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- EMDB-21135: Mouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 flat dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21135
タイトルMouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 flat dimer
マップデータMouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 flat dimer
試料
  • 複合体: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
キーワードretromer / membrane trafficking / endosomal trafficking / membrane coat complexes / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT ligand biogenesis and trafficking / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of Wnt protein secretion / retromer, cargo-selective complex ...WNT ligand biogenesis and trafficking / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of Wnt protein secretion / retromer, cargo-selective complex / vacuolar protein processing / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of late endosome to lysosome transport / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / Golgi to vacuole transport / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / positive regulation of dopamine biosynthetic process / protein localization to endosome / voluntary musculoskeletal movement / retromer complex / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / transcytosis / regulation of protein metabolic process / dopaminergic synapse / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / regulation of mitochondrion organization / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of protein localization to cell periphery / positive regulation of mitochondrial fission / lysosome organization / regulation of postsynapse assembly / D1 dopamine receptor binding / regulation of protein stability / intracellular protein transport / negative regulation of inflammatory response / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of protein catabolic process / late endosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / presynapse / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / neuron projection / postsynaptic density / postsynapse / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / synapse / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / mitochondrion / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatase-like / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Kendall AK / Jackson LP
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Mammalian Retromer Is an Adaptable Scaffold for Cargo Sorting from Endosomes.
著者: Amy K Kendall / Boyang Xie / Peng Xu / Jue Wang / Rodger Burcham / Meredith N Frazier / Elad Binshtein / Hui Wei / Todd R Graham / Terunaga Nakagawa / Lauren P Jackson /
要旨: Metazoan retromer (VPS26/VPS35/VPS29) associates with sorting nexins on endosomal tubules to sort proteins to the trans-Golgi network or plasma membrane. Mechanisms of metazoan retromer assembly ...Metazoan retromer (VPS26/VPS35/VPS29) associates with sorting nexins on endosomal tubules to sort proteins to the trans-Golgi network or plasma membrane. Mechanisms of metazoan retromer assembly remain undefined. We combine single-particle cryoelectron microscopy with biophysical methods to uncover multiple oligomer structures. 2D class averages reveal mammalian heterotrimers; dimers of trimers; tetramers of trimers; and flat chains. These species are further supported by biophysical solution studies. We provide reconstructions of all species, including key sub-structures (∼5 Å resolution). Local resolution variation suggests that heterotrimers and dimers adopt multiple conformations. Our structures identify a flexible, highly conserved electrostatic dimeric interface formed by VPS35 subunits. We generate structure-based mutants to disrupt this interface in vitro. Equivalent mutations in yeast demonstrate a mild cargo-sorting defect. Our data suggest the metazoan retromer is an adaptable and plastic scaffold that accommodates interactions with different sorting nexins to sort multiple cargoes from endosomes their final destinations.
履歴
登録2019年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vab
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6vab
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21135.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 flat dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 164 pix.
= 179.744 Å		1.1 Å/pix.
x 164 pix.
= 179.744 Å		1.1 Å/pix.
x 164 pix.
= 179.744 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0135 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.03522243 - 0.10038875
平均 (標準偏差)0.00056074123 (±0.0035448659)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ164164164
Spacing164164164
セルA=B=C: 179.74399 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0961.0961.096
M x/y/z164164164
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z179.744179.744179.744
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS164164164
D min/max/mean-0.0350.1000.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers

全体名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers
要素
  • 複合体: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

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超分子 #1: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers

超分子名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.521668 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLVLVLGDLH IPHRCNSLPA KFKKLLVPGK IQHILCTGNL CTKESYDYLK TLAGDVHIVR GDFDENLNYP EQKVVTVGQF KIGLIHGHQ VIPWGDMASL ALLQRQFDVD ILISGHTHKF EAFEHENKFY INPGSATGAY NALETNIIPS FVLMDIQAST V VTYVYQLI GDDVKVERIE YKKS

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 91.821727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPTTQQSPQD EQEKLLDEAI QAVKVQSFQM KRCLDKNKLM DALKHASNML GELRTSMLSP KSYYELYMAI SDELHYLEVY LTDEFAKGR KVADLYELVQ YAGNIIPRLY LLITVGVVYV KSFPQSRKDI LKDLVEMCRG VQHPLRGLFL RNYLLQCTRN I LPDEGEPT ...文字列:
MPTTQQSPQD EQEKLLDEAI QAVKVQSFQM KRCLDKNKLM DALKHASNML GELRTSMLSP KSYYELYMAI SDELHYLEVY LTDEFAKGR KVADLYELVQ YAGNIIPRLY LLITVGVVYV KSFPQSRKDI LKDLVEMCRG VQHPLRGLFL RNYLLQCTRN I LPDEGEPT DEETTGDISD SMDFVLLNFA EMNKLWVRMQ HQGHSRDREK RERERQELRI LVGTNLVRLS QLEGVNVERY KQ IVLTGIL EQVVNCRDAL AQEYLMECII QVFPDEFHLQ TLNPFLRACA ELHQNVNVKN IIIALIDRLA LFAHREDGPG IPA EIKLFD IFSQQVATVI QSRQDMPSED VVSLQVSLIN LAMKCYPDRV DYVDKVLETT VEIFNKLNLE HIATSSAVSK ELTR LLKIP VDTYNNILTV LKLKHFHPLF EYFDYESRKS MSCYVLSNVL DYNTEIVSQD QVDSIMNLVS TLIQDQPDQP VEDPD PEDF ADEQSLVGRF IHLLRSDDPD QQYLILNTAR KHFGAGGNQR IRFTLPPLVF AAYQLAFRYK ENSQMDDKWE KKCQKI FSF AHQTISALIK AELAELPLRL FLQGALAAGE IGFENHETVA YEFMSQAFSL YEDEISDSKA QLAAITLIIG TFERMKC FS EENHEPLRTQ CALAASKLLK KPDQGRAVST CAHLFWSGRN TDKNGEELHG GKRVMECLKK ALKIANQCMD PSLQVQLF I EILNRYIYFY EKENDAVTIQ VLNQLIQKIR EDLPNLESSE ETEQINKHFH NTLEHLRSRR ESPESEGPIY EGLIL

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 71.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69195
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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