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万見
- EMDB-20860: Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20860
タイトルCryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex
マップデータhuman CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex
試料
  • 複合体: The complex of human mPSF-CPSF100 PIM
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
  • リガンド: ZINC ION
キーワードpre-mRNA 3'-end processing / mammalin cleavage factor(mCF) / CPSF100 / mPSF / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA processing / fibrillar center / sequence-specific double-stranded DNA binding / postsynapse / spermatogenesis / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cleavage and polyadenylation specificity factor 2, C-terminal / CPSF2, metallo-hydrolase domain / Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 2, C-terminal / CPSF2, metallo-hydrolase domain / Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Sun Y / Zhang Y / Walz T / Tong L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Human Pre-mRNA 3'-End Processing Machinery.
著者: Yixiao Zhang / Yadong Sun / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong /
要旨: The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall ...The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall architecture of this machinery remains unclear. CPSF contains two functionally distinct modules: a cleavage factor (mCF) and a polyadenylation specificity factor (mPSF). Here, we have produced recombinant human CPSF and CstF and examined these factors by electron microscopy (EM). We find that mPSF is the organizational core of the machinery, while the conformations of mCF and CstF and the position of mCF relative to mPSF are highly variable. We have identified by cryo-EM a segment in CPSF100 that tethers mCF to mPSF, and we have named it the PSF interaction motif (PIM). Mutations in the PIM can abolish CPSF formation, indicating that it is a crucial contact in CPSF. We have also obtained reconstructions of mCF and CstF77 by cryo-EM, assembled around the mPSF core.
履歴
登録2019年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月27日-
マップ公開2019年11月27日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0315
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0315
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6urg
  • 表面レベル: 0.0315
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20860.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0315 / ムービー #1: 0.0315
最小 - 最大-0.14303985 - 0.21434423
平均 (標準偏差)0.0000037553868 (±0.003454681)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.600381.600381.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1430.2140.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The complex of human mPSF-CPSF100 PIM

全体名称: The complex of human mPSF-CPSF100 PIM
要素
  • 複合体: The complex of human mPSF-CPSF100 PIM
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: The complex of human mPSF-CPSF100 PIM

超分子名称: The complex of human mPSF-CPSF100 PIM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 161.074234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES ...文字列:
MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES LAEEHEGLVG EGQRSSFLPS YIIDVRALDE KLLNIIDLQF LHGYYEPTLL ILFEPNQTWP GRVAVRQDTC SI VAISLNI TQKVHPVIWS LTSLPFDCTQ ALAVPKPIGG VVVFAVNSLL YLNQSVPPYG VALNSLTTGT TAFPLRTQEG VRI TLDCAQ ATFISYDKMV ISLKGGEIYV LTLITDGMRS VRAFHFDKAA ASVLTTSMVT MEPGYLFLGS RLGNSLLLKY TEKL QEPPA SAVREAADKE EPPSKKKRVD ATAGWSAAGK SVPQDEVDEI EVYGSEAQSG TQLATYSFEV CDSILNIGPC ANAAV GEPA FLSEEFQNSP EPDLEIVVCS GHGKNGALSV LQKSIRPQVV TTFELPGCYD MWTVIAPVRK EEEDNPKGEG TEQEPS TTP EADDDGRRHG FLILSREDST MILQTGQEIM ELDTSGFATQ GPTVFAGNIG DNRYIVQVSP LGIRLLEGVN QLHFIPV DL GAPIVQCAVA DPYVVIMSAE GHVTMFLLKS DSYGGRHHRL ALHKPPLHHQ SKVITLCLYR DLSGMFTTES RLGGARDE L GGRSGPEAEG LGSETSPTVD DEEEMLYGDS GSLFSPSKEE ARRSSQPPAD RDPAPFRAEP THWCLLVREN GTMEIYQLP DWRLVFLVKN FPVGQRVLVD SSFGQPTTQG EARREEATRQ GELPLVKEVL LVALGSRQSR PYLLVHVDQE LLIYEAFPHD SQLGQGNLK VRFKKVPHNI NFREKKPKPS KKKAEGGGAE EGAGARGRVA RFRYFEDIYG YSGVFICGPS PHWLLVTGRG A LRLHPMAI DGPVDSFAPF HNVNCPRGFL YFNRQGELRI SVLPAYLSYD APWPVRKIPL RCTAHYVAYH VESKVYAVAT ST NTPCARI PRMTGEEKEF ETIERDERYI HPQQEAFSIQ LISPVSWEAI PNARIELQEW EHVTCMKTVS LRSEETVSGL KGY VAAGTC LMQGEEVTCR GRILIMDVIE VVPEPGQPLT KNKFKVLYEK EQKGPVTALC HCNGHLVSAI GQKIFLWSLR ASEL TGMAF IDTQLYIHQM ISVKNFILAA DVMKSISLLR YQEESKTLSL VSRDAKPLEV YSVDFMVDNA QLGFLVSDRD RNLMV YMYL PEAKESFGGM RLLRRADFHV GAHVNTFWRT PCRGATEGLS KKSVVWENKH ITWFATLDGG IGLLLPMQEK TYRRLL MLQ NALTTMLPHH AGLNPRAFRM LHVDRRTLQN AVRNVLDGEL LNRYLYLSTM ERSELAKKIG TTPDIILDDL LETDRVT AH F

UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

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分子 #2: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

分子名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.546812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFDG KRMRKAVNRK TIDYNPSVIK YLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS TNKVKCPVFV VRWTPEGRRL VTGASSGEFT L WNGLTFNF ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFDG KRMRKAVNRK TIDYNPSVIK YLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS TNKVKCPVFV VRWTPEGRRL VTGASSGEFT L WNGLTFNF ETILQAHDSP VRAMTWSHND MWMLTADHGG YVKYWQSNMN NVKMFQAHKE AIREASFSPT DNKFATCSDD GT VRIWDFL RCHEERILRG HGADVKCVDW HPTKGLVVSG SKDSQQPIKF WDPKTGQSLA TLHAHKNTVM EVKLNLNGNW LLT ASRDHL CKLFDIRNLK EELQVFRGHK KEATAVAWHP VHEGLFASGG SDGSLLFWHV GVEKEVGGME MAHEGMIWSL AWHP LGHIL CSGSNDHTSK FWTRNRPGDK MRDRYNLNLL PGMSEDGVEY DDLEPNSLAV IPGMGIPEQL KLAMEQEQMG KDESN EIEM TIPGLDWGME EVMQKDQKKV PQKKVPYAKP IPAQFQQAWM QNKVPIPAPN EVLNDRKEDI KLEEKKKTQA EIEQEM ATL QYTNPQLLEQ LKIERLAQKQ VEQI

UniProtKB: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

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分子 #3: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.417883 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQEIIASVDH IKFDLEIAVE QQLGAQPLPF PGMDKSGAAV CEFFLKAACG KGGMCPFRHI SGEKTVVCKH WLRGLCKKGD QCEFLHEYD MTKMPECYFY SKFGECSNKE CPFLHIDPES KIKDCPWYDR GFCKHGPLCR HRHTRRVICV NYLVGFCPEG P SCKFMHPR ...文字列:
MQEIIASVDH IKFDLEIAVE QQLGAQPLPF PGMDKSGAAV CEFFLKAACG KGGMCPFRHI SGEKTVVCKH WLRGLCKKGD QCEFLHEYD MTKMPECYFY SKFGECSNKE CPFLHIDPES KIKDCPWYDR GFCKHGPLCR HRHTRRVICV NYLVGFCPEG P SCKFMHPR FELPMGTTEQ PPLPQQTQPP AKQRTPQVIG VMQSQNSSAG NRGPRPLEQV TCYKCGEKGH YANRCTKGHL AF LSGQHHH HHH

UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

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分子 #4: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.597734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIP VYKMGQMFMY DLYQSRHNTE DFTLFTLDDV DAAFDKIQQL KFSQIVNLKG KGHGLSITPL PAGHMIGGTI W KIVKDGEE ...文字列:
MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIP VYKMGQMFMY DLYQSRHNTE DFTLFTLDDV DAAFDKIQQL KFSQIVNLKG KGHGLSITPL PAGHMIGGTI W KIVKDGEE EIVYAVDFNH KREIHLNGCS LEMLSRPSLL ITDSFNATYV QPRRKQRDEQ LLTNVLETLR GDGNVLIAVD TA GRVLELA QLLDQIWRTK DAGLGVYSLA LLNNVSYNVV EFSKSQVEWM SDKLMRCFED KRNNPFQFRH LSLCHGLSDL ARV PSPKVV LASQPDLECG FSRDLFIQWC QDPKNSIILT YRTTPGTLAR FLIDNPSEKI TEIELRKRVK LEGKELEEYL EKEK LKKEA AKKLEQSKEA DIDSSDESDI EEDIDQPSAH KTKHDLMMKG EGSRKGSFFK QAKKSYPMFP APEERIKWDE YGEII KPED FLVPELQATE EEKSKLESGL TNGDEPMDQD LSDVPTKCIS TTESIEIKAR VTYIDYEGRS DGDSIKKIIN QMKPRQ LII VHGPPEASQD LAECCRAFGG KDIKVYMPKL HETVDATSET HIYQVRLKDS LVSSLQFCKA KDAELAWIDG VLDMRVS KV DTGVILEEGE LKDDGEDSEM QVEAPSDSSV IAQQKAMKSL FGDDEKETGE ESEIIPTLEP LPPHEVPGHQ SVFMNEPR L SDFKQVLLRE GIQAEFVGGV LVCNNQVAVR RTETGRIGLE GCLCQDFYRI RDLLYEQYAI V

UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 71.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 倍率（補正後）: 46729 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 225000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 859796
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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