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- PDB-4k0e: X-ray crystal structure of a heavy metal efflux pump, crystal form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k0e
タイトルX-ray crystal structure of a heavy metal efflux pump, crystal form II
要素Heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA(CzcA-like)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily / Heavy metal efflux pump / ZneB / ZneC / Inner membrane
機能・相同性Cation efflux system CzcA/CusA/SilA/NccA/HelA/CnrA / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / monoatomic cation transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA(CzcA-like)
機能・相同性情報
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.713 Å
データ登録者Pak, J.E. / Ngonlong Ekende, E. / Vandenbussche, G. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of intermediate transport states of ZneA, a Zn(II)/proton antiporter.
著者: Pak, J.E. / Ekende, E.N. / Kifle, E.G. / O'Connell, J.D. / De Angelis, F. / Tessema, M.B. / Derfoufi, K.M. / Robles-Colmenares, Y. / Robbins, R.A. / Goormaghtigh, E. / Vandenbussche, G. / Stroud, R.M.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22013年11月6日Group: Structure summary
改定 1.32013年12月4日Group: Database references
改定 1.42013年12月11日Group: Structure summary
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA(CzcA-like)
B: Heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA(CzcA-like)
C: Heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA(CzcA-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,8557
ポリマ－343,5933
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15130 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area115530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.342, 127.068, 163.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA(CzcA-like)


分子量: 114531.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / 遺伝子: zneA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1LCD8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 400, 100 mM Na HEPES, 100 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→20 Å / Num. all: 44709 / Num. obs: 43547 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.7-3.832.41.50.678198.6
7.83-202.529.70.026195
6.27-7.832.411.90.078196
5.5-6.272.56.10.156196.6
5.01-5.52.56.50.146197.4
4.65-5.012.56.20.154197.8
4.38-4.652.45.40.179198.1
4.16-4.382.54.10.258198.2
3.98-4.162.52.70.376198.5
3.83-3.982.41.90.516198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ZneA, crystal form I

解像度: 3.713→19.942 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2828 2041 4.87 %Random
Rwork0.2291 ---
obs0.2317 41878 --
all-44707 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.713→19.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22057 0 4 0 22061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81730504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7648214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043894
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.713-3.79880.39651150.30862021202169.6
3.7988-3.89320.31541130.27812474247484.2
3.8932-3.99760.29811450.27512491249186
3.9976-4.11420.33321430.25422581258189
4.1142-4.24580.27761320.24742673267391.4
4.2458-4.3960.2791460.21762696269692.2
4.396-4.570.28131340.2172749274993.3
4.57-4.77530.29181390.2022709270992.7
4.7753-5.02320.25571530.20682725272593.5
5.0232-5.33230.27961220.21452760276093.8
5.3323-5.73490.31421330.24312793279393.9
5.7349-6.29550.31291640.26292743274393.9
6.2955-7.16910.36321080.25482804280494.4
7.1691-8.89680.22781500.19582775277593.7
8.8968-19.9420.25031440.21312843284394.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6118-0.035-0.65831.8637-0.30462.1511-0.1597-1.1871-0.27370.3634-0.10540.67070.0086-0.53210.25110.7021-0.06980.10771.3126-0.14981.1176-2.7827-37.392639.0214
23.941-1.3993-1.75781.23490.80181.15650.2566-0.78590.21640.34570.00780.4503-0.4023-0.503-0.19871.32110.02390.28211.4586-0.12561.025115.4824.866658.3683
33.11210.6514-1.7772.3773-1.10151.80720.0837-0.6333-0.00550.9417-0.04940.53540.078-0.01060.14561.4238-0.15390.1781.66610.29831.065629.5908-41.633876.5023
42.0478-0.1097-0.36982.20480.69961.6583-0.03490.1049-0.1195-0.14750.03320.12470.10480.0130.0390.69260.0243-0.13390.5705-0.01920.629530.0878-37.30811.7385
51.69880.005-0.44792.5031-0.53213.14690.3271-0.34620.1915-0.0912-0.1306-0.163-0.6502-0.1589-0.15820.8402-0.1040.07440.679-0.08260.660948.23673.515932.1431
63.67190.08860.96513.24860.08842.30090.1146-0.3385-0.04230.0685-0.374-0.60860.55210.66170.06830.92250.0547-0.02391.13130.29990.823762.2824-40.882949.5503
70.0007-0.05110.14212.10120.85670.91080.01310.0962-0.1811-1.1720.1379-0.822-0.21110.315-0.27061.6805-0.16310.31261.0114-0.06041.236358.126-27.6557-2.3019
80.56360.0622-1.16641.0181-0.99172.92130.008-0.3339-0.0614-0.4808-0.2759-0.46180.0150.91770.24830.9554-0.0690.1410.89160.09511.186773.588-8.835315.6465
91.3457-0.00881.66340.07160.12721.7878-0.33010.0743-0.17170.15010.284-0.63610.09480.54110.04271.2330.4323-0.01821.4099-0.00941.172476.4261-38.700120.7637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)A4 - 36
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)A323 - 550
3X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)A851 - 1006
4X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)B4 - 36
5X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)B323 - 550
6X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)B851 - 1006
7X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)C4 - 36
8X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)C323 - 550
9X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resid 4:36 or resid 323:550 or resid 851:1006)C851 - 1006
10X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)A37 - 182
11X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)A267 - 322
12X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)A551 - 697
13X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)A797 - 850
14X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)B37 - 182
15X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)B267 - 322
16X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)B551 - 697
17X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)B797 - 850
18X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)C37 - 182
19X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)C267 - 322
20X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)C551 - 697
21X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 37:182 or resid 267:322 or resid 551:697 or resid 797:850)C797 - 850
22X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resid 183:266 or resid 698:796)A183 - 266
23X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resid 183:266 or resid 698:796)A698 - 796
24X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resid 183:266 or resid 698:796)B183 - 266
25X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resid 183:266 or resid 698:796)B698 - 796
26X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 183:266 or resid 698:796)C183 - 266
27X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 183:266 or resid 698:796)C698 - 796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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