Drug Sweeping" State of the TriABC Triclosan Efflux Pump from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Lucien Fabre / Abigail T Ntreh / Amira Yazidi / Inga V Leus / Jon W Weeks / Sudipta Bhattacharyya / Jakob Ruickoldt / Isabelle Rouiller / Helen I Zgurskaya / Jurgen Sygusch / 要旨: The structure of the TriABC inner membrane component of the triclosan/SDS-specific efflux pump from Pseudomonas aeruginosa was determined by cryoelectron microscopy to 4.5 Å resolution. The ...The structure of the TriABC inner membrane component of the triclosan/SDS-specific efflux pump from Pseudomonas aeruginosa was determined by cryoelectron microscopy to 4.5 Å resolution. The complete structure of the inner membrane transporter TriC of the resistance-nodulation-division (RND) superfamily was solved, including a partial structure of the fused periplasmic membrane fusion subunits, TriA and TriB. The substrate-free conformation of TriABC represents an intermediate step in efflux complex assembly before the engagement of the outer membrane channel. Structural analysis identified a tunnel network whose constriction impedes substrate efflux, indicating inhibition of TriABC in the unengaged state. Blind docking studies revealed binding to TriC at the same loci by substrates and bulkier non-substrates. Together with functional analyses, we propose that selective substrate translocation involves conformational gating at the tunnel narrowing that, together with conformational ordering of TriA and TriB, creates an engaged state capable of mediating substrate efflux. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21363.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21363-v30.xml emd-21363.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21363.png | 120.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21363 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21363_validation.pdf.gz | 338.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21363_full_validation.pdf.gz | 338.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21363_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21363 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vejMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10128 (タイトル: A "drug sweeping" state of the TriABC triclosan efflux pump from Pseudomonas aeruginosa Data size: 238.7 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs [micrographs - multiframe] Data #2: Single particles stacks with polished particles [picked particles - multiframe - processed] Data #3: Relion repertory of the final refinement with a symmetry C3 [picked particles - single frame - processed] Data #4: Relion repertory of the final refinement with no symmetry [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of the TriABC triclosan efflux pump from Pseudomonas aeruginosa, C3 imposed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5531 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TriAxBC
全体 | 名称: TriAxBC |
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要素 |
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-超分子 #1: TriAxBC
超分子 | 名称: TriAxBC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 560 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 100 mM Tris HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl, 1 mM PMSF, 0.03% (w/v) DDM |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3483 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 詳細: 1084 images were kept for single particle analysis after exclusion of images that had no graphene oxide and proteins. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Subunits A-C were modeled with I-TASSER using CusA (3NE5) and then fitted into the EM density and refined with Phenix. Model was rebuilt using Coot. The N-terminal regions of subunits P-R were modeled with I-TASSER based on MP domain of 3LNN while C-terminal regions of subunits P-R were modelled based on MP domain of 2V4D and similarly refined with model rebuilding. | ||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||
得られたモデル | PDB-6vej: |