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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21040 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the rat vesicular glutamate transporter 2 determined by single particle Cryo-EM | ||||||||||||
![]() | sharpened map for model building not for FSC calculation. FSC curves are calculated on unsharpened maps. | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / phosphate ion uniporter activity / L-glutamate uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate import ...sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / phosphate ion uniporter activity / L-glutamate uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate import / phosphate ion transport / potassium:proton antiporter activity / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / phosphate ion homeostasis / neural retina development / regulation of synapse structure or activity / monoatomic anion transport / chloride channel activity / chloride channel complex / excitatory synapse / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / early endosome / neuron projection / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
![]() | Li F / Finer-Moore J / Eriksen J / Cheng Y / Edwards R / Stroud R | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ion transport and regulation in a synaptic vesicle glutamate transporter. 著者: Fei Li / Jacob Eriksen / Janet Finer-Moore / Roger Chang / Phuong Nguyen / Alisa Bowen / Alexander Myasnikov / Zanlin Yu / David Bulkley / Yifan Cheng / Robert H Edwards / Robert M Stroud / ![]() 要旨: Synaptic vesicles accumulate neurotransmitters, enabling the quantal release by exocytosis that underlies synaptic transmission. Specific neurotransmitter transporters are responsible for this ...Synaptic vesicles accumulate neurotransmitters, enabling the quantal release by exocytosis that underlies synaptic transmission. Specific neurotransmitter transporters are responsible for this activity and therefore are essential for brain function. The vesicular glutamate transporters (VGLUTs) concentrate the principal excitatory neurotransmitter glutamate into synaptic vesicles, driven by membrane potential. However, the mechanism by which they do so remains poorly understood owing to a lack of structural information. We report the cryo-electron microscopy structure of rat VGLUT2 at 3.8-angstrom resolution and propose structure-based mechanisms for substrate recognition and allosteric activation by low pH and chloride. A potential permeation pathway for chloride intersects with the glutamate binding site. These results demonstrate how the activity of VGLUTs can be coordinated with large shifts in proton and chloride concentrations during the synaptic vesicle cycle to ensure normal synaptic transmission. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 60 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 536.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 536.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | sharpened map for model building not for FSC calculation. FSC curves are calculated on unsharpened maps. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : vesicular glutamate transporter 2 in complex with a high affinity fab
全体 | 名称: vesicular glutamate transporter 2 in complex with a high affinity fab |
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要素 |
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-超分子 #1: vesicular glutamate transporter 2 in complex with a high affinity fab
超分子 | 名称: vesicular glutamate transporter 2 in complex with a high affinity fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-分子 #1: Vesicular glutamate transporter 2
分子 | 名称: Vesicular glutamate transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 58.893008 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: METIELTEDG KPLEVPEKKA PLCDCTCFGL PRRYIIAIMS GLGFCISFGI RCNLGVAIVD MVNNSTIHRG GKVIKEKAKF NWDPETVGM IHGSFFWGYI ITQIPGGYIA SRLAANRVFG AAILLTSTLN MLIPSAARVH YGCVIFVRIL QGLVEGVTYP A CHGIWSKW ...文字列: METIELTEDG KPLEVPEKKA PLCDCTCFGL PRRYIIAIMS GLGFCISFGI RCNLGVAIVD MVNNSTIHRG GKVIKEKAKF NWDPETVGM IHGSFFWGYI ITQIPGGYIA SRLAANRVFG AAILLTSTLN MLIPSAARVH YGCVIFVRIL QGLVEGVTYP A CHGIWSKW APPLERSRLA TTSFCGSYAG AVIAMPLAGI LVQYTGWSSV FYVYGSFGMV WYMFWLLVSY ESPAKHPTIT DE ERRYIEE SIGESANLLG AMEKFKTPWR KFFTSMPVYA IIVANFCRSW TFYLLLISQP AYFEEVFGFE ISKVGMLSAV PHL VMTIIV PIGGQIADFL RSKQILSTTT VRKIMNCGGF GMEATLLLVV GYSHTRGVAI SFLVLAVGFS GFAISGFNVN HLDI APRYA SILMGISNGV GTLSGMVCPI IVGAMTKNKS REEWQYVFLI AALVHYGGVI FYALFASGEK QPWADPEETS EEKCG FIHE DELDEETGDI TQNYINYGTT KSYGATGRPL EVLFQGPHHH HHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4 and 0.01% GDN |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 5704 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 36000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1919729 |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 243615 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8sbe: |