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- EMDB-21152: Tetradecameric PilQ bound by TsaP heptamer from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21152
タイトルTetradecameric PilQ bound by TsaP heptamer from Pseudomonas aeruginosa
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: PilQ with TsaP
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial assembly protein PilQ
    • タンパク質・ペプチド: LysM domain-containing protein
キーワードType IV pilus / T4P / PilQ / TsaP / secretin / pilotin / type IVa pilus / T4aP / pilus / outer membrane / periplasm / bacterial secretion system / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV pilus assembly / protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Type IV pilus secretin PilQ / AMIN domain / AMIN domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like ...Type IV pilus secretin PilQ / AMIN domain / AMIN domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Fimbrial assembly protein PilQ / LysM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者McCallum M / Tammam S
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: CryoEM map of Pseudomonas aeruginosa PilQ enables structural characterization of TsaP.
著者: Matthew McCallum / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell /
要旨: The type IV pilus machinery is a multi-protein complex that polymerizes and depolymerizes a pilus fiber used for attachment, twitching motility, phage adsorption, natural competence, protein ...The type IV pilus machinery is a multi-protein complex that polymerizes and depolymerizes a pilus fiber used for attachment, twitching motility, phage adsorption, natural competence, protein secretion, and surface-sensing. An outer membrane secretin pore is required for passage of the pilus fiber out of the cell. Herein, the structure of the tetradecameric secretin, PilQ, from the Pseudomonas aeruginosa type IVa pilus system was determined to 4.3 Å and 4.4 Å resolution in the presence and absence of C symmetric spikes, respectively. The heptameric spikes were found to be two tandem C-terminal domains of TsaP. TsaP forms a belt around PilQ and while it is not essential for twitching motility, overexpression of TsaP triggers a signal cascade upstream of PilY1 leading to cyclic di-GMP up-regulation. These results resolve the identity of the spikes identified with Proteobacterial PilQ homologs and may reveal a new component of the surface-sensing cyclic di-GMP signal cascade.
履歴
登録2019年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ve2
  • 表面レベル: 0.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21152.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.46 / ムービー #1: 0.46
最小 - 最大-0.27017173 - 1.1162575
平均 (標準偏差)0.0054909023 (±0.07207069)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.200371.200371.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2701.1160.005

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_21152_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_21152_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_21152_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PilQ with TsaP

全体名称: PilQ with TsaP
要素
  • 複合体: PilQ with TsaP
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial assembly protein PilQ
    • タンパク質・ペプチド: LysM domain-containing protein

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超分子 #1: PilQ with TsaP

超分子名称: PilQ with TsaP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Affinity purified PilQ with pulled-down TsaP
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1

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分子 #1: Fimbrial assembly protein PilQ

分子名称: Fimbrial assembly protein PilQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 79.731141 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
配列文字列: MNSGLSRLGI ALLAAMFAPA LLAADLEKLD VAALPGDRVE LKLQFDEPVA APRGYTIEQP ARIALDLPGV QNKLGTKNRE LSVGNTRSV TVVEAKDRTR LIINLTALSS YTTRVEGNNL FVVVGNSPHH HHHHHHAGAS VASAAPVKAS PAPASYAQPI K PKPYVPAG ...文字列:
MNSGLSRLGI ALLAAMFAPA LLAADLEKLD VAALPGDRVE LKLQFDEPVA APRGYTIEQP ARIALDLPGV QNKLGTKNRE LSVGNTRSV TVVEAKDRTR LIINLTALSS YTTRVEGNNL FVVVGNSPHH HHHHHHAGAS VASAAPVKAS PAPASYAQPI K PKPYVPAG RAIRNIDFQR GEKGEGNVVI DLSDPTLSPD IQEQGGKIRL DFAKTQLPDA LRVRLDVKDF ATPVQFVNAS AQ SDRTSIT IEPSGLYDYL VYQTDNRLTV SIKPMTTEDA ERRKKDNFAY TGEKLSLNFQ DIDVRSVLQL IADFTDLNLV ASD TVQGNI TLRLQNVPWD QALDLVLKTK GLDKRKLGNV LLVAPADEIA ARERQELEAQ KQIAELAPLR RELIQVNYAK AADI AKLFQ SVTSDGGQEG KEGGRGSITV DDRTNSIIAY QPQERLDELR RIVSQLDIPV RQVMIEARIV EANVGYDKSL GVRWG GAYH KGNWSGYGKD GNIGIKDEDG MNCGPIAGSC TFPTTGTSKS PSPFVDLGAK DATSGIGIGF ITDNIILDLQ LSAMEK TGN GEIVSQPKVV TSDKETAKIL KGSEVPYQEA SSSGATSTSF KEAALSLEVT PQITPDNRII VEVKVTKDAP DYQNMLN GV PPINKNEVNA KILVNDGETI VIGGVFSNEQ SKSVEKVPFL GELPYLGRLF RRDTVTDRKN ELLVFLTPRI MNNQAIAI G RGHHHHHHHH

UniProtKB: Fimbrial assembly protein PilQ

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分子 #2: LysM domain-containing protein

分子名称: LysM domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 37.632902 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
配列文字列: MRKSLVALLL LAASGLAQAQ VDLREGHPDR YTVVRGDTLW DISGKFLRQP WKWPELWHAN PQIQNPHLIY PGDTLSLVYV DGQPRLVLN RGESRGTIKL SPKIRSTPIA EAIPTIPLDK INSFLLANRI VDDEKTFTSA PYIVAGNAER IVSGTGDRIY A RGKFADGQ ...文字列:
MRKSLVALLL LAASGLAQAQ VDLREGHPDR YTVVRGDTLW DISGKFLRQP WKWPELWHAN PQIQNPHLIY PGDTLSLVYV DGQPRLVLN RGESRGTIKL SPKIRSTPIA EAIPTIPLDK INSFLLANRI VDDEKTFTSA PYIVAGNAER IVSGTGDRIY A RGKFADGQ PAYGIFRQGK VYIDPKTKEV LGINADDIGG GEVVATEGDV ATLALTRTTQ EVRLGDRLFP TEERAVNSTF MP GEPSREV KGEIIDVPRG VTQIGQFDVV TLNRGQRDGL AEGNVLAIYK VGETVRDRVT GESVKIPDER AGLLMVFRTY KKL SYALVL MASRPLSVTD RVQNP

UniProtKB: LysM domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 35.7 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Starting models generated in Phyre2 and I-TASSER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 47468
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 98
得られたモデル

PDB-6ve2:
Tetradecameric PilQ bound by TsaP heptamer from Pseudomonas aeruginosa

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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